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万見
- PDB-4e59: Crystal structure of GCCGCCGC duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+59
タイトルCrystal structure of GCCGCCGC duplex
要素RNA duplex containing CCG repeats
キーワードRNA / 3' slippery duplexes / X-linked mental retardation / Huntington's disease / myotonic dystrophy type 1 / CCG repeats
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Crystallographic characterization of CCG repeats.
著者: Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W.
履歴
登録2012年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA duplex containing CCG repeats
B: RNA duplex containing CCG repeats


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0332
ポリマ－5,0332
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3060 Å2
手法PISA
2
A: RNA duplex containing CCG repeats
B: RNA duplex containing CCG repeats

A: RNA duplex containing CCG repeats
B: RNA duplex containing CCG repeats

A: RNA duplex containing CCG repeats
B: RNA duplex containing CCG repeats


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0996
ポリマ－15,0996
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area7280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.580, 40.580, 56.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-105-

HOH

21A-106-

HOH

31B-105-

HOH

41B-106-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA duplex containing CCG repeats


分子量: 2516.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence is a part of mRNA in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.41 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: magnesium acetate, MES and ammonium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月5日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→20 Å / Num. all: 5101 / Num. obs: 5101 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 26.14
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique all: 262 / Rsym value: 0.711 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 4.0E+58 / 解像度: 1.54→18.715 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3035 501 100 %RANDOM
Rwork0.2553 ---
all0.257 5073 --
obs0.2553 5073 99.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.918 Å2 / ksol: 0.458 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8628 Å20 Å2-0 Å2
2--4.8628 Å2-0 Å2
3----9.7256 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→18.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 300 0 16 316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.993164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01514
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.695 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3627 130 -
Rwork0.3411 161 -
obs-1270 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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