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- PDB-4e8u: Crystal structure of Arabidopsis IDN2 XS domain along with a smal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e8u
タイトルCrystal structure of Arabidopsis IDN2 XS domain along with a small segment of adjacent coiled-coil region
要素Putative uncharacterized protein T8P19.180
キーワードRNA BINDING PROTEIN / XS domain / RNA directed DNA methylation / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / response to cadmium ion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
XS domain / Factor of DNA methylation 1-5/IDN2 , domain XH / XS domain / Zinc finger-XS domain / XS domain superfamily / Factor of DNA methylation 1-5/IDN2 / XS domain / XH domain / XS zinc finger domain / Alpha-Beta Plaits ...XS domain / Factor of DNA methylation 1-5/IDN2 , domain XH / XS domain / Zinc finger-XS domain / XS domain superfamily / Factor of DNA methylation 1-5/IDN2 / XS domain / XH domain / XS zinc finger domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein INVOLVED IN DE NOVO 2 / Protein INVOLVED IN DE NOVO 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD (using a smaller construct), 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Simanshu, D.K. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.
著者: Ausin, I. / Greenberg, M.V. / Simanshu, D.K. / Hale, C.J. / Vashisht, A.A. / Simon, S.A. / Lee, T.F. / Feng, S. / Espanola, S.D. / Meyers, B.C. / Wohlschlegel, J.A. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.
履歴
登録2012年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein T8P19.180
C: Putative uncharacterized protein T8P19.180
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6486
ポリマ－39,2642
非ポリマー3844
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
2
A: Putative uncharacterized protein T8P19.180
C: Putative uncharacterized protein T8P19.180
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein T8P19.180
C: Putative uncharacterized protein T8P19.180
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,29712
ポリマ－78,5284
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area8990 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area33440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.370, 207.022, 119.629
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-408-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resseq 6:170 )A6 - 170
211chain C and (resseq 6:170 )C6 - 170

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999664, -0.003911, -0.02561), (0.003784, 0.99998, -0.005006), (0.025629, 0.004907, 0.999659)
ベクター: -23.7708, -3.94878, -60.612598)

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein T8P19.180


分子量: 19632.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: IDN2, T8P19.180 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9SMN2, UniProt: Q8VZ79*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 2.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日
詳細: Cryogenically-cooled double crystal Si(111) monochromator. Triple striped vertical and horizantal focussing mirrors in Kirkpatrick-Baez geometry
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled Si(111) double crystal.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 18040 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 2.453 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.810.40.54717211.283196.3
2.8-2.9110.40.43217641.344198.2
2.91-3.0410.50.31317811.511199.8
3.04-3.210.70.22117891.626199.8
3.2-3.410.60.15618021.863199.8
3.4-3.6610.40.1117992.256199.8
3.66-4.0310.30.08618192.449199.9
4.03-4.62100.06518203.022199.6
4.62-5.819.90.05718433.282199.6
5.81-509.60.04519026.021197.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: SAD (using a smaller construct), 分子置換
解像度: 2.701→29.888 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: R-Free / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 37.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3058 825 5.09 %Random
Rwork0.2512 ---
obs0.254 16224 88.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.948 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 169.8 Å2 / Biso mean: 82.6751 Å2 / Biso min: 18.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-42.5068 Å2-0 Å2-0 Å2
2---22.0526 Å2-0 Å2
3----20.4542 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→29.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2595 0 20 25 2640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1753644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.05982
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1265X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.072
12C1265X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.072
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.701-2.87050.44381070.30312014212171
2.8705-3.0920.28931320.27662373250582
3.092-3.40270.37521420.25432549269190
3.4027-3.89420.29921640.24412686285094
3.8942-4.90280.26211290.20472818294796
4.9028-29.88940.27961510.24522959311097
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.4628 Å / Origin y: 23.7646 Å / Origin z: 72.2328 Å
111213212223313233
T0.4678 Å2-0.0145 Å2-0.0565 Å2-0.1913 Å2-0.0305 Å2--0.2166 Å2
L-0.02 °20.0335 °2-0.1127 °2-0.3361 °2-0.0415 °2--0.0989 °2
S-0.1491 Å °-0.056 Å °0.0859 Å °0.098 Å °0.041 Å °-0.0112 Å °-0.4008 Å °-0.0732 Å °0.0798 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA124 - 289
2X-RAY DIFFRACTION1allC125 - 289
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 303
4X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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