[日本語] English
- PDB-4e94: Crystal structure of MccF-like protein from Streptococcus pneumoniae -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+94
タイトルCrystal structure of MccF-like protein from Streptococcus pneumoniae
要素MccC family protein
キーワードHYDROLASE / MccF / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Serine peptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Murein tetrapeptidase LD-carboxypeptidase, N-terminal domain / LD-carboxypeptidase A C-terminal domain-like / Peptidase family S66 / LD-carboxypeptidase A, C-terminal domain superfamily / Murein tetrapeptide carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, C-terminal / LD-carboxypeptidase N-terminal domain / LD-carboxypeptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 ...Murein tetrapeptidase LD-carboxypeptidase, N-terminal domain / LD-carboxypeptidase A C-terminal domain-like / Peptidase family S66 / LD-carboxypeptidase A, C-terminal domain superfamily / Murein tetrapeptide carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, C-terminal / LD-carboxypeptidase N-terminal domain / LD-carboxypeptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 / Class I glutamine amidotransferase-like / 3-Layer(bba) Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MccC family protein / MccC family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Nocek, B. / Tikhonov, A. / Kwon, K. / Severinov, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of MccF-like protein from Streptococcus pneumoniae
著者: Nocek, B. / Tikhonov, A. / Kwon, K. / Severinov, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MccC family protein
B: MccC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2366
ポリマ-78,8632
非ポリマー3724
13,854769
1
A: MccC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8045
ポリマ-39,4321
非ポリマー3724
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MccC family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4321
ポリマ-39,4321
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.323, 118.912, 51.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 MccC family protein


分子量: 39431.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
: TIGR4 / 遺伝子: SP_0182 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q97SY1, UniProt: A0A0H2UN46*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 80740 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
ARPモデル構築
WARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.651→28.668 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / 位相誤差: 16.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1753 3800 5.08 %Random
Rwork0.1457 ---
all0.15 78620 --
obs0.1472 74816 92.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.49 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6298 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.648 Å20 Å2
3----1.9817 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.651→28.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5433 0 23 769 6225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1197711
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2472112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061864
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005992
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6511-1.6720.2452730.17351452X-RAY DIFFRACTION51
1.672-1.6940.20521010.17151690X-RAY DIFFRACTION61
1.694-1.71720.2003900.16681883X-RAY DIFFRACTION67
1.7172-1.74180.21011290.16942045X-RAY DIFFRACTION73
1.7418-1.76780.23331150.16732367X-RAY DIFFRACTION84
1.7678-1.79540.21221140.17022461X-RAY DIFFRACTION88
1.7954-1.82480.20461390.16712576X-RAY DIFFRACTION91
1.8248-1.85630.2081390.1612637X-RAY DIFFRACTION93
1.8563-1.890.20071380.15452673X-RAY DIFFRACTION96
1.89-1.92640.19721650.15192751X-RAY DIFFRACTION97
1.9264-1.96570.19071430.14822779X-RAY DIFFRACTION98
1.9657-2.00840.16911510.14862800X-RAY DIFFRACTION99
2.0084-2.05510.20671440.13912830X-RAY DIFFRACTION100
2.0551-2.10650.17411620.14092812X-RAY DIFFRACTION100
2.1065-2.16340.18171540.13632839X-RAY DIFFRACTION100
2.1634-2.22710.16391540.13282811X-RAY DIFFRACTION100
2.2271-2.29890.16061160.13072858X-RAY DIFFRACTION100
2.2989-2.38110.16481560.13192839X-RAY DIFFRACTION100
2.3811-2.47630.17321640.13942841X-RAY DIFFRACTION100
2.4763-2.5890.16891700.14582829X-RAY DIFFRACTION100
2.589-2.72540.18851560.15222854X-RAY DIFFRACTION100
2.7254-2.8960.15641660.14452822X-RAY DIFFRACTION100
2.896-3.11930.18781490.14622858X-RAY DIFFRACTION100
3.1193-3.43280.17571360.13762923X-RAY DIFFRACTION100
3.4328-3.92840.14631620.13322892X-RAY DIFFRACTION100
3.9284-4.94530.14961500.12312918X-RAY DIFFRACTION99
4.9453-28.67230.17981640.1862976X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8974-0.538-1.05311.26060.5231.5953-0.12280.0782-0.0778-0.04860.020.03850.2185-0.07360.03350.1793-0.02820.00260.1324-0.02420.124328.8585-10.636410.4326
28.86120.1408-0.03850.9818-0.96621.59910.02220.47060.1051-0.35170.02410.1660.2172-0.4412-0.05980.18030.0044-0.00650.1958-0.0250.120330.616-5.5520.1472
33.1430.5314-0.89991.24660.87341.5365-0.07370.0785-0.2331-0.08970.0258-0.05590.2888-0.1183-0.02750.18140.01460.00090.1042-0.01590.130835.9788-14.12575.8658
42.5166-0.0071-0.18241.9335-0.73963.9401-0.01420.1184-0.1153-0.1548-0.02220.42420.3545-0.74910.09070.1613-0.0814-0.00940.2695-0.04120.207716.615-12.146911.7563
50.9762-0.2846-0.5050.8377-0.18521.882-0.0041-0.0318-0.17670.0196-0.0860.12960.3552-0.18590.0790.2032-0.06480.01390.1417-0.02340.157325.7372-13.789718.9967
64.8727-5.3867-1.91467.09530.47274.1607-0.1721-0.1977-0.27150.1752-0.11680.0920.6235-0.0630.2010.3959-0.1020.0470.17440.03630.184125.4611-21.230328.2116
70.74650.2064-0.15310.91780.00442.3909-0.0042-0.0508-0.03870.0649-0.02860.08890.2647-0.11560.0290.141-0.01630.01120.1051-0.01980.11131.7882-6.800321.5994
80.2889-0.06650.43380.6491-0.03511.7008-0.00410.0733-0.0154-0.0539-0.037-0.01460.02490.0740.03890.04980.00620.00650.0967-0.00470.091539.97075.17299.9717
90.94650.6506-0.02151.33120.08631.20730.0671-0.03620.040.0877-0.0850.06880.0707-0.1767-0.02330.07940.00630.01460.0946-0.0220.065228.89094.28930.2159
102.1911.37490.13010.86810.08140.01460.0723-0.65470.21580.6697-0.26210.27120.4501-0.3414-0.05520.2771-0.12390.07790.3046-0.02640.211718.1379-8.714733.8509
110.8292-0.3190.43821.1337-1.1963.2786-0.0646-0.13310.01720.13850.11550.1682-0.0728-0.4015-0.030.06520.00610.00690.1068-0.03160.089928.85244.780530.4472
120.47940.116-0.03440.4283-0.63321.2098-0.0366-0.03060.03030.06080.01040.0521-0.0354-0.21230.01290.09330.0223-0.00380.1255-0.0350.104929.508510.069330.4013
132.2753-0.42831.27921.7611-1.40552.5333-0.0498-0.17510.2950.0402-0.1233-0.0321-0.6585-0.070.16670.15950.0291-0.01020.1515-0.03260.137831.5518.520529.9706
140.6410.30970.55061.432-0.13661.52380.0099-0.08130.0350.0898-0.06280.03740.0042-0.02820.07220.05540.00420.00990.0941-0.00490.103638.56976.087625.9618
151.3030.851-0.69075.72690.43231.97750.0484-0.1151-0.03240.3133-0.0504-0.44140.15920.31040.00090.11150.0372-0.02590.139-0.00670.123149.40372.530529.0363
160.9172-0.31441.44311.4475-0.4153.0850.00080.1133-0.0388-0.04960.0409-0.1389-0.0830.2151-0.04430.08890.02830.01110.1537-0.02110.137617.856419.2514-0.0235
172.29040.16131.63143.2837-1.19793.9095-0.06060.27970.1008-0.10780.0447-0.1989-0.17970.40790.0110.0820.0445-0.00040.1643-0.01610.143325.603422.74195.6223
181.01150.1624-0.02741.51540.21511.85970.10140.2498-0.0394-0.2392-0.0430.0050.08930.2315-0.05090.19850.03850.01080.2047-0.0420.16716.194515.9672-9.1578
191.63590.01881.77911.8383-0.51463.45230.15550.0918-0.1599-0.0425-0.0569-0.00790.1780.0204-0.07590.13270.036-0.00390.1319-0.02230.160511.282915.8472-0.9234
202.18390.7856-0.89885.2357-2.06733.20770.15630.0438-0.4885-0.0861-0.14810.36460.5206-0.0453-0.01010.2295-0.0003-0.05180.1792-0.09950.3012.11018.544-6.1794
212.0505-0.1240.62660.91950.29561.21330.05210.1361-0.13630.0078-0.02920.11640.0563-0.0104-0.00310.11180.02190.00420.0982-0.01830.15396.178421.35093.0799
221.1328-0.4897-0.16721.81890.171.1156-0.089-0.1925-0.07170.19910.1041-0.02650.0390.1409-0.00820.13540.02880.00560.10570.00130.10513.359429.233515.7478
234.2183-2.1301-2.03491.84980.27141.68270.27560.03130.2892-0.2769-0.1124-0.348-0.30950.2382-0.14770.1977-0.030.0320.1577-0.00980.225221.576640.43865.282
247.39063.6251-1.13542.0273-0.72950.51710.28-0.08851.18810.0924-0.16810.4505-0.3533-0.1169-0.18410.1721-0.01370.04230.1123-0.02430.20373.865643.993114.5153
250.8854-0.3831-0.45240.99790.39312.09630.01150.1385-0.101-0.1604-0.1370.187-0.077-0.0980.07810.12810.0091-0.02030.1237-0.01470.1635-3.603831.2212-1.4738
263.7993-0.6046-2.30928.39293.52842.61290.04130.4339-0.5435-0.2908-0.03010.35920.0617-0.53140.33070.17130.014-0.08690.2663-0.09640.263-5.186819.0521-10.8224
271.55890.38-0.18061.4764-0.08921.48710.00840.13090.0018-0.1104-0.01410.2405-0.0669-0.11540.00340.09220.03480.0070.0834-0.00690.1216-3.421636.0492-0.1422
285.50080.2235-0.62161.5887-0.75087.962-0.1884-0.16470.06870.11810.07790.3703-0.4693-1.03740.14780.21070.08350.02920.2183-0.00450.2148-10.270243.79572.8032
291.3292-0.4699-0.2670.9010.29170.5913-0.0343-0.0563-0.04090.0849-0.01960.107-0.0153-0.03570.02610.13050.00050.02630.0992-0.00230.11330.126933.319712.2226
302.35631.14180.63293.08782.8763.5989-0.0843-0.4562-0.44650.4342-0.15320.55880.303-0.26730.01740.1162-0.01990.10650.13550.05760.2546-1.380327.817919.2078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:17)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 18:31)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 32:42)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 43:57)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 58:91)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 92:101)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 102:135)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 136:192)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 193:226)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 227:234)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 235:259)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 260:289)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 290:301)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 302:328)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 329:343)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 2:17)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 18:39)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 40:63)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 64:86)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 87:101)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 102:135)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 136:167)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 168:187)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 188:193)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 194:226)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 227:235)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 236:293)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 294:304)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 305:334)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 335:341)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る