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- PDB-4e8w: Crystal Structure of Burkholderia cenocepacia HldA in Complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e8w
タイトルCrystal Structure of Burkholderia cenocepacia HldA in Complex with an ATP-competitive Inhibitor
要素D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / LPS-heptose Biosynthesis / Beta-clasp Dimerization Region / PfkB Carbohydrate Kinase / Phosphorylation / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


heptose 7-phosphate kinase activity / heptose-1-phosphate adenylyltransferase activity / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / cytosol
類似検索 - 分子機能
RfaE bifunctional protein, domain I / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IHA / : / D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8654 Å
データ登録者Lee, T.-W. / Verhey, T.B. / Junop, M.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural-functional studies of Burkholderia cenocepacia D-glycero-beta-D-manno-heptose 7-phosphate kinase (HldA) and characterization of inhibitors with antibiotic adjuvant and antivirulence properties.
著者: Lee, T.W. / Verhey, T.B. / Antiperovitch, P.A. / Atamanyuk, D. / Desroy, N. / Oliveira, C. / Denis, A. / Gerusz, V. / Drocourt, E. / Loutet, S.A. / Hamad, M.A. / Stanetty, C. / Andres, S.N. / ...著者: Lee, T.W. / Verhey, T.B. / Antiperovitch, P.A. / Atamanyuk, D. / Desroy, N. / Oliveira, C. / Denis, A. / Gerusz, V. / Drocourt, E. / Loutet, S.A. / Hamad, M.A. / Stanetty, C. / Andres, S.N. / Sugiman-Marangos, S. / Kosma, P. / Valvano, M.A. / Moreau, F. / Junop, M.S.
履歴
登録2012年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
B: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7256
ポリマ－76,7392
非ポリマー9854
水2,414134
1
A: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
ヘテロ分子

A: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7256
ポリマ－76,7392
非ポリマー9854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area25080 Å2
手法PISA
2
B: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
ヘテロ分子

B: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7256
ポリマ－76,7392
非ポリマー9854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA
3
A: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
B: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
ヘテロ分子

A: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
B: D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,44912
ポリマ－153,4794
非ポリマー1,9708
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area47820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.579, 69.579, 336.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-627-

HOH

21A-645-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase


分子量: 38369.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: J2315 / LMG 16656 / 遺伝子: hldA, BceJ2315_28810, BCAL2945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EB35
#2: 化合物 ChemComp-IHA / {[2-({[5-(2,6-dimethoxyphenyl)-1,2,4-triazin-3-yl]amino}methyl)-1,3-benzothiazol-5-yl]oxy}acetic acid


分子量: 453.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N5O5S
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 2% PEG 400, 2.0M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月6日
放射モノクロメーター: Si 111 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→49.2 Å / Num. all: 18187 / Num. obs: 18187 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E84

4e84


解像度: 2.8654→49.2 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2582 928 5.1 %RANDOM
Rwork0.2186 ---
obs0.2205 18181 --
all-18181 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.157 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.6122 Å20 Å2-0 Å2
2--5.6122 Å2-0 Å2
3----11.2245 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8654→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4518 0 66 134 4718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084736
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8756442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6131762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003841
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8654-3.01650.31921240.27892389X-RAY DIFFRACTION90
3.0165-3.20540.29341570.25682432X-RAY DIFFRACTION93
3.2054-3.45290.31611400.22592446X-RAY DIFFRACTION92
3.4529-3.80020.2851360.212461X-RAY DIFFRACTION92
3.8002-4.34990.22221280.19262471X-RAY DIFFRACTION91
4.3499-5.47920.22681230.18062475X-RAY DIFFRACTION89
5.4792-49.2070.24421200.24612579X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0562-0.41660.20912.8744-2.92175.88010.03960.02350.18570.2926-0.2874-0.3505-0.570.540.22230.4621-0.0425-0.0420.35640.02740.47445.9095-24.7273-14.092
24.5706-1.22890.74454.80960.15454.70940.00830.5884-1.2587-0.0173-0.3572-0.20281.29820.63130.33950.7670.26640.1280.608-0.04030.6999.0203-36.0512-35.6118
35.091-2.01234.22196.19620.01624.0286-0.640.112-0.65190.43030.1502-0.38540.62241.78110.54620.57330.19720.18630.80580.22750.807619.4702-27.4545-29.5875
42.2433-0.70213.12484.3448-2.13074.67150.2625-0.9941-0.0270.5529-0.2499-0.6177-0.13570.2725-0.03480.65680.2657-0.16961.51980.35681.021524.1845-30.602-21.7694
51.42691.72770.80332.09090.97180.4518-0.1579-0.96340.58371.04320.1797-1.1247-0.35270.146-0.01470.73720.1407-0.14661.58680.16540.910529.8382-23.1917-23.3283
61.33320.93692.08772.29492.25673.81570.2032-0.1985-0.28520.2919-0.180.18990.4869-0.2181-0.03570.6465-0.00710.10690.35240.02420.4565-12.19570.9202-10.619
75.8173-0.53460.23685.5385-1.66066.13330.3350.33140.60710.1304-0.4397-0.0337-0.56120.03450.15030.64490.1380.01820.4804-0.05690.4557-20.30110.1618-28.134
82.35020.43930.29192.15560.27341.9605-0.0041-0.2030.50560.53410.02070.783-1.3068-1.1605-0.01031.01690.34120.14820.7087-0.07550.6311-30.729511.1626-23.3432
94.47632.75051.7353.8513-0.89472.534-0.8327-0.7895-0.7262-0.51270.3462-0.4063-0.1283-0.79810.48172.2807-0.16680.43431.2903-0.06360.8936-27.26446.0164-4.7944
100.6572-0.76530.61251.10290.0743.51680.2252-0.6713-0.07741.6262-0.01220.0333-0.0151-0.6066-0.211.7872-0.04950.12071.45780.00980.8406-37.3372-0.0329-7.5934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 10:165)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 166:258)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 259:290)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 291:310)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 311:315)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 7:170)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 171:214)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 215:300)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 301:310)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 311:315)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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