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万見
- PDB-4dzp: Crystal structure of the terminase small subunit gp1 with R48A mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dzp
タイトルCrystal structure of the terminase small subunit gp1 with R48A mutation of the bacterial virus sf6
要素Gene 1 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / gp1 / DNA-binding / R48A mutation
機能・相同性: / Bacteriophage Sf6, terminase small subunit-like / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Gene 1 protein
機能・相同性情報
生物種Shigella phage Sf6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhao, H. / Tang, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Studies of the Phage Sf6 Terminase Small Subunit Reveal a DNA-Spooling Device Facilitated by Structural Plasticity.
著者: Zhao, H. / Kamau, Y.N. / Christensen, T.E. / Tang, L.
履歴
登録2012年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gene 1 protein
B: Gene 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9812
ポリマ－30,9812
非ポリマー00
水3,837213
1
A: Gene 1 protein
B: Gene 1 protein

A: Gene 1 protein
B: Gene 1 protein

A: Gene 1 protein
B: Gene 1 protein

A: Gene 1 protein
B: Gene 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,9258
ポリマ－123,9258
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area32280 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area44210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.060, 89.060, 72.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-293-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Gene 1 protein


分子量: 15490.663 Da / 分子数: 2 / 変異: R48A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf6 (ファージ) / 株: bacteriophage Sf6 / 遺伝子: gp1 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q716H4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 1.2M NAH2PO4/0.8M K2HPO4, 0.2M Li2SO4, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月27日 / 詳細: Rh coated
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.221 Å / Num. all: 27730 / Num. obs: 27623 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.38 % / Biso Wilson estimate: 26.637 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 31.71
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 8.78 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 7.78 / Num. unique all: 1977 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 3HEF

3hef


解像度: 1.8→19.221 Å / SU ML: 0.01 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 1380 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.2111 27592 99.63 %-
all-27730 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.394 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4261 Å2-0 Å20 Å2
2---4.4261 Å20 Å2
3---8.8522 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.221 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1967 0 0 213 2180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8592704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.215757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8002-1.86450.24651350.22092551X-RAY DIFFRACTION99
1.8645-1.93910.21241360.20042586X-RAY DIFFRACTION100
1.9391-2.02720.27591360.20292584X-RAY DIFFRACTION100
2.0272-2.1340.21661360.20272587X-RAY DIFFRACTION100
2.134-2.26750.25481360.19872589X-RAY DIFFRACTION100
2.2675-2.44230.21881380.19532609X-RAY DIFFRACTION100
2.4423-2.68740.20951370.20892612X-RAY DIFFRACTION100
2.6874-3.0750.23921390.21292631X-RAY DIFFRACTION99
3.075-3.86890.23531400.20722671X-RAY DIFFRACTION99
3.8689-19.2220.29321470.21282792X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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