PDB-4e27: Crystal Structure of a Pentameric Capsid Protein Isolated from Me...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4.0E+27

タイトル

Crystal Structure of a Pentameric Capsid Protein Isolated from Metagenomic Phage Sequences Solved by Iodide SAD Phasing

要素

Capsid Protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Capsid Protein

機能・相同性

Jelly Rolls - #1010 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / IODIDE ION

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Craig, T.K. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Burgin Jr, A.B. / Segall, A. / Rohwer, F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Pentameric Capsid Protein Isolated from Metagenomic Phage Sequences Solved by Iodide SAD Phasing
著者: Craig, T.K. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Burgin Jr, A.B. / Segall, A. / Rohwer, F.

履歴

登録	2012年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e27.cif.gz	292.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e27.ent.gz	237.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/4e27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dmi
類似構造データ	5uw6-4 5uzw-3 5uw6-2 22630 5syt-d 1dty-d 5uw6-1 5o3u-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Capsid Protein

B: Capsid Protein

C: Capsid Protein

D: Capsid Protein

E: Capsid Protein

ヘテロ分子

96.4 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.710, 68.360, 107.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.69, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-314- HOH
2	1	C-384- HOH

#1: タンパク質	Capsid Protein 分子量: 18555.656 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pEMB009 VCID5936 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M K Formate, no buffer, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月14日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 75296 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 25.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 14.39
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / R_merge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 4.88 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→43.51 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.33 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	1947	5.03 %
R_work	0.202	-	-
obs	0.205	38729	99.8 %
all	-	38729	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.05 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.6516 Å²	-0 Å²	-0.8773 Å²
2-	-	-2.7902 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.4418 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5654	0	29	488	6171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	7966
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.426	2072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1048

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4002-2.4602	0.3251	168	0.2504	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4602-2.5267	0.2643	128	0.2102	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5267-2.6011	0.2968	122	0.2243	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6011-2.685	0.2957	138	0.2107	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.685-2.781	0.2825	124	0.2124	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.781-2.8923	0.2715	126	0.1881	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8923-3.0239	0.29	142	0.2192	2598	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0239-3.1833	0.2766	136	0.1996	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1833-3.3826	0.2293	137	0.1916	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3826-3.6437	0.2165	158	0.19	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6437-4.0101	0.2482	138	0.1849	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0101-4.5899	0.1666	120	0.1512	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5899-5.7806	0.2311	161	0.1878	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7806-43.5169	0.3308	149	0.2786	2712	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5689	-0.0404	-0.2662	0.525	-0.4947	0.6295	0.1634	0.02	0.0055	0.1816	0.0234	-0.0477	0.1828	0.0833	0.0721	0.3742	0.0233	-0.1182	0.4072	0.0781	0.2361	49.052	-16.988	53.725
2	0.0334	-0.0561	0.011	0.5625	0.0715	0.4797	0.0175	-0.2202	-0.203	0.2659	-0.0059	-0.1794	0.1855	0.2165	0.3407	0.2002	0.0437	-0.0512	0.1758	0.0742	0.1474	44.8353	-21.148	28.89
3	0.2908	-0.0819	0.0287	0.1835	-0.0583	0.0967	0.0163	-0.0331	-0.102	0.0208	-0.027	0.0395	0.0444	0.0113	-0.0209	0.0724	-0.0008	0.0055	0.0156	0.0335	0.0784	20.5267	-31.2331	19.6419
4	0.1702	0.0506	-0.2789	0.0223	-0.1055	0.5278	-0.0234	-0.3108	0.3328	0.2244	0.1129	0.107	-0.35	-0.0435	-0.0621	0.5782	-0.1488	-0.1462	0.4827	0.082	0.4816	53.4772	2.6071	41.9979
5	0.5197	-0.0091	0.4162	0.1252	-0.064	0.3587	-0.0456	-0.1219	0.0276	0.0125	-0.0633	-0.0703	0.07	0.1745	-0.1737	0.2256	-0.0169	-0.0004	0.3434	0.0339	0.0964	43.2513	-15.3559	44.1026
6	0.1508	-0.0312	-0.0727	0.2344	0.0244	0.321	-0.009	-0.0459	0.048	0.0915	-0.0125	0.0268	-0.0334	-0.0589	0.0105	0.0651	0.0043	0.0101	0.0305	-0.0314	0.0546	13.411	-0.1195	27.2505
7	1.1106	0.2316	-0.7224	0.0517	-0.1586	0.4885	0.0108	-0.2332	0.0576	0.2662	-0.0827	0.1822	0.0848	-0.0828	0.0041	0.483	0.0326	-0.0493	0.5275	0.0142	0.3333	54.402	-29.649	46.437
8	4.8056	0.4803	0.2895	0.4513	0.5382	1.7083	0.0076	-0.2461	-0.2197	0.2299	-0.0539	0.1837	0.1547	-0.1392	0.0707	0.4825	0.1376	-0.1668	0.484	-0.0515	0.3182	57.615	-26.069	46.389
9	0.7557	-0.0759	1.2641	0.0925	-0.1931	2.167	-0.0968	0.0373	0.2175	0.2032	-0.1084	-0.2559	-0.0317	0.4139	0.0346	0.1397	0.032	-0.05	0.2007	0.0132	0.1751	47.6072	-8.7684	36.1759
10	0.2238	0.0028	-0.0105	0.2026	0.042	0.1243	-0.0057	0.0342	0.0016	-0.0013	0.0029	-0.008	0.0039	0.0054	-0.0121	-0.0017	0.029	0.0194	0.0518	0.0026	0.0386	31.8248	-19.1667	7.9461
11	0.4238	0.1601	0.3286	0.2907	0.0242	0.2979	-0.1354	-0.0857	0.1439	0.1854	-0.0488	-0.1492	0.1034	0.2077	-0.0572	0.1691	0.0353	-0.0226	0.2824	0.0295	0.0999	48.4948	-10.9325	38.8826
12	0.1651	0.0487	-0.035	0.2631	0.0738	0.2269	-0.007	0.0013	0.0374	0.0202	-0.0117	0.019	-0.0286	0.0087	-0.0075	0.014	-0.0368	-0.0165	0.0308	0.0122	0.0505	27.4417	0.0605	12.6416
13	0.7018	-0.1284	-0.0942	0.3243	0.2172	0.502	-0.1156	-0.2794	0.428	0.2451	-0.0353	0.0365	-0.2246	0.0637	0.0185	0.4599	0.0539	-0.0419	0.6252	-0.0125	0.3384	51.8254	-5.6333	50.2504
14	0.3733	0.1375	0.295	1.141	0.0948	0.2491	0.0821	-0.4742	-0.0805	0.3501	0.0204	-0.175	0.0324	0.1938	0.0812	0.2474	0.0092	-0.0493	0.2512	0.0113	0.0818	36.2576	-25.2935	38.7068
15	0.2345	-0.0456	0.0409	0.2658	-0.1017	0.2374	0.0067	-0.0728	-0.0107	0.0722	0.0118	0.0829	0.0303	-0.0411	-0.009	0.0548	-0.0058	0.0445	0.0724	0.0356	0.0434	9.1404	-19.4544	31.5994

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 3:44)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 45:58)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 59:176)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 1:31)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 32:58)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 59:176)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 4:19)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 20:35)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 36:58)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 59:176)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resseq 4:58)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resseq 59:176)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resseq 2:45)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resseq 46:58)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resseq 59:176)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)