+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4.0E+58 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of GCC(LCG)CCGC duplex containing LNA residue | ||||||
要素 | RNA duplex containing CCG repeats | ||||||
キーワード | RNA / CCG repeats / 5' slippery duplexes / X-linked mental retardation / Huntington's disease / myotonic dystrophy type 1 / LNA Guanosine | ||||||
機能・相同性 | RNA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.952 Å | ||||||
データ登録者 | Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012 タイトル: Crystallographic characterization of CCG repeats. 著者: Kiliszek, A. / Kierzek, R. / Krzyzosiak, W.J. / Rypniewski, W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e58.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4e58.ent.gz | 15.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e58.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/4e58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/4e58 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2528.579 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Similar sequences occur in mRNA in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: MES, MgCl2 and Li2SO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9148 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9148 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 5762 / Num. obs: 5762 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 28.3 % / Biso Wilson estimate: 50.7 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 23.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 15.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.175 / Num. unique all: 273 / Rsym value: 0.673 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3GLP 解像度: 1.952→18.79 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.83 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.22 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.43 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.952→18.79 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.952→2.1486 Å
|