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万見
- PDB-4e8e: Structural characterization of Bombyx mori glutathione transferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e8e
タイトルStructural characterization of Bombyx mori glutathione transferase BmGSTD1
要素Glutathione S-transferase
キーワードTRANSFERASE / TRX-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Tan, X. / Ma, X.X. / Hu, X.M. / Chen, Q.M. / Zhao, P. / Xia, Q.Y. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural characterization of Bombyx mori glutathione transferase BmGSTD1
著者: Tan, X. / Ma, X.X. / Hu, X.M. / Chen, Q.M. / Zhao, P. / Xia, Q.Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2012年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase
B: Glutathione S-transferase
C: Glutathione S-transferase
D: Glutathione S-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4804
ポリマ－101,4804
非ポリマー00
水3,891216
1
A: Glutathione S-transferase
C: Glutathione S-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7402
ポリマ－50,7402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
2
B: Glutathione S-transferase
D: Glutathione S-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7402
ポリマ－50,7402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.783, 88.756, 86.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase


分子量: 25370.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O61996, glutathione transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 8% PEG 4000, 0.1M sodium acetate trihydrate (pH 4.6) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 28894 / Num. obs: 28461 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Rsym value: 0.166 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R5A

1r5a


解像度: 2.51→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 28.796 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27556 1445 5.1 %RANDOM
Rwork0.2301 ---
obs0.23239 26989 98.23 %-
all-27475 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.854 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.08 Å20 Å20.34 Å2
2--5.74 Å20 Å2
3----2.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7028 0 0 216 7244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0227216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8531.9669816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2285860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.98424.138348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.665151212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7111540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1511.54328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.27827040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2432888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4224.52776
LS精密化 シェル解像度: 2.505→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 110 -
Rwork0.251 1772 -
obs--87.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7150.2090.03292.5151-0.16171.2292-0.02380.1024-0.0485-0.14160.03470.0192-0.0433-0.0664-0.01090.01160.00290.00370.01760.0020.02111.73132.73772.3575
21.419-0.27090.00261.18810.49363.1828-0.0488-0.12370.00240.02740.0174-0.05390.02270.03730.03140.0024-0.0015-0.00140.10860.0170.008110.1685-1.688445.6181
31.42080.0844-0.21121.2986-0.35982.12650.0008-0.0355-0.1137-0.0376-0.0431-0.03820.09110.24570.04230.00530.01590.00450.07590.0030.042325.5811-0.33064.8167
43.14760.20840.29541.19940.85654.58060.0026-0.4966-0.2616-0.1049-0.0516-0.04620.149-0.62270.04890.0222-0.03950.00690.37690.04650.0261-13.6757-3.66342.8667
50.1892-0.0149-0.11360.02730.10840.45840.0016-0.0699-0.08050.0055-0.0081-0.00360.024-0.00660.00650.0022-0.0025-0.00290.03390.03620.10016.0225-0.514923.8792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5A301 - 354
6X-RAY DIFFRACTION5B301 - 348
7X-RAY DIFFRACTION5C301 - 359
8X-RAY DIFFRACTION5D301 - 355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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