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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4.0E+60 | ||||||
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タイトル | Interactions of Ba2+ with a non-self-complementary Z-type DNA duplex | ||||||
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![]() | DNA / Z-type DNA double helices / Barium ions | ||||||
機能・相同性 | : / DNA![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mandal, P.K. / Venkadesh, S. / Gautham, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interactions of Ba2+ with a non-self-complementary Z-type DNA duplex 著者: Mandal, P.K. / Venkadesh, S. / Gautham, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 19.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 390.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 403 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1794.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1825.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
#3: DNA鎖 | 分子量: 588.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | ChemComp-BA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.6512 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.5074 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: drop: 1mM DNA, 50mM sodium cacodylate trihydrate buffer (pH 7.0), 1mM barium dichloride dihydrate, 0.5mM spermine, reservoir: 30% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月8日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→30 Å / Num. all: 2655 / Num. obs: 2650 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.49 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 6.67 % / Rmerge(I) obs: 0.1724 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.1698 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: fiber model of Z-type DNA built using the program InsightII 解像度: 1.86→25.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.275 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→25.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
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