PDB-4e6z: Tic22 from Plasmodium falciparum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e6z

タイトル

Tic22 from Plasmodium falciparum

要素

Apicoplast TIC22, putative

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TIC complex / import protein / apicoplast

機能・相同性

機能・相同性情報

apicoplast / chloroplast / protein transport / protein folding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1501 Å

データ登録者

Glaser, S. / Higgins, M.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Tic22 is an essential chaperone required for protein import into the apicoplast.
著者: Glaser, S. / van Dooren, G.G. / Agrawal, S. / Brooks, C.F. / McFadden, G.I. / Striepen, B. / Higgins, M.K.

履歴

登録	2012年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月5日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e6z.cif.gz	101.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e6z.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/4e6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/4e6z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fmu-d 6vdb-d 4lvm-1 3f9n-d 6kvq-d 6x8v-2 2bbo-d 6rvp-d 2lt7-d 6rvq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Apicoplast TIC22, putative

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.250, 66.250, 129.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Apicoplast TIC22, putative 分子量: 34040.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PFE1460w / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I3H4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9800, 0.9802, 0.9537

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月25日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.98	1
2	0.9802	1
3	0.9537	1

反射

解像度: 2.15→46.283 Å / Num. all: 15234 / Num. obs: 15234 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1501→46.283 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 26.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2419	774	5.08 %
R_work	0.2166	-	-
obs	0.2178	15234	93.11 %
all	-	15234	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.07 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.0741 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.0741 Å²	-0 Å²
3-	-	-	22.1483 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1501→46.283 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1659	0	6	27	1692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1699
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.634	2281
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.686	642
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	284

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1501-2.2848	0.3515	116	0.3128	2114	X-RAY DIFFRACTION	84
2.2848-2.4612	0.2712	120	0.2509	2228	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4612-2.7089	0.3232	150	0.2473	2336	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7089-3.1008	0.2455	147	0.237	2481	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1008-3.9064	0.2154	131	0.1998	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9064-46.2933	0.205	110	0.1907	2712	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6667	1.4923	-1.0015	2.6331	3.3356	2.0003	0.3673	-0.6434	2.0174	-1.0522	-0.7546	1.4053	-1.3789	-1.0683	0.2608	0.7934	0.0023	0.051	0.6892	-0.4086	1.2495	-1.2194	40.3197	10.0514
2	2.9043	2.6457	1.4527	5.5541	1.3604	1.2099	-0.0433	-0.1112	0.4172	-0.4367	0.0681	1.658	-0.1002	-0.564	0.0758	0.3443	-0.0425	-0.0673	0.4232	-0.0567	0.5209	-4.344	21.4991	1.4632
3	1.8115	-0.2383	0.463	5.383	-0.6586	1.3441	-0.0315	-0.787	-0.8172	0.9372	-0.2704	0.2901	0.6625	-1.0571	0.0286	0.6489	-0.2451	0.0247	0.5452	0.1037	0.6294	2.0226	13.4907	11.3544
4	4.7671	-0.6291	-0.7234	6.9412	2.1903	4.0418	-0.2302	0.0614	-1.1463	0.8388	0.5785	-0.2027	0.6866	0.3131	-0.3002	0.236	-0.0832	-0.0051	0.263	-0.1084	0.349	5.5046	15.1722	-2.9405
5	5.0979	-0.0123	1.5643	5.5302	-1.2126	0.7457	-0.455	0.5025	-1.6252	-1.4957	0.2651	0.8141	0.3112	-0.3193	0.307	0.4978	-0.094	-0.0519	0.3869	-0.1619	1.5623	-2.4278	4.1478	-3.8644
6	1.7938	1.2224	-0.9231	2.1604	-0.1626	1.1872	0.233	-0.2591	0.2281	-0.1092	-0.22	0.2405	-0.1466	-0.4449	0.0214	0.3138	-0.0301	-0.0126	0.4291	-0.0991	0.5037	-3.5286	24.6615	4.5037
7	2.476	0.9995	0.263	0.7822	0.35	0.1905	-0.786	-0.1569	-0.6538	0.2325	-0.0009	0.173	0.5162	1.5539	0.7436	1.0832	-0.5261	0.2082	1.1762	-0.0823	0.625	-3.4344	22.4922	21.336
8	0.0196	0.1917	0.0568	6.2613	-1.1415	3.396	0.1851	0.0673	-0.8315	0.1367	-0.2319	-1.3267	0.2522	-0.016	0.1376	0.3451	-0.118	-0.0963	0.3784	0.0229	0.5867	12.6174	24.7399	6.4257
9	5.5918	1.0647	6.7822	7.2581	0.4567	8.4192	-0.9363	-1.6281	-1.1804	1.537	1.0371	-0.7895	-0.3309	-0.0065	-0.5446	0.5846	-0.0459	-0.254	0.6634	0.2783	0.622	20.1422	27.1373	12.7766
10	5.8401	2.6375	-2.7045	4.2022	-1.8136	2.6663	-0.1338	0.0733	0.9775	-0.2748	0.179	0.0376	-0.7003	-0.143	-0.0694	0.5763	-0.147	-0.0927	0.2965	0.0083	0.5657	16.3171	44.4457	0.132
11	0.1684	-0.0215	-0.1265	5.7417	-4.8135	4.1478	-0.1933	0.3065	0.7981	1.4797	0.4605	1.1821	-0.9755	-0.3325	-0.0748	0.9412	0.0081	-0.0874	0.5124	-0.0401	0.8697	8.7777	39.4067	14.2849
12	5.7851	-0.3741	-0.2328	1.7376	-0.187	0.5435	0.1406	0.9124	0.7846	-0.2813	0.0374	-0.1942	-0.1948	0.1414	0.0858	0.4186	-0.1024	-0.203	0.3371	0.1626	0.2035	0.0226	29.7102	-6.8598

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 68:74 )	A	68 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 75:90 )	A	75 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 91:103 )	A	91 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 104:119 )	A	104 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 120:125 )	A	120 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 126:141 )	A	126 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 142:162 )	A	142 - 162
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 163:182 )	A	163 - 182
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 183:193 )	A	183 - 193
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 194:240 )	A	194 - 240
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 241:256 )	A	241 - 256
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 257:275 )	A	257 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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