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- PDB-4dzs: Crystal structure of yeast Puf4p RNA binding domain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dzs
タイトルCrystal structure of yeast Puf4p RNA binding domain in complex with HO-4BE mutant RNA
要素
  • 5'-R(*UP*GP*UP*AP*UP*CP*AP*UP*A)-3'
  • Pumilio homology domain family member 4
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / PUF RNA binding domain / RNA binding / RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / post-transcriptional regulation of gene expression / intracellular protein localization / negative regulation of translation / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Pumilio homology domain family member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Qiu, C. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Patterns and plasticity in RNA-protein interactions enable recruitment of multiple proteins through a single site.
著者: Valley, C.T. / Porter, D.F. / Qiu, C. / Campbell, Z.T. / Hall, T.M. / Wickens, M.
履歴
登録2012年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pumilio homology domain family member 4
B: Pumilio homology domain family member 4
C: 5'-R(*UP*GP*UP*AP*UP*CP*AP*UP*A)-3'
D: 5'-R(*UP*GP*UP*AP*UP*CP*AP*UP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3114
ポリマ－86,3114
非ポリマー00
水00
1
A: Pumilio homology domain family member 4
C: 5'-R(*UP*GP*UP*AP*UP*CP*AP*UP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1562
ポリマ－43,1562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
2
B: Pumilio homology domain family member 4
D: 5'-R(*UP*GP*UP*AP*UP*CP*AP*UP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1562
ポリマ－43,1562
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.420, 135.750, 148.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pumilio homology domain family member 4


分子量: 40338.035 Da / 分子数: 2 / 断片: Puf4p RNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PUF4, YGL014W, YGL023 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25339
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*GP*UP*AP*UP*CP*AP*UP*A)-3'


分子量: 2817.711 Da / 分子数: 2 / 断片: 4BE RNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月23日
放射モノクロメーター: Si(111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.14→50 Å / Num. all: 23345 / Num. obs: 22435 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.14→3.26 Å / % possible all: 77.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BWT

3bwt


解像度: 3.14→43.283 Å / SU ML: 0.99 / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3162 1903 8.89 %random
Rwork0.26 ---
all0.265 23774 --
obs0.265 21409 90.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.901 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.756 Å2-0 Å20 Å2
2---16.8265 Å20 Å2
3---64.5248 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.14→43.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5152 372 0 0 5524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6067727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7122185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002922
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.14-3.25190.42431060.35281099X-RAY DIFFRACTION52
3.2519-3.3820.42571620.33181667X-RAY DIFFRACTION78
3.382-3.53590.3491810.30121861X-RAY DIFFRACTION88
3.5359-3.72220.32921900.27921985X-RAY DIFFRACTION93
3.7222-3.95530.31822000.26042063X-RAY DIFFRACTION95
3.9553-4.26040.31312050.24912077X-RAY DIFFRACTION97
4.2604-4.68870.32552120.22782136X-RAY DIFFRACTION98
4.6887-5.36610.30222110.25512145X-RAY DIFFRACTION99
5.3661-6.75660.33052140.26522192X-RAY DIFFRACTION99
6.7566-43.2870.252220.2292281X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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