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万見
- PDB-4e8b: Crystal structure of 16S rRNA Methyltransferase RsmE from E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e8b
タイトルCrystal structure of 16S rRNA Methyltransferase RsmE from E.coli
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
キーワードTRANSFERASE / 16S rRNA Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (uridine-N3-)-methyltransferase activity / 16S rRNA (uracil1498-N3)-methyltransferase / rRNA base methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypothetical PUA domain-like; domain 1 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / RNA methyltransferase domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / PUA-like superfamily / Beta Barrel ...Hypothetical PUA domain-like; domain 1 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / RNA methyltransferase domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / PUA-like superfamily / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.249 Å
データ登録者Zhang, H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Insights into the catalytic mechanism of 16S rRNA methyltransferase RsmE (m(3)U1498) from crystal and solution structures
著者: Zhang, H. / Wan, H. / Gao, Z.Q. / Wei, Y. / Wang, W.J. / Liu, G.F. / Shtykova, E.V. / Xu, J.H. / Dong, Y.H.
履歴
登録2012年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0841
ポリマ－28,0841
非ポリマー00
水1,42379
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E

A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1682
ポリマ－56,1682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
2
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E

A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1682
ポリマ－56,1682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2840 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.479, 43.681, 74.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase E / 16S rRNA Methyltransferase RsmE


分子量: 28084.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rsmE / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AGL7, 16S rRNA (uracil1498-N3)-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M KSCN, 30%(w/v) PEG MME 2000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.249→50 Å / Num. all: 11818 / Num. obs: 11818 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 33.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 29.55
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 5.15 / Num. unique all: 596 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VHY

1vhy


解像度: 2.249→47.709 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.53 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 561 4.75 %RANDOM
Rwork0.2071 ---
all0.2094 11818 --
obs0.2094 11817 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.604 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 97.54 Å2 / Biso mean: 42.9079 Å2 / Biso min: 14.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4509 Å20 Å22.3185 Å2
2---0.4127 Å2-0 Å2
3----0.0382 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.249→47.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1879 0 0 79 1958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2462598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.977736
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2492-2.47560.33881320.245427872919
2.4756-2.83380.33221330.24327862919
2.8338-3.57010.27321340.221328242958
3.5701-47.72010.20831620.178528593021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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