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- PDB-4e5y: Structure of human FX protein, the key enzyme in the biosynthesis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e5y
タイトルStructure of human FX protein, the key enzyme in the biosynthesis of GDP-L-fucose
要素GDP-L-fucose synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / biosynthesis / GDP-L-fucose
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-4-dehydro-D-rhamnose reductase activity / GDP-mannose 3,5-epimerase activity / GDP-fucose biosynthesis / GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / GDP-mannose metabolic process / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of endothelial cell migration ...GDP-4-dehydro-D-rhamnose reductase activity / GDP-mannose 3,5-epimerase activity / GDP-fucose biosynthesis / GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / GDP-mannose metabolic process / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of endothelial cell migration / electron transfer activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GDP-L-fucose synthase/GDP-L-colitose synthase / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / GDP-L-fucose synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Zhou, H. / He, J.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of human FX protein, the key enzyme in the biosynthesis of GDP-L-fucose
著者: Zhou, H. / He, J.H.
履歴
登録2012年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-L-fucose synthase
B: GDP-L-fucose synthase
C: GDP-L-fucose synthase
D: GDP-L-fucose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,7248
ポリマ－143,7424
非ポリマー2,9824
水39622
1
A: GDP-L-fucose synthase
B: GDP-L-fucose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3624
ポリマ－71,8712
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area24910 Å2
手法PISA
2
C: GDP-L-fucose synthase
D: GDP-L-fucose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3624
ポリマ－71,8712
非ポリマー1,4912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area25730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.772, 136.440, 139.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
GDP-L-fucose synthase / GDP-4-keto-6-deoxy-D-mannose-3 / 5-epimerase-4-reductase / Protein FX / Red cell NADP(H)-binding ...GDP-4-keto-6-deoxy-D-mannose-3 / 5-epimerase-4-reductase / Protein FX / Red cell NADP(H)-binding protein / Short-chain dehydrogenase/reductase family 4E member 1


分子量: 35935.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSTA3, SDR4E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13630, GDP-L-fucose synthase
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Tris pH 8.0, 30% PEG 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97883 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 67223
反射 シェル解像度: 2.37→2.41 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→39.267 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2915 1862 2.96 %
Rwork0.2323 --
obs0.2341 63005 93.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.495 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.2606 Å2-0 Å2-0 Å2
2---7.8349 Å20 Å2
3----7.4256 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→39.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9689 0 192 22 9903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36613771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.5393853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1031511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061745
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3697-2.45440.38711710.2634536783
2.4544-2.55260.39041620.2686550386
2.5526-2.66880.3461700.259576989
2.6688-2.80950.34231850.2553594592
2.8095-2.98540.31621920.2718610294
2.9854-3.21580.32611820.2596626796
3.2158-3.53930.34011920.249636198
3.5393-4.0510.28411980.2252647299
4.051-5.1020.2361970.1947654999
5.102-39.27210.24162130.2119680899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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