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- PDB-4e3v: Crystal Structure of XYLOSE ISOMERASE FROM STREPTOMYCES RUBIGINOS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e3v
タイトルCrystal Structure of XYLOSE ISOMERASE FROM STREPTOMYCES RUBIGINOSUS Cryoprotected in Proline
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROLINE / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.503 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Pemberton, T.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Proline: Mother Nature's cryoprotectant applied to protein crystallography.
著者: Pemberton, T.A. / Still, B.R. / Christensen, E.M. / Singh, H. / Srivastava, D. / Tanner, J.J.
履歴
登録2012年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6706
ポリマ－43,2831
非ポリマー3865
水5,837324
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,67924
ポリマ－173,1334
非ポリマー1,54620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area32220 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area46010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.493, 98.022, 102.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-751-

HOH

21A-815-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase

-
非ポリマー , 5種, 329分子

#2: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→19.46 Å / Num. all: 72416 / Num. obs: 72416 / % possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XIF

1xif


解像度: 1.503→19.46 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1793 3657 5.05 %
Rwork0.1643 --
obs0.165 72403 97.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.605 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2973 Å2-0 Å20 Å2
2--1.7763 Å2-0 Å2
3----1.479 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.503→19.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3001 0 20 324 3345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1074271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3761166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006578
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.503-1.52270.4327980.33871834X-RAY DIFFRACTION68
1.5227-1.54350.36221270.27872567X-RAY DIFFRACTION95
1.5435-1.56560.24081320.23992625X-RAY DIFFRACTION97
1.5656-1.58890.22661400.19022585X-RAY DIFFRACTION97
1.5889-1.61370.17691340.15972610X-RAY DIFFRACTION98
1.6137-1.64020.16511470.14022622X-RAY DIFFRACTION98
1.6402-1.66850.1811380.14452629X-RAY DIFFRACTION98
1.6685-1.69880.15961390.14052650X-RAY DIFFRACTION98
1.6988-1.73140.17171350.1432667X-RAY DIFFRACTION99
1.7314-1.76670.17741440.13922643X-RAY DIFFRACTION99
1.7667-1.80510.14581390.14432659X-RAY DIFFRACTION99
1.8051-1.84710.15721330.14732667X-RAY DIFFRACTION99
1.8471-1.89320.16411240.15332666X-RAY DIFFRACTION99
1.8932-1.94440.17971280.15072663X-RAY DIFFRACTION99
1.9444-2.00160.18761430.16282693X-RAY DIFFRACTION99
2.0016-2.06610.16471600.15612662X-RAY DIFFRACTION99
2.0661-2.13980.17361600.16922662X-RAY DIFFRACTION100
2.1398-2.22540.17361490.15882712X-RAY DIFFRACTION100
2.2254-2.32650.17531660.15512662X-RAY DIFFRACTION100
2.3265-2.4490.17521520.15862692X-RAY DIFFRACTION100
2.449-2.60210.20421470.16992701X-RAY DIFFRACTION100
2.6021-2.80240.19891270.17832750X-RAY DIFFRACTION100
2.8024-3.08350.1921550.17952716X-RAY DIFFRACTION100
3.0835-3.52730.181490.16832765X-RAY DIFFRACTION100
3.5273-4.43540.13871540.14062763X-RAY DIFFRACTION100
4.4354-19.460.16651370.16932881X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.7345 Å / Origin y: 38.8119 Å / Origin z: 61.723 Å
111213212223313233
T0.0437 Å2-0.008 Å20.0116 Å2-0.0601 Å2-0.0022 Å2--0.0536 Å2
L0.1713 °20.0342 °20.0254 °2-0.194 °2-0.0032 °2--0.2736 °2
S-0.0053 Å °-0.0253 Å °-0.0206 Å °0.0219 Å °-0.0095 Å °0.028 Å °0.0342 Å °-0.05 Å °0.0144 Å °
精密化 TLSグループSelection details: Chain A and resseq 3:387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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