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- PDB-4e4u: Crystal structure of a putative Mandelate racemase/Muconate lacto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e4u
タイトルCrystal structure of a putative Mandelate racemase/Muconate lactonizing enzyme (Target PSI-200780) from Burkholderia SAR-1
要素Mandalate racemase/muconate lactonizing enzyme
キーワードISOMERASE / Racemase / Mandelate racemase / aldolase / Structural genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Kumar, P.R. / Bonanno, J. / Chowdhury, S. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Matikainen, B. / Seidel, R. / Toro, R. ...Kumar, P.R. / Bonanno, J. / Chowdhury, S. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Matikainen, B. / Seidel, R. / Toro, R. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a putative MR/ML enzyme from Burkholderia SAR-1
著者: Kumar, P.R. / Bonanno, J. / Chowdhury, S. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Matikainen, B. / Seidel, R. / Toro, R. / Zencheck, W. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandalate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8022
ポリマ－45,6481
非ポリマー1541
水7,638424
1
A: Mandalate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,41916
ポリマ－365,1858
非ポリマー1,2348
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation6_554x,-y,-z-11
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-11
Buried area48150 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area84430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.835, 118.835, 120.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21A-774-

HOH

31A-776-

HOH

41A-827-

HOH

51A-1011-

HOH

詳細The biological assembly is an octamer generated by crystallographic symmetry operations

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要素

#1: タンパク質 Mandalate racemase/muconate lactonizing enzyme


分子量: 45648.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: from Sargasso sea / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (2.5M NaCl, Sodium Acetate 4.5, 0.2M Li2SO4- Wizard II #38); Cryoprotection (LI2SO4), Sitting Drop Vapor Diffusion, ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (2.5M NaCl, Sodium Acetate 4.5, 0.2M Li2SO4- Wizard II #38); Cryoprotection (LI2SO4), Sitting Drop Vapor Diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.35 Å / Num. obs: 181393 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.261 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 16.05
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.35-1.391.91166711326798.9
1.39-1.422.5414225813129100
1.42-1.463.314428212755100
1.46-1.514.5414475812370100
1.51-1.565.6614471411925100
1.56-1.617.2414636011644100
1.61-1.679.1714579311201100
1.67-1.7411.3714472410738100
1.74-1.8213.9814444010341100
1.82-1.9117.611422659872100
1.91-2.0121.96138249938899.9
2.01-2.1325.911305978831100
2.13-2.2829.141233528364100
2.28-2.4631.421154137795100
2.46-2.733.691049787132100
2.7-3.0235.92936786443100
3.02-3.4938.86819205705100
3.49-4.2742.22719094806100
4.27-6.0442.755557372999.9
6.0440.9927179195895.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX1.7.3_928位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→37.641 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / FOM work R set: 0.934 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1461 4719 5.02 %
Rwork0.1331 --
obs0.1338 94064 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.327 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 59.07 Å2 / Biso mean: 17.8719 Å2 / Biso min: 5.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1269 Å20 Å2-0 Å2
2--0.1269 Å20 Å2
3----0.2538 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→37.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3139 0 8 424 3571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053315
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1244519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0321231
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.35-1.36530.27731370.24342900303798
1.3653-1.38140.23291770.21432926310399
1.3814-1.39830.19261420.192329633105100
1.3983-1.4160.20011630.178329163079100
1.416-1.43460.18391530.165329673120100
1.4346-1.45420.18121530.150729443097100
1.4542-1.4750.16741610.142529543115100
1.475-1.4970.16031390.135429663105100
1.497-1.52040.17241620.127129543116100
1.5204-1.54540.14231510.118629723123100
1.5454-1.5720.14271590.11529483107100
1.572-1.60060.14461570.108229433100100
1.6006-1.63140.15351760.110829493125100
1.6314-1.66470.14391490.10729743123100
1.6647-1.70090.13511660.104829583124100
1.7009-1.74040.14431480.102129633111100
1.7404-1.7840.14241530.108629983151100
1.784-1.83220.14561270.107829783105100
1.8322-1.88610.13831740.109629763150100
1.8861-1.9470.15211680.114529633131100
1.947-2.01660.13471630.117629633126100
2.0166-2.09730.15531680.118629513119100
2.0973-2.19270.14851560.120930173173100
2.1927-2.30830.13321500.123429823132100
2.3083-2.45290.1441500.126930173167100
2.4529-2.64230.13121500.134430313181100
2.6423-2.90810.15881490.145230273176100
2.9081-3.32870.151670.148330303197100
3.3287-4.19290.1261760.126430613237100
4.1929-37.65550.13821750.15853154332998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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