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万見
- PDB-4e6k: 2.0 A resolution structure of Pseudomonas aeruginosa bacterioferr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e6k
タイトル2.0 A resolution structure of Pseudomonas aeruginosa bacterioferritin (BfrB) in complex with bacterioferritin associated ferredoxin (Bfd)
要素
  • Bacterioferritin
  • bacterioferritin-associated ferredoxin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/ELECTRON TRANSPORT / protein complex / iron storage / iron binding / iron mobilization / ferritin / iron homeostasis / bacterial iron metabolism / METAL BINDING PROTEIN-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / heme binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
BFD-like [2Fe-2S]-binding domain / : / BFD-like [2Fe-2S] binding domain / BFD-like [2Fe-2S]-binding domain / BFD-like [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain ...BFD-like [2Fe-2S]-binding domain / : / BFD-like [2Fe-2S] binding domain / BFD-like [2Fe-2S]-binding domain / BFD-like [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / PHOSPHATE ION / Bacterioferritin BfrB / Bacterioferritin-associated ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Yao, H. / Wang, Y. / Kumar, R. / Ruvinsky, A. / Vasker, I. / Rivera, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: The Structure of the BfrB-Bfd Complex Reveals Protein-Protein Interactions Enabling Iron Release from Bacterioferritin.
著者: Yao, H. / Wang, Y. / Lovell, S. / Kumar, R. / Ruvinsky, A.M. / Battaile, K.P. / Vakser, I.A. / Rivera, M.
履歴
登録2012年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: bacterioferritin-associated ferredoxin
H: bacterioferritin-associated ferredoxin
I: bacterioferritin-associated ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,65025
ポリマ－134,9239
非ポリマー2,72716
水19,1321062
1
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: bacterioferritin-associated ferredoxin
H: bacterioferritin-associated ferredoxin
I: bacterioferritin-associated ferredoxin
ヘテロ分子

A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: bacterioferritin-associated ferredoxin
H: bacterioferritin-associated ferredoxin
I: bacterioferritin-associated ferredoxin
ヘテロ分子

A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: bacterioferritin-associated ferredoxin
H: bacterioferritin-associated ferredoxin
I: bacterioferritin-associated ferredoxin
ヘテロ分子

A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: bacterioferritin-associated ferredoxin
H: bacterioferritin-associated ferredoxin
I: bacterioferritin-associated ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)550,599100
ポリマ－539,69036
非ポリマー10,90964
水64936
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area106380 Å2
ΔGint-1208 kcal/mol
Surface area154600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.005, 135.005, 200.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

K

21F-201-

K

31A-311-

HOH

41F-313-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質
Bacterioferritin / BfrB


分子量: 18580.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: bfrB, PA3531 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: Q9HY79
#2: タンパク質 bacterioferritin-associated ferredoxin / Bfd


分子量: 7813.858 Da / 分子数: 3 / Mutation: C43S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: BFD, PA3530 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: Q9HY80

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非ポリマー , 6種, 1078分子

#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1062 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.8 M sodium/potassium hydrogen phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→200.89 Å / Num. all: 125332 / Num. obs: 125332 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6150 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.56 Å112.8 Å
Translation2.56 Å112.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIXdev_995精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IS7

3is7


解像度: 2→47.731 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.62 / 位相誤差: 15.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 6294 5.02 %RANDOM
Rwork0.1524 ---
obs0.154 125258 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.567 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 92.84 Å2 / Biso mean: 23.9777 Å2 / Biso min: 8.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8575 Å20 Å2-0 Å2
2--1.8575 Å2-0 Å2
3----3.715 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.731 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8789 0 155 1062 10006
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18512544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6693441
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02270.25691890.227639354124100
2.0227-2.04650.26461850.204639334118100
2.0465-2.07150.22822360.191439084144100
2.0715-2.09770.21871890.17639184107100
2.0977-2.12530.2291850.178139414126100
2.1253-2.15440.22242150.15638794094100
2.1544-2.18520.20172280.156939394167100
2.1852-2.21780.18842280.153938924120100
2.2178-2.25250.17812100.148139144124100
2.2525-2.28940.19062170.159639184135100
2.2894-2.32890.19131940.150639484142100
2.3289-2.37120.19231940.144439394133100
2.3712-2.41680.19282050.147339234128100
2.4168-2.46620.18931970.1439304127100
2.4662-2.51980.16682090.141539474156100
2.5198-2.57840.18622180.141739234141100
2.5784-2.64290.18072070.142339514158100
2.6429-2.71430.18642240.144139474171100
2.7143-2.79420.21312230.144239104133100
2.7942-2.88440.17221990.139239754174100
2.8844-2.98740.19462280.151739614189100
2.9874-3.1070.20052210.154339314152100
3.107-3.24840.19832090.165239764185100
3.2484-3.41960.17922020.158240254227100
3.4196-3.63380.18131980.155139864184100
3.6338-3.91420.16252100.146540134223100
3.9142-4.30790.15092290.126140154244100
4.3079-4.93070.15262360.119340394275100
4.9307-6.21010.16891940.162541304324100
6.2101-47.74510.16462150.18134318453399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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