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- PDB-4e0m: SVQIVYK segment from human Tau (305-311) displayed on 54-membered... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e0m
タイトルSVQIVYK segment from human Tau (305-311) displayed on 54-membered macrocycle scaffold (form I)
要素Cyclic pseudo-peptide SVQIVYK(ORN)EF(HAO)(4BF)K(ORN)
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / out-of-register / fiber-forming / macrocycle
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / main axon / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of long-term synaptic depression / tubulin complex ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / main axon / phosphatidylinositol bisphosphate binding / regulation of long-term synaptic depression / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of chromosome organization / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / regulation of microtubule polymerization / microtubule polymerization / lipoprotein particle binding / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / dynactin binding / negative regulation of mitochondrial membrane potential / apolipoprotein binding / axolemma / protein polymerization / glial cell projection / negative regulation of mitochondrial fission / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of axon extension / neurofibrillary tangle assembly / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of cellular response to heat / synapse assembly / supramolecular fiber organization / positive regulation of protein localization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / axon cytoplasm / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / regulation of microtubule cytoskeleton organization / nuclear periphery / protein phosphatase 2A binding / positive regulation of superoxide anion generation / cellular response to reactive oxygen species / astrocyte activation / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to lead ion / synapse organization / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / memory / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / actin binding / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / cell body / growth cone / double-stranded DNA binding / microtubule binding / protein-macromolecule adaptor activity / dendritic spine / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / microtubule / learning or memory / neuron projection / regulation of autophagy / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Zhao, M. / Liu, C. / Michael, S.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Out-of-register beta-sheets suggest a pathway to toxic amyloid aggregates
著者: Liu, C. / Zhao, M. / Jiang, L. / Cheng, P.N. / Park, J. / Sawaya, M.R. / Pensalfini, A. / Gou, D. / Berk, A.J. / Glabe, C.G. / Nowick, J. / Eisenberg, D.
履歴
登録2012年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic pseudo-peptide SVQIVYK(ORN)EF(HAO)(4BF)K(ORN)
B: Cyclic pseudo-peptide SVQIVYK(ORN)EF(HAO)(4BF)K(ORN)
C: Cyclic pseudo-peptide SVQIVYK(ORN)EF(HAO)(4BF)K(ORN)
D: Cyclic pseudo-peptide SVQIVYK(ORN)EF(HAO)(4BF)K(ORN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,62913
ポリマ－7,7284
非ポリマー9019
水50428
1
A: Cyclic pseudo-peptide SVQIVYK(ORN)EF(HAO)(4BF)K(ORN)
B: Cyclic pseudo-peptide SVQIVYK(ORN)EF(HAO)(4BF)K(ORN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1495
ポリマ－3,8642
非ポリマー2853
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area2830 Å2
手法PISA
2
C: Cyclic pseudo-peptide SVQIVYK(ORN)EF(HAO)(4BF)K(ORN)
D: Cyclic pseudo-peptide SVQIVYK(ORN)EF(HAO)(4BF)K(ORN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4808
ポリマ－3,8642
非ポリマー6166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area2850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.320, 25.340, 50.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Cyclic pseudo-peptide SVQIVYK(ORN)EF(HAO)(4BF)K(ORN)


分子量: 1932.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic molecule / 参照: UniProt: P10636*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1M Na/K phosphate buffer pH 6.2, 35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.91609 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91609 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→18.22 Å / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 7.83
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.75-1.80.4242.5198.7
1.8-1.840.4142.55198.8
1.84-1.90.2863.52199.7
1.9-1.960.2254.23199.3
1.96-2.020.1624.99199.5
2.02-2.090.1386.15199.4
2.09-2.170.1257.11199.5
2.17-2.260.1327.12199.3
2.26-2.360.1187.841100
2.36-2.480.1088.02198.4
2.48-2.610.1098.8199.8
2.61-2.770.08310.4199.3
2.77-2.960.08510.77199.5
2.96-3.20.06812.43198.4
3.2-3.50.05814.111100
3.5-3.910.05815.04198.6
3.91-4.520.05615.53197.3
4.52-5.530.04116.41197.2
5.53-7.830.05215.66195
7.830.04414.97189.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→18.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9309 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9272 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.937 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1287 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 642 9.85 %RANDOM
Rwork0.1854 ---
obs0.1889 6519 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8619 Å20 Å2-3.8144 Å2
2--1.8581 Å20 Å2
3---1.0038 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→18.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数512 0 51 28 591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01579HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.29703HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d163SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes6HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes55HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it579HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.96 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 182 9.9 %
Rwork0.1539 1657 -
all0.1611 1839 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07531.62711.27041.7450.31631.83550.04470.05580.16070.147-0.00870.14120.0567-0.004-0.0360.0110.0130.0192-0.0115-0.0117-0.0023-19.8576-27.2394-1.3919
20.9242-1.2270.04467.28242.63511.78750.1101-0.01070.0987-0.1211-0.11040.0506-0.1906-0.11360.0003-0.050.01370.0318-0.0595-0.0119-0.0751-19.1998-17.7555-3.2241
31.71490.5130.34753.69020.61352.12470.0978-0.14820.14720.0222-0.1152-0.0704-0.00210.22620.0175-0.1457-0.01070.0268-0.11380.0154-0.09061.9368-16.6877-16.4196
41.391-0.1185-0.18874.53540.27541.469-0.0514-0.2411-0.007-0.0603-0.0392-0.14220.22870.07040.0906-0.0646-0.00380.0284-0.030.015-0.05822.8193-26.4748-17.7993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 13
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 13
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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