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Yorodumi- PDB-4e8w: Crystal Structure of Burkholderia cenocepacia HldA in Complex wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4e8w | ||||||
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Title | Crystal Structure of Burkholderia cenocepacia HldA in Complex with an ATP-competitive Inhibitor | ||||||
Components | D-beta-D-heptose 7-phosphate kinase | ||||||
Keywords | Transferase/Transferase Inhibitor / LPS-heptose Biosynthesis / Beta-clasp Dimerization Region / PfkB Carbohydrate Kinase / Phosphorylation / Transferase-Transferase Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / nucleotidyltransferase activity / kinase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia cenocepacia (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8654 Å | ||||||
Authors | Lee, T.-W. / Verhey, T.B. / Junop, M.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2013 Title: Structural-functional studies of Burkholderia cenocepacia D-glycero-beta-D-manno-heptose 7-phosphate kinase (HldA) and characterization of inhibitors with antibiotic adjuvant and antivirulence properties. Authors: Lee, T.W. / Verhey, T.B. / Antiperovitch, P.A. / Atamanyuk, D. / Desroy, N. / Oliveira, C. / Denis, A. / Gerusz, V. / Drocourt, E. / Loutet, S.A. / Hamad, M.A. / Stanetty, C. / Andres, S.N. ...Authors: Lee, T.W. / Verhey, T.B. / Antiperovitch, P.A. / Atamanyuk, D. / Desroy, N. / Oliveira, C. / Denis, A. / Gerusz, V. / Drocourt, E. / Loutet, S.A. / Hamad, M.A. / Stanetty, C. / Andres, S.N. / Sugiman-Marangos, S. / Kosma, P. / Valvano, M.A. / Moreau, F. / Junop, M.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4e8w.cif.gz | 250.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4e8w.ent.gz | 202.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4e8w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4e8w_validation.pdf.gz | 996.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4e8w_full_validation.pdf.gz | 1006.8 KB | Display | |
Data in XML | 4e8w_validation.xml.gz | 25.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4e8w_validation.cif.gz | 34.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e8w | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4e84SC 4e8yC 4e8zC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38369.746 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia (bacteria) / Strain: J2315 / LMG 16656 / Gene: hldA, BceJ2315_28810, BCAL2945 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B4EB35 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES, 2% PEG 400, 2.0M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 1.1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 6, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si 111 DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.85→49.2 Å / Num. all: 18187 / Num. obs: 18187 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2.85→2.9 Å / % possible all: 93.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4E84 Resolution: 2.8654→49.2 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / Phase error: 23.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.157 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8654→49.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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