PDB-4e5s: Crystal structure of MccFlike protein (BA_5613) from Bacillus ant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e5s

タイトル

Crystal structure of MccFlike protein (BA_5613) from Bacillus anthracis str. Ames

要素

MccFlike protein (BA_5613)

キーワード

HYDROLASE / MccF-like / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Serine peptidase S66 / MccF-like function

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.952 Å

データ登録者

Nocek, B. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of MccFlike protein (BA_5613) from Bacillus anthracis str. Ames
著者: Nocek, B. / Tikhonov, A. / Severinov, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4e5s.ent.gz	455.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	4e5s_validation.cif.gz	82.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/4e5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/4e5s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gjz 3tyx
類似構造データ	5fd8-d 3lk6-4 3l6r-1 4q3o-1 3nvd-2 3tyx-d 4h1h-d 6j7c-1 6mgk-4 3nvd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91764

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MccFlike protein (BA_5613)

B: MccFlike protein (BA_5613)

C: MccFlike protein (BA_5613)

D: MccFlike protein (BA_5613)

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
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1

A: MccFlike protein (BA_5613)

B: MccFlike protein (BA_5613)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: MccFlike protein (BA_5613)

D: MccFlike protein (BA_5613)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.585, 85.804, 125.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MccFlike protein (BA_5613) 分子量: 37332.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BA_5613, BAS5215, GBAA_5613 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q81JT5, UniProt: A0A6L8PVW7*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 931 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月29日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→35 Å / Num. all: 114000 / Num. obs: 113744 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX	SUITE	モデル構築
CCP$		モデル構築
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)/REFMAC	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX	SUITE	位相決定
CCP$		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.952→32.518 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2021	4960	5.05 %	random
R_work	0.153	-	-	-
all	0.16	-	-	-
obs	0.1555	98632	68.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.029 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.5277 Å²	-0 Å²	2.8035 Å²
2-	-	-3.7935 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.7341 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.952→32.518 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10235	0	6	931	11172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	10521
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.81	14266
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.202	3840
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.136	1642
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9518-1.974	0.2578	54	0.1981	1096	X-RAY DIFFRACTION	15
1.974-1.9972	0.2166	59	0.2061	1365	X-RAY DIFFRACTION	19
1.9972-2.0215	0.2445	88	0.2063	1497	X-RAY DIFFRACTION	21
2.0215-2.0471	0.2709	90	0.2024	1821	X-RAY DIFFRACTION	26
2.0471-2.0741	0.247	126	0.2142	2101	X-RAY DIFFRACTION	29
2.0741-2.1025	0.2673	141	0.2096	2468	X-RAY DIFFRACTION	35
2.1025-2.1325	0.2341	153	0.2083	2792	X-RAY DIFFRACTION	39
2.1325-2.1643	0.2293	177	0.1922	3145	X-RAY DIFFRACTION	44
2.1643-2.1981	0.2559	157	0.1898	3599	X-RAY DIFFRACTION	49
2.1981-2.2342	0.2091	211	0.1855	3861	X-RAY DIFFRACTION	55
2.2342-2.2727	0.2272	217	0.1837	4263	X-RAY DIFFRACTION	60
2.2727-2.314	0.2394	260	0.1817	4450	X-RAY DIFFRACTION	63
2.314-2.3585	0.2317	285	0.1682	4785	X-RAY DIFFRACTION	68
2.3585-2.4066	0.2225	260	0.1657	5144	X-RAY DIFFRACTION	72
2.4066-2.4589	0.2173	334	0.1578	5351	X-RAY DIFFRACTION	76
2.4589-2.5161	0.2117	327	0.1642	5637	X-RAY DIFFRACTION	79
2.5161-2.579	0.2178	311	0.1602	5992	X-RAY DIFFRACTION	84
2.579-2.6487	0.2078	319	0.1628	6288	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6487-2.7266	0.2058	335	0.1627	6490	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7266-2.8146	0.2086	338	0.1708	6581	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8146-2.9151	0.229	325	0.1734	6919	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9151-3.0317	0.2413	400	0.1668	6795	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0317-3.1696	0.2184	360	0.1629	7033	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1696-3.3366	0.1935	351	0.149	6958	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3366-3.5454	0.1986	387	0.1388	6924	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5454-3.8187	0.1876	347	0.13	6856	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8187-4.2023	0.1809	393	0.1215	6838	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2023-4.8087	0.1599	352	0.1165	6741	X-RAY DIFFRACTION	95
4.8087-6.0521	0.1744	354	0.1341	6801	X-RAY DIFFRACTION	95
6.0521-32.5225	0.1909	286	0.1716	6061	X-RAY DIFFRACTION	84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0582	0.0319	-0.0033	0.04	-0.0525	0.1091	-0.0722	-0.0095	-0.088	-0.0141	-0.1065	-0.1257	0.0445	0.0133	-0.0104	0.1284	-0.0579	0.0467	0.2014	-0.0449	0.2149	-4.6034	-19.3329	80.2741
2	0.0209	0.0255	-0.0288	0.0356	-0.0299	0.0365	0.0849	-0.0491	0.2131	0.1578	-0.071	0.0836	0.0019	0.0484	0.0007	0.129	-0.0499	-0.0061	0.221	-0.048	0.1925	-5.0778	-8.5257	83.0373
3	0.0696	0.0314	-0.0159	0.2866	0.2226	0.1991	-0.0129	-0.2044	-0.0788	0.1276	-0.1891	-0.0794	0.096	0.0384	-0.1804	0.0909	-0.0335	-0.04	0.2153	0.073	0.16	4.7577	-18.9671	82.638
4	0.2599	0.0022	-0.1448	0.0699	-0.0053	0.0817	-0.0475	-0.1206	0.0088	0.1113	-0.0332	-0.0845	-0.0023	0.042	-0.0535	0.0814	0.0063	-0.0152	0.2249	0.0163	0.208	1.0592	-19.9661	74.2727
5	0.0263	0.0242	-0.0199	0.0244	-0.0531	0.2482	-0.0443	0.0569	0.1076	-0.0191	0.1009	-0.0046	-0.057	-0.2014	-0.002	0.0573	-0.0351	0.0007	0.2752	0.0378	0.2339	-13.6474	-16.656	68.4307
6	0.0309	-0.016	-0.021	0.0081	0.0112	0.0181	-0.0873	0.1681	0.024	0.0434	0.0369	0.031	0.0804	-0.0855	-0.0001	0.1824	-0.0433	0.0183	0.3183	0.0313	0.2486	-11.2423	-15.0093	61.2317
7	0.0035	-0	0.0042	0.0034	-0.0037	0.0109	-0.0026	0.013	0.0163	-0.0025	-0.019	-0.0027	-0.0327	0.0071	-0.0006	0.3951	0.1685	0.1607	0.3295	0.0162	0.4784	-12.1647	2.4133	70.2576
8	0.0797	0.0705	-0.1067	0.0603	-0.0953	0.1515	0.0117	0.1506	-0.0258	-0.0301	0.249	0.0874	-0.0707	-0.1223	0.028	0.3011	-0.1004	-0.017	0.4557	-0.0105	0.2542	-7.752	-12.7942	52.3144
9	0.0017	0.0031	-0.0005	0.0046	-0.0146	0.034	-0.0665	0.0726	-0.1114	-0.1024	-0.0547	-0.104	0.108	0.0296	-0.0008	0.1224	-0.0452	0.0044	0.1795	-0.0124	0.2476	10.8542	-20.9195	64.9298
10	0.01	-0.0018	0.0074	0.0002	-0.0007	0.0062	-0.1051	0.0447	0.0063	0.0127	-0.0594	-0.0326	-0.042	-0.0115	-0.0002	0.1659	-0.0535	0.0134	0.1726	-0.0455	0.2275	4.9711	-20.5345	59.8746
11	0.0621	-0.0197	-0.0733	0.132	-0.2013	0.5115	-0.1173	0.1606	-0.0793	-0.0722	0.0017	-0.0033	0.0837	-0.1018	-0.0226	0.1067	-0.058	-0.0197	0.1658	-0.0095	0.1912	11.6154	-9.4089	56.7556
12	0.1174	0.0414	0.1887	0.014	0.0632	0.3127	-0.1279	0.1349	0.0169	-0.0435	-0.0127	-0.0484	0.0865	-0.1297	-0.0705	0.1439	-0.0586	0.0799	0.1745	0.0086	0.2702	6.4255	-17.828	56.0284
13	0.0061	-0.0014	-0.0007	0.0075	0.002	0.0098	-0.0088	0.0022	-0.0012	0.0205	0.0158	-0.0176	-0.0444	-0.0265	0	0.3383	-0.1306	-0.0484	0.3505	0.0497	0.256	3.6573	-7.8993	47.0507
14	0.2229	0.143	-0.0927	0.1767	-0.0444	0.062	-0.1714	0.1383	-0.1157	-0.2093	0.1177	-0.0366	0.0589	-0.0755	-0.1164	0.0333	-0.1526	0.0521	0.3092	-0.0576	0.183	1.1061	-19.8874	55.8803
15	0.0138	-0.0085	0.0007	0.0107	0.0012	0.0005	-0.0496	0.0955	-0.0228	-0.0473	-0.0037	0.034	0.0097	-0.0189	-0.0123	0.1903	-0.1277	-0.016	0.3742	-0.0776	0.3173	-6.4805	-26.9019	55.172
16	0.0026	-0.0022	0.0002	0.0018	-0.0004	0.0052	0.0088	-0.0137	-0.1167	0.0061	0.03	-0.0099	0.0557	0.0387	-0.0001	0.1716	0.063	0.0377	0.3293	0.1208	0.3615	45.1726	-1.7141	53.1684
17	0.0065	0.0069	0.0026	0.0204	-0.0171	0.0231	-0.0164	0.0536	0.0352	-0.138	0.0107	-0.0492	-0.1043	0.0241	0	0.143	-0.0054	-0.0135	0.1818	0.0587	0.1627	26.9925	7.1164	44.1837
18	0.0009	-0.0006	0.0005	0.0025	-0.0016	0.0011	-0.0126	0.0131	0.0425	-0.0018	-0.0069	-0.0116	-0.0251	0.0117	0.0001	0.1333	-0.0621	0.0443	0.2542	0.0638	0.3112	35.696	15.614	46.4789
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16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 0:8)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 9:33)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 34:38)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 39:83)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 84:101)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 102:138)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 139:175)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 176:185)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 186:195)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 196:229)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 230:251)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 252:271)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 272:283)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 284:310)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 311:328)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid -1:8)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 9:33)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 34:64)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain C and resid 65:101)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain C and resid 102:134)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 135:158)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain C and resid 159:166)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain C and resid 167:181)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain C and resid 182:195)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain C and resid 196:229)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain C and resid 230:251)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 252:277)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain C and resid 278:291)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain C and resid 292:310)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain C and resid 311:328)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 0:29)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 30:63)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 64:101)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain D and resid 102:138)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain D and resid 139:144)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain D and resid 145:160)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain D and resid 161:166)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain D and resid 167:185)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain D and resid 186:201)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain D and resid 202:229)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain D and resid 230:251)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain D and resid 252:269)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain D and resid 270:280)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain D and resid 281:306)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain D and resid 307:328)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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