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万見
- PDB-4e6u: Structure of LpxA from Acinetobacter baumannii at 1.4A resolution... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e6u
タイトルStructure of LpxA from Acinetobacter baumannii at 1.4A resolution (P63 form)
要素Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / lipopolysaccaride synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2 / Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 4E6T / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Badger, J. / Chie-Leon, B. / Logan, C. / Sridhar, V. / Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Nienaber, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure determination of LpxA from the lipopolysaccharide-synthesis pathway of Acinetobacter baumannii.
著者: Badger, J. / Chie-Leon, B. / Logan, C. / Sridhar, V. / Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Nienaber, V.
履歴
登録2012年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,22312
ポリマ－28,4721
非ポリマー75111
水5,278293
1
A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子

A: Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,66936
ポリマ－85,4173
非ポリマー2,25233
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area11980 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.751, 75.751, 119.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-457-

HOH

21A-459-

HOH

31A-526-

HOH

41A-561-

HOH

51A-601-

HOH

61A-668-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase


分子量: 28472.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: lpxA, ABTW07_2294 / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F0QHB3, UniProt: A0A7U4DSW1*PLUS, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2ul of 25mg/ml protein, 2uL of 1.8M LiSO4, 0.1M Hepes 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→50 Å / Num. all: 73881 / Num. obs: 73881 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 1.41→1.46 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 63291 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 4E6T / 解像度: 1.41→36.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.758 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19147 3720 5 %RANDOM
Rwork0.17507 ---
obs0.17591 70122 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.799 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→36.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 46 293 2270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2911.9482772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3445257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.26825.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.77315354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.73157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.88521269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5562.52063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0553791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3654.5709
LS精密化 シェル解像度: 1.412→1.449 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 230 -
Rwork0.251 5150 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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