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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dzz | ||||||
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タイトル | Structure of ParF-ADP, crystal form 1 | ||||||
要素 | Plasmid partitioning protein ParF | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / deviant walker box / dna segregation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Schumacher, M.A. / Ye, Q. / Barge, M.R. / Barilla, D. / Hayes, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structural Mechanism of ATP-induced Polymerization of the Partition Factor ParF: IMPLICATIONS FOR DNA SEGREGATION. 著者: Schumacher, M.A. / Ye, Q. / Barge, M.T. / Zampini, M. / Barilla, D. / Hayes, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dzz.cif.gz | 95.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dzz.ent.gz | 72.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dzz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4dzz_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4dzz_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4dzz_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4dzz_validation.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/4dzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/4dzz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22061.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: parF, pOLA52_52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0ZE06 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: peg 4000, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.02 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月12日 |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.02 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→78.3 Å / Num. all: 34200 / Num. obs: 34196 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→39.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1106259.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.4272 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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