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万見
- PDB-4e08: Crystal structure of Drosophila melanogaster DJ-1beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 400000000
タイトルCrystal structure of Drosophila melanogaster DJ-1beta
要素DJ-1 beta
キーワードMOTOR PROTEIN / flavodoxin-like fold / stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of neuromuscular synaptic transmission / negative regulation of developmental growth / larval locomotory behavior / Aggrephagy / glycolate biosynthetic process / glyoxal metabolic process / protein deglycase activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / peroxiredoxin activity ...regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of neuromuscular synaptic transmission / negative regulation of developmental growth / larval locomotory behavior / Aggrephagy / glycolate biosynthetic process / glyoxal metabolic process / protein deglycase activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / peroxiredoxin activity / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / adult locomotory behavior / cellular response to reactive oxygen species / regulation of synaptic plasticity / response to oxidative stress / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lin, J. / Prahlad, J. / Wilson, M.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conservation of Oxidative Protein Stabilization in an Insect Homologue of Parkinsonism-Associated Protein DJ-1.
著者: Lin, J. / Prahlad, J. / Wilson, M.A.
履歴
登録2012年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Database references
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DJ-1 beta
B: DJ-1 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1993
ポリマ－39,1032
非ポリマー961
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.520, 52.520, 227.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21B-201-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.489001, -0.867377, 0.092386), (-0.867238, 0.472062, -0.158291), (0.093687, -0.157525, -0.983061)-6.7118, -0.44819, 32.18166

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要素

#1: タンパク質 DJ-1 beta / Dj-1beta / GH09983p


分子量: 19551.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG1349, dj-1 beta, dj-1-beta, dj-1beta, Dmel_CG1349
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9VA37
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH=4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月6日 / 詳細: K-B PAIR OF BIOMORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→76 Å / Num. all: 25116 / Num. obs: 25116 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2112 / Rsym value: 0.587 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
REFMAC5.6.0116精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OR3

2or3


解像度: 2→75.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 9.18 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24559 1267 5.1 %RANDOM
Rwork0.19318 ---
all0.19579 23814 --
obs0.19579 23814 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.79 Å20.9 Å2-0 Å2
2--1.79 Å2-0 Å2
3----2.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→75.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2680 0 5 278 2963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5032.0013677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0695372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14425.68288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53615475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0471510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211964
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 75 -
Rwork0.296 1314 -
obs-1314 81.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.948-0.6136-0.12521.3286-0.08182.19260.2126-0.09770.2380.1411-0.0977-0.0337-0.2860.2388-0.11490.0945-0.05490.0450.0461-0.02570.034815.6331-15.149528.5415
21.4841-0.36060.32182.00040.13842.52940.16180.2889-0.0361-0.1106-0.11090.12920.0736-0.0463-0.05090.04060.0596-0.01610.1036-0.01690.0121.4812-25.7487.9722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 186
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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