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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e5i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of avian influenza virus PAn bound to compound 4 | ||||||
![]() | Polymerase protein PA | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / TRANSCRIPTION / endonuclease domain / H5N1 subtype | ||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | DuBois, R.M. / Slavish, P.J. / Webb, T.R. / White, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Biochemical Basis for Development of Influenza Virus Inhibitors Targeting the PA Endonuclease. 著者: Dubois, R.M. / Slavish, P.J. / Baughman, B.M. / Yun, M.K. / Bao, J. / Webby, R.J. / Webb, T.R. / White, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21915.959 Da / 分子数: 4 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/Viet Nam/1203/2004 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET52b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-0N9 / 配列の詳細 | PROTEIN COMPRISES UNP RESIDUES 1-50 AND 73-196 SEPARATED BY A GLY-GLY-SER LINKER. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 2% PEG1500, 1 mM manganese chloride, 0.1 M Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.944→46.135 Å / Num. all: 23232 / Num. obs: 22442 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 76.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I): 9.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4E5E 解像度: 2.944→46.135 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / WRfactor Rfree: 0.3575 / WRfactor Rwork: 0.3093 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6224 / SU B: 31.342 / SU ML: 0.571 / SU Rfree: 0.5965 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.597 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 247.8 Å2 / Biso mean: 81.2933 Å2 / Biso min: 51.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.944→46.135 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.944→3.02 Å / Total num. of bins used: 20
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