PDB-4e0p: Protelomerase tela covalently complexed with substrate DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e0p

タイトル

Protelomerase tela covalently complexed with substrate DNA

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*T)-3')
DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')
Protelomerase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTELEMORASE / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Helix Hairpins - #1780 / Telomere resolvase / Telomere resolvase ResT / Telomere resolvase ResT superfamily / Telomere resolvase ResT/TelK catalytic domain / hpI Integrase; Chain A / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: An enzyme-catalyzed multistep DNA refolding mechanism in hairpin telomere formation.
著者: Shi, K. / Huang, W.M. / Aihara, H.

履歴

登録	2012年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e0p.cif.gz	188.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e0p.ent.gz	154.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4e0p_validation.pdf.gz	853.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e0p_full_validation.pdf.gz	861.3 KB	表示
XML形式データ	4e0p_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	4e0p_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/4e0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/4e0p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dwpC 4e0gC 4e0jC 4e0yC 4e0zC 4e10C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e0j-1 4e0z-1 4azi-d 5yjw-1 4do4-d 6d56-d 6v94-d 4do6-d 4e0y-1 4e0g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protelomerase

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

62.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protelomerase

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

A: Protelomerase

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
126 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.583, 119.693, 62.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.94, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-673- HOH
2	1	D-224- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protelomerase 分子量: 52648.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: telA, Atu2523 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CWV1

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPTPAPAPTPAPAPCPAPAPTPAPT)-3') 分子量: 4255.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPTPGPAPTPAPTPTPGPTPTPAPTPTPAPTPG)-3') 分子量: 5535.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 440分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-DT / THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / TMP タイプ: DNA linking / 分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₈P / コメント: dTMP*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 5% (w/v) PEG 4000, 10mM Tris-HCl, 300mM NaCl , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 96 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 3 / Num. obs: 58879 / % possible obs: 83.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→39.983 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2492	1619	5.05 %
R_work	0.2012	-	-
obs	0.2037	32038	79.37 %
all	-	32047	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.6852 Å²	0 Å²	-1.0303 Å²
2-	-	2.4322 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.312 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2528	593	29	436	3586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3286
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.467	4562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.969	1263
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	482

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2002-2.2649	0.3792	70	0.2214	1500	X-RAY DIFFRACTION	47
2.2649-2.338	0.3084	80	0.2261	1642	X-RAY DIFFRACTION	51
2.338-2.4216	0.2563	100	0.243	1823	X-RAY DIFFRACTION	57
2.4216-2.5185	0.299	104	0.2538	2044	X-RAY DIFFRACTION	64
2.5185-2.6331	0.3083	133	0.2702	2254	X-RAY DIFFRACTION	71
2.6331-2.7719	0.3347	117	0.2638	2495	X-RAY DIFFRACTION	79
2.7719-2.9455	0.3211	151	0.2669	2812	X-RAY DIFFRACTION	88
2.9455-3.1729	0.3075	165	0.256	3107	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1729-3.492	0.2393	185	0.1938	3150	X-RAY DIFFRACTION	99
3.492-3.9969	0.2414	163	0.1681	3182	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9969-5.0341	0.1837	178	0.1517	3168	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0341-39.9894	0.1989	173	0.1647	3242	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2614	-0.2711	-0.1232	0.684	-0.3097	0.5333	0.0589	0.3047	-0.9774	-0.4904	-0.6089	1.6537	0.1818	-0.5965	0.5491	0.5157	0.076	0.1122	0.5039	-0.2195	1.6645	26.212	-37.7691	-5.8623
2	4.3767	-0.5336	5.079	1.8461	-0.9465	5.9535	-0.2423	0.0844	1.541	0.0055	-0.0777	-0.5485	-0.4279	0.2248	0.3197	0.3587	0.006	0.0144	0.493	0.1846	1.5689	35.8889	-25.6965	2.5256
3	9.5574	2.2275	-3.3071	3.7469	1.2632	6.0087	0.2849	-0.0984	0.2875	0.3526	0.1544	-2.0897	0.151	0.9415	-0.4299	0.7354	0.032	-0.4836	0.979	0.1728	1.882	40.4155	-21.5948	12.2112
4	0.9985	-0.2587	1.1099	1.0198	-0.097	2.7281	-0.2167	-0.0772	0.1859	0.4528	0.0885	-0.4124	0.08	0.3403	0.0576	0.3514	0.044	-0.1915	0.3368	0.1858	1.0383	29.1152	-31.2825	8.6777
5	0.75	-1.0164	0.131	4.9236	-0.7843	1.2752	-0.0649	0.0055	-0.4124	-0.2257	-0.067	0.4742	0.2033	-0.0867	0.1038	0.4145	0.0494	0.0819	0.2393	0.0772	1.2179	19.5861	-43.2062	2.5118
6	1.9314	-3.649	-1.2331	7.3411	2.3948	0.7965	-0.7246	-0.2593	0.1843	1.8317	0.3642	-0.5153	0.1169	0.4719	0.3253	0.6727	0.0505	-0.1498	0.4169	0.2882	0.9972	17.4908	-30.8097	13.7263
7	3.1037	-2.9946	0.0346	5.1629	2.4439	7.3547	0.0186	-0.1475	-0.0022	0.316	0.2242	-1.1944	-0.0237	0.5571	-0.1852	0.2005	-0.0155	-0.0673	0.1877	0.1224	0.487	19.1989	-25.6525	5.5267
8	2.1335	-2.3111	-0.3306	4.1681	-0.1774	1.9943	0.4022	0.2818	-0.0371	-0.5563	-0.3234	0.0313	-0.1371	-0.1149	-0.0501	0.354	0.086	0.041	0.2787	-0.0622	1.0865	18.1875	-34.0418	-3.5006
9	5.9	-3.3419	2.5203	2.7588	0.8482	9.3492	-0.4444	-0.8567	-1.0213	1.4323	0.3579	0.9431	0.4513	-0.7626	0.0725	0.3797	-0.0302	0.0272	0.3258	0.132	0.2991	5.237	-22.9946	8.7414
10	1.8301	-0.5679	-0.7169	3.2249	-0.6986	1.2204	0.1039	-0.3612	0.6108	0.3614	-0.0433	-0.6802	-0.2576	0.071	-0.1282	0.3151	-0.0004	-0.0275	0.2505	-0.1649	0.2479	12.4253	3.9088	8.1469
11	1.275	0.6968	-0.2909	1.8261	-0.8274	1.2932	-0.0262	0.0288	0.1766	-0.0878	0.0369	-0.5396	-0.1297	0.2241	0.0291	0.1931	-0.0626	0.2385	0.1457	0.0774	0.8587	27.2027	0.8168	-3.0179
12	2.5745	0.6706	-1.7189	1.0104	0.9158	4.4967	-0.0621	0.4797	0.57	-0.6541	0.5696	0.5321	-0.8758	-0.4301	-0.5706	0.7649	-0.0222	0.2723	0.6145	0.4243	1	18.4471	11.0528	-17.9327
13	1.7307	0.5546	-1.2507	1.5397	-1.3089	3.7443	-0.1982	0.3773	-0.1054	-0.3143	0.1895	-0.0888	0.4111	-0.3422	0.1589	0.4738	0.0642	0.2509	0.4537	0.073	0.1729	16.9289	-9.2245	-12.5357
14	1.2769	0.1292	-0.1018	0.0293	0.156	1.6318	-0.2149	0.2078	0.2909	-0.4584	0.2263	0.0525	-0.434	0.2305	-0.0019	0.3674	-0.0674	0.2333	0.3115	0.3088	0.7154	21.1895	7.4756	-10.7311
15	0.0278	0.1654	-0.0093	0.9781	-0.0505	0.0028	0.2143	0.2818	0.6182	-0.1898	-0.0886	-0.5144	-0.153	0.1338	-0.0823	0.3329	0.0635	0.211	0.3503	0.0888	1.3057	34.6257	-3.0655	-6.22
16	4.4567	-5.423	4.5219	6.69	-5.6843	4.9515	-0.1303	0.3595	0.6429	0.2414	-0.0323	-2.2398	0.2143	1.0462	0.1635	0.3781	0.0606	-0.0434	0.3518	-0.0145	1.1624	31.7453	-12.3645	2.5048
17	1.6775	1.4057	-0.0936	3.2942	1.242	1.4968	0.1154	-0.7528	0.402	0.1994	-0.1916	0.1394	-0.2177	-0.0031	0.1223	0.3053	-0.031	-0.2856	0.3699	-0.1992	0.692	23.827	1.801	12.2872
18	2.309	0.3567	0.9649	2.4932	0.1077	2.1336	-0.0479	0.4007	0.63	-0.2493	0.0679	-0.2828	-0.2378	-0.0369	-0.0251	0.2464	0.0229	0.1388	0.1793	0.1062	0.287	9.3158	3.013	-3.8009
19	4.1279	0.4423	0.3667	3.8232	-0.2921	3.8284	0.0354	-0.0869	0.1596	0.0267	0.0351	0.0333	-0.1671	-0.0728	-0.0197	0.2118	0.0247	-0.0036	0.1503	-0.1413	0.104	7.0194	-0.9909	1.1568
20	9.3814	2.0851	3.8903	5.8843	-1.8331	4.854	-0.2058	-1.0793	1.4673	0.9438	-0.0575	0.5371	-1.4892	-1.0295	0.2904	0.8149	0.0807	0.06	0.6737	-0.3991	0.8633	0.1334	15.6468	8.9694
21	4.1791	0.4783	5.1857	4.779	0.746	9.7421	-0.6196	-1.1862	1.5273	1.1451	-0.6024	-0.6455	-1.5725	-0.1542	1.29	1.1607	-0.0625	-0.864	1.9581	-0.1764	1.6678	40.6427	-10.5148	24.7666
22	2.5971	-1.9626	2.0589	2.2054	-0.351	4.6243	-0.1185	-0.3703	0.1449	0.206	0.0744	-0.5139	-0.0485	0.5654	0.0429	0.4219	-0.0224	-0.3846	0.5071	0.101	0.7186	27.8224	-16.8564	13.151
23	0.3772	-1.0169	0.9055	3.2823	-2.9657	2.6824	0.0214	-0.1627	-0.096	0.1274	0.0861	-0.0338	-0.0234	-0.324	-0.1097	0.2621	-0.0436	-0.0226	0.2355	0.1168	0.1608	13.418	-10.7964	6.0571
24	7.6175	-0.5786	-2.304	4.1896	-1.1443	1.1167	-0.0641	1.6012	-0.5054	-1.1564	-0.2506	1.3113	-0.2408	-1.2169	0.2486	0.3534	0.1489	-0.1208	0.6303	-0.1428	0.4738	7.8148	-23.5777	-1.4136
25	2.7471	3.42	1.2125	4.3186	1.9536	3.7229	-0.1752	-0.3548	0.04	0.1763	-0.0549	-0.5512	0.0587	0.2797	0.1492	0.2119	0.0562	-0.1335	0.17	-0.0188	0.4587	20.9313	-12.4028	3.8049
26	5.6826	-2.9284	1.1489	2.4547	-1.189	3.334	0.0061	-1.1155	-0.617	0.3654	0.356	-0.1426	0.5761	0.3258	-0.2416	0.6177	0.0396	-0.4542	0.7965	0.079	0.6699	27.5621	-14.3009	19.2007
27	3.3157	-3.2146	-1.8057	7.079	-0.6029	6.2592	0.0366	-0.647	-0.0491	0.4605	0.0588	-1.13	-0.2215	1.1279	-0.0771	0.6515	0.0497	-0.6463	1.5913	0.0198	1.2157	43.574	-17.9638	21.0276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 102:110)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 111:119)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 120:126)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 127:139)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 140:153)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 154:166)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 167:180)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 181:195)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 196:206)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 207:235)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 236:265)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 266:278)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 279:297)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 298:312)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 313:331)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 332:337)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 338:362)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 363:395)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 396:412)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 413:421)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 1:4)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 5:11)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 12:16)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 17:20)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 21:24)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and resid 25:28)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain D and resid 29:32)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

-
非ポリマー , 3種, 440分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

-非ポリマー , 3種, 440分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

-
非ポリマー , 3種, 440分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)