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万見
- PDB-4e21: The crystal structure of 6-phosphogluconate dehydrogenase from Ge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+21
タイトルThe crystal structure of 6-phosphogluconate dehydrogenase from Geobacter metallireducens
要素6-phosphogluconate dehydrogenase (Decarboxylating)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / organic acid catabolic process / pentose-phosphate shunt / NADP binding
類似検索 - 分子機能
6-phosphogluconate dehydrogenase, YqeC-type / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 ...6-phosphogluconate dehydrogenase, YqeC-type / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter metallireducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.301 Å
データ登録者Zhang, Z. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Zhang, Z. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of 6-phosphogluconate dehydrogenase from Geobacter metallireducens
著者: Zhang, Z. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2012年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase (Decarboxylating)
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase (Decarboxylating)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8524
ポリマ－79,6162
非ポリマー2362
水3,189177
1
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase (Decarboxylating)
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase (Decarboxylating)
ヘテロ分子

A: 6-phosphogluconate dehydrogenase (Decarboxylating)
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase (Decarboxylating)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,7048
ポリマ－159,2314
非ポリマー4734
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area28440 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area44460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.297, 184.832, 93.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 6-phosphogluconate dehydrogenase (Decarboxylating)


分子量: 39807.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (バクテリア)
株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: Gmet_2620 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q39SD5, phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating)
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 45% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 38644 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 26.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 14.33
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.301→41.715 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 25.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 1867 5.1 %
Rwork0.1952 --
obs0.1975 36608 93.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.772 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0324 Å2-0 Å20 Å2
2---12.7131 Å2-0 Å2
3---9.6808 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.301→41.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4810 0 16 177 5003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1876622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6961779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005872
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3006-2.36280.26741270.22572323X-RAY DIFFRACTION83
2.3628-2.43230.28131270.21972427X-RAY DIFFRACTION85
2.4323-2.51080.26861220.21822521X-RAY DIFFRACTION88
2.5108-2.60050.2791440.21212544X-RAY DIFFRACTION90
2.6005-2.70460.28761280.20622577X-RAY DIFFRACTION90
2.7046-2.82770.22121520.20622655X-RAY DIFFRACTION93
2.8277-2.97670.26991440.19752671X-RAY DIFFRACTION95
2.9767-3.16320.24821310.19482768X-RAY DIFFRACTION96
3.1632-3.40730.22461700.18322707X-RAY DIFFRACTION95
3.4073-3.750.2111500.16962831X-RAY DIFFRACTION98
3.75-4.29220.17581510.16162849X-RAY DIFFRACTION99
4.2922-5.40580.22581510.17432887X-RAY DIFFRACTION99
5.4058-41.72160.26991700.22772981X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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