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- PDB-4e2t: Crystal Structures of RadA intein from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e2t
タイトルCrystal Structures of RadA intein from Pyrococcus horikoshii
要素Pho radA intein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / intein / HINT-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA repair / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / DNA recombination/repair protein RadA / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / DNA recombination/repair protein RadA / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair and recombination protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Oeemig, J.S. / Zhou, D. / Kajander, T. / Wlodawer, A. / Iwai, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: NMR and Crystal Structures of the Pyrococcus horikoshii RadA Intein Guide a Strategy for Engineering a Highly Efficient and Promiscuous Intein.
著者: Oeemig, J.S. / Zhou, D. / Kajander, T. / Wlodawer, A. / Iwai, H.
履歴
登録2012年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pho radA intein
B: Pho radA intein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4447
ポリマ－39,8372
非ポリマー6075
水2,180121
1
A: Pho radA intein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4335
ポリマ－19,9191
非ポリマー5154
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pho radA intein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0112
ポリマ－19,9191
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.120, 67.370, 82.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pho radA intein / DNA repair and recombination protein radA


分子量: 19918.551 Da / 分子数: 2 / 変異: C1A,T173A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: radA, PH0263 / プラスミド: pKRRS15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: O58001
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 3.0 M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月22日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→33.7 Å / Num. obs: 33297 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 24.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.953 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QLM

2qlm


解像度: 1.75→33.685 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2342 999 3 %
Rwork0.1896 --
obs0.1909 33296 99.34 %
all-33297 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.141 Å2 / ksol: 0.411 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5608 Å2-0 Å20 Å2
2---1.807 Å2-0 Å2
3----0.7538 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→33.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2757 0 39 121 2917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6453921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.711080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.124434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.84230.32141410.2554566X-RAY DIFFRACTION100
1.8423-1.95770.26121410.22444560X-RAY DIFFRACTION100
1.9577-2.10880.25391420.20254602X-RAY DIFFRACTION100
2.1088-2.3210.22941420.18254598X-RAY DIFFRACTION100
2.321-2.65670.25221430.20164617X-RAY DIFFRACTION100
2.6567-3.34670.25471450.18084667X-RAY DIFFRACTION100
3.3467-33.69120.20421450.17794687X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.0467 Å / Origin y: 14.0827 Å / Origin z: 21.4735 Å
111213212223313233
T0.1465 Å20.0014 Å2-0.0328 Å2-0.1291 Å2-0.013 Å2--0.1334 Å2
L0.8513 °20.1501 °2-0.8578 °2-0.5274 °2-0.2418 °2--1.1208 °2
S-0.0085 Å °0.0301 Å °0.0596 Å °0.0241 Å °0.0175 Å °-0.0295 Å °-0.016 Å °0.0114 Å °-0.035 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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