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万見
- PDB-4e3x: Crystal Structure of Mus musculus 1-pyrroline-5-carboxylate dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e3x
タイトルCrystal Structure of Mus musculus 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase cryoprotected in proline
要素Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Amino Acid Metabolism / Proline Inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


Proline catabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE / TRIETHYLENE GLYCOL / PROLINE / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Pemberton, T.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Proline: Mother Nature's cryoprotectant applied to protein crystallography.
著者: Pemberton, T.A. / Still, B.R. / Christensen, E.M. / Singh, H. / Srivastava, D. / Tanner, J.J.
履歴
登録2012年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,15911
ポリマ－123,9082
非ポリマー1,2509
水15,889882
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area34620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.980, 93.878, 132.406
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / P5C dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 4 member A1


分子量: 61954.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aldh4a1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q8CHT0, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物
ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#3: 化合物 ChemComp-16P / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン


分子量: 294.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O6
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→45.639 Å / Num. all: 279378 / Num. obs: 279378 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.24-1.313.30.551.4123860375610.5587.3
1.31-1.393.50.3472.2131970374290.34792
1.39-1.483.70.2133.6134218358280.21393.6
1.48-1.640.135.9134266337530.1394.5
1.6-1.754.30.0928.2135194314970.09295.8
1.75-1.964.60.06511.1131108287640.06596.2
1.96-2.274.70.04614.9119223255860.04696.9
2.27-2.774.80.03717.8104421219500.03797.8
2.77-3.924.90.03118.584937173570.03199
3.92-45.6394.60.03215.74485996530.03297.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3V9J

3v9j


解像度: 1.24→40.4793 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9065 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1803 14042 5.03 %
Rwork0.1549 --
obs0.1562 279273 93.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.375 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 42.41 Å2 / Biso mean: 12.6721 Å2 / Biso min: 4.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9617 Å20 Å20 Å2
2--0.5154 Å2-0 Å2
3---0.4467 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→40.4793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8234 0 85 882 9201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07811801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1063109
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.24-1.25510.4744090.43097322773178
1.2551-1.26990.42824340.38198392882689
1.2699-1.28540.39244790.35458340881990
1.2854-1.30170.34184390.29778420885990
1.3017-1.31880.3024160.26748535895191
1.3188-1.33680.27814310.23568545897691
1.3368-1.35590.27234320.2148595902792
1.3559-1.37620.23524250.18488636906192
1.3762-1.39770.23314850.178607909293
1.3977-1.42060.1944370.15518746918393
1.4206-1.44510.20374720.15048680915293
1.4451-1.47140.18374710.14068783925494
1.4714-1.49970.17384600.12718803926394
1.4997-1.53030.15644730.11958776924994
1.5303-1.56360.1514880.11568825931394
1.5636-1.59990.15674550.11718868932395
1.5999-1.640.15345050.11678895940095
1.64-1.68430.16295180.11578877939595
1.6843-1.73390.15044710.11839033950496
1.7339-1.78980.15514440.12059047949196
1.7898-1.85380.15634440.12539051949596
1.8538-1.9280.16854850.13119064954996
1.928-2.01580.16584770.13429107958497
2.0158-2.1220.15744740.13879102957697
2.122-2.2550.16644590.13319175963497
2.255-2.42910.15245030.13779192969597
2.4291-2.67350.15595150.15029277979298
2.6735-3.06020.17024990.16179412991199
3.0602-3.85510.16385250.15395051003099
3.8551-40.47930.17465170.165296211013897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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