PDB-4e3e: CRYSTAL STRUCTURE OF putative MaoC domain protein dehydratase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e3e

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF putative MaoC domain protein dehydratase from Chloroflexus aurantiacus J-10-fl

要素

MaoC domain protein dehydratase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / protein dehydratase / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

2-methylfumaryl-CoA hydratase / carbon fixation by 3-hydroxypropionate cycle / oxo-acid-lyase activity / glyoxylate catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative MaoC domain protein dehydratase from Chloroflexus aurantiacus J-10-fl
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...

履歴

登録	2012年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月2日	Group: Structure summary
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e3e.cif.gz	306.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e3e.ent.gz	249.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6pzq-d 3b2e-1 4bge-3 4pdd-d 5ugt-d 2prj-d 339 5mtp-1 4qxm-d 5cp8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-013012

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MaoC domain protein dehydratase

B: MaoC domain protein dehydratase

ヘテロ分子

78.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MaoC domain protein dehydratase

ヘテロ分子

A: MaoC domain protein dehydratase

ヘテロ分子

A: MaoC domain protein dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 3 ポリマー
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2

B: MaoC domain protein dehydratase

ヘテロ分子

B: MaoC domain protein dehydratase

ヘテロ分子

B: MaoC domain protein dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.438, 133.438, 170.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-683- HOH
2	1	A-714- HOH
3	1	B-692- HOH
4	1	B-718- HOH

詳細

trimer

#1: タンパク質	MaoC domain protein dehydratase 分子量: 38982.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (バクテリア) 株: J-10-fl / 遺伝子: Caur_0173 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A9WC34
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M sodium citrate:citric acid, pH 5.5, 40% PEG600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.2 % / Av σ(I) over netI: 27.61 / 数: 742528 / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 1.53 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 178479 / % possible obs: 99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.16	50	98.8	1	0.031	2.046	4.3
4.09	5.16	98.6	1	0.038	2.479	4.1
3.58	4.09	99.8	1	0.052	2.869	4.2
3.25	3.58	99.9	1	0.06	2.715	4.2
3.02	3.25	100	1	0.07	2.159	4.3
2.84	3.02	100	1	0.077	1.682	4.3
2.7	2.84	100	1	0.092	1.519	4.3
2.58	2.7	100	1	0.108	1.417	4.3
2.48	2.58	100	1	0.135	1.332	4.3
2.39	2.48	100	1	0.162	1.266	4.3
2.32	2.39	100	1	0.201	1.225	4.2
2.25	2.32	100	1	0.231	1.241	4.2
2.19	2.25	100	1	0.261	1.187	4.2
2.14	2.19	100	1	0.3	1.178	4.2
2.09	2.14	100	1	0.364	1.123	4.1
2.05	2.09	100	1	0.452	1.048	4.1
2.01	2.05	100	1	0.535	1.012	4.1
1.97	2.01	100	1	0.647	0.951	4
1.93	1.97	99.9	1	0.713	0.932	3.8
1.9	1.93	98.2	1	0.811	0.922	3.5

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 178479 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 1.53 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.93	3.5	0.811	8870	0.922	1	98.2
1.93-1.97	3.8	0.713	8850	0.932	1	99.9
1.97-2.01	4	0.647	8904	0.951	1	100
2.01-2.05	4.1	0.535	8996	1.012	1	100
2.05-2.09	4.1	0.452	8956	1.048	1	100
2.09-2.14	4.1	0.364	8962	1.123	1	100
2.14-2.19	4.2	0.3	8845	1.178	1	100
2.19-2.25	4.2	0.261	9044	1.187	1	100
2.25-2.32	4.2	0.231	8902	1.241	1	100
2.32-2.39	4.2	0.201	8926	1.225	1	100
2.39-2.48	4.3	0.162	8965	1.266	1	100
2.48-2.58	4.3	0.135	8935	1.332	1	100
2.58-2.7	4.3	0.108	8914	1.417	1	100
2.7-2.84	4.3	0.092	8976	1.519	1	100
2.84-3.02	4.3	0.077	8971	1.682	1	100
3.02-3.25	4.3	0.07	8909	2.159	1	100
3.25-3.58	4.2	0.06	8947	2.715	1	99.9
3.58-4.09	4.2	0.052	8928	2.869	1	99.8
4.09-5.16	4.1	0.038	8841	2.479	1	98.6
5.16-50	4.3	0.031	8838	2.046	1	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / WR_factor R_free: 0.183 / WR_factor R_work: 0.1387 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8358 / SU B: 6.284 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.1194 / SU R_free: 0.0967 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1883	4475	5 %	RANDOM
R_work	0.1406	-	-	-
obs	0.143	89193	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 500 Å² / B_iso mean: 36.3421 Å² / B_iso min: 17.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5454	0	10	480	5944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	5629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.263	1.95	7685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.313	5	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.342	22.7	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.742	15	829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.233	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4375
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.886	3	5629
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	35.183	5	197
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	19.353	5	5776

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	332	-
R_work	0.287	6179	-
all	-	6511	-
obs	-	-	99.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4946	-0.2096	-0.0626	0.5274	0.046	0.1259	0.0018	0.0228	0.0263	-0.0453	-0.0073	0.1373	0.0153	-0.0058	0.0055	0.1011	0.0002	-0.0152	0.1102	0.0029	0.0522	-19.8277	6.4176	147.3522
2	0.7309	-0.08	-0.0981	0.427	-0.0447	0.1331	0.0045	-0.0428	-0.1094	0.0217	-0.0182	-0.0791	0.0031	0.0007	0.0137	0.101	0.0003	-0.0091	0.0999	0.012	0.0391	15.4633	-13.9669	100.8929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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関連情報:EMDBヘッダ

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