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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4.0E+19 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1 | ||||||
![]() | ribonuclease H1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / RNase H1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() exonuclease activity / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | You, D.J. / Angkawidjaja, C. / Koga, Y. / Kanaya, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1 著者: You, D.J. / Angkawidjaja, C. / Koga, Y. / Kanaya, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21001.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20%(W/V) PEG 8000, Imidazole(pH6.5), 3%(V/V) MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日 |
回折測定 | 詳細: 1.00 degrees, 0.7 sec, detector distance 150.00 mm / 手法: \w scans |
放射 | モノクロメーター: horizontal focusing mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
Reflection | Av R equivalents: 0.074 / 数: 362644 |
反射 | 解像度: 1.41→50 Å / Num. obs: 48997 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 31.61 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 3.613 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 98.9 |
Cell measurement | Reflection used: 362644 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MR |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 41564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2EHG 解像度: 1.41→40.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.211 / WRfactor Rwork: 0.176 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 0.907 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.16 Å2 / Biso mean: 18.1282 Å2 / Biso min: 8.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.41→40.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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