PDB-4dzo: Structure of Human Mad1 C-terminal Domain Reveals Its Involvement...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dzo

タイトル

Structure of Human Mad1 C-terminal Domain Reveals Its Involvement in Kinetochore Targeting

要素

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1

キーワード

CELL CYCLE / homodimer / kinetochore / mitosis / spindle checkpoint protein / Mad2 / nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

MAD1 complex / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / kinetochore binding / nuclear pore nuclear basket / regulation of metaphase plate congression / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / negative regulation of T cell proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Luo, X. / Sun, H. / Tomchick, D.R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of human Mad1 C-terminal domain reveals its involvement in kinetochore targeting.
著者: Kim, S. / Sun, H. / Tomchick, D.R. / Yu, H. / Luo, X.

履歴

登録	2012年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dzo.cif.gz	156.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dzo.ent.gz	126.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dzo_validation.pdf.gz	421.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dzo_full_validation.pdf.gz	422.8 KB	表示
XML形式データ	4dzo_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	4dzo_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/4dzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/4dzo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2iey-2 6mhh-d 6r80-d 4mix-1 6kn5-d 1llm-d 7c2c-d 2wgn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1

B: Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.767, 44.767, 211.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1 / Mitotic arrest deficient 1-like protein 1 / MAD1-like protein 1 / Mitotic checkpoint MAD1 protein ...Mitotic arrest deficient 1-like protein 1 / MAD1-like protein 1 / Mitotic checkpoint MAD1 protein homolog / HsMAD1 / hMAD1 / Tax-binding protein 181 分子量: 14065.779 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 597-718 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAD1, MAD1L1, TXBP181 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y6D9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: hanging-drop vapor diffusion / pH: 6.2 詳細: 20 mM Tris, 100 mM KCl, 1 mM TCEP, 26% (w/v) PEG1500, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.2, 1mM reduced L-Glutathione;, hanging-drop vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月16日 / 詳細: monochromator

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97937 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→33.96 Å / Num. all: 23608 / Num. obs: 23608 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.83 Å² / Limit h max: 21 / Limit h min: 0 / Limit k max: 22 / Limit k min: 0 / Limit l max: 119 / Limit l min: 0 / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.751 / Net I/σ(I): 10.2

Reflection scale

Group code: 1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.76-1.79	11.5	0.676	1202	1.181	1	98.6
1.79-1.82	14.3	0.564	1147	1.095	1	100
1.82-1.86	14.9	0.45	1208	1.087	1	100
1.86-1.9	15	0.407	1147	1.111	1	100
1.9-1.94	15	0.297	1204	1.087	1	100
1.94-1.98	15	0.256	1156	1.15	1	100
1.98-2.03	15.1	0.195	1213	1.132	1	100
2.03-2.09	15.1	0.165	1147	1.123	1	100
2.09-2.15	15	0.14	1195	1.166	1	100
2.15-2.22	15.1	0.119	1181	1.19	1	100
2.22-2.3	15.1	0.113	1167	1.28	1	100
2.3-2.39	15.1	0.098	1185	1.303	1	100
2.39-2.5	15.1	0.091	1211	1.377	1	100
2.5-2.63	15.1	0.079	1177	1.534	1	100
2.63-2.79	15.2	0.071	1182	1.674	1	100
2.79-3.01	15.1	0.066	1169	2.052	1	100
3.01-3.31	15.1	0.065	1184	2.707	1	100
3.31-3.79	14.8	0.063	1193	3.447	1	100
3.79-4.78	14.6	0.049	1187	3.111	1	100
4.78-50	14.7	0.055	1225	5.054	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.76→33.955 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8957 / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 17.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1968	2034	8.62 %	RANDOM
R_work	0.1604	-	-	-
all	0.1635	23583	-	-
obs	0.1635	23583	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.01 Å² / k_sol: 0.306 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.06 Å² / B_iso mean: 29.0947 Å² / B_iso min: 8.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9251 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.9251 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.8501 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→33.955 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1914	0	0	287	2201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.205	2606
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	303
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	329
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.283	736

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.76-1.801	0.268	136	0.234	1423	1559	99
1.801-1.846	0.2448	140	0.2127	1448	1588	100
1.846-1.8959	0.2723	143	0.1897	1403	1546	100
1.8959-1.9517	0.1978	138	0.159	1449	1587	100
1.9517-2.0147	0.2125	131	0.1527	1435	1566	100
2.0147-2.0867	0.2027	134	0.1601	1424	1558	100
2.0867-2.1702	0.2064	138	0.1497	1417	1555	100
2.1702-2.269	0.1979	134	0.1464	1469	1603	100
2.269-2.3886	0.1989	133	0.1434	1427	1560	100
2.3886-2.5382	0.2117	134	0.1512	1444	1578	100
2.5382-2.7341	0.1937	133	0.1528	1437	1570	100
2.7341-3.0091	0.1787	133	0.1562	1442	1575	100
3.0091-3.4441	0.2155	138	0.1604	1455	1593	100
3.4441-4.3378	0.163	134	0.1531	1423	1557	100
4.3378-33.9612	0.1825	135	0.1712	1453	1588	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1436	0.3919	-1.9154	0.5956	-0.7995	6.5022	-0.0368	-0.3087	0.0374	0.0432	0.0021	0.0497	0.1724	0.2731	0.0516	0.0811	0.0317	0.0034	0.1751	0.0137	0.1353	7.7	13.3553	130.4861
2	1.9482	-0.0076	0.0011	2.5793	0.4242	2.0219	0.0506	0.0924	0.2309	0.0305	-0.0335	0.1904	-0.0142	-0.1167	-0.0167	0.0811	0.0082	0.0234	0.0925	0.0336	0.1062	6.7683	26.8132	98.5208
3	0.4817	0.523	-1.7918	0.5856	-1.1074	6.9734	0.0733	-0.0787	0.1136	0.0495	0.0348	0.0479	0.0665	-0.0012	0.0163	0.0803	0.0171	0.0011	0.1607	-0.0074	0.1415	-2.2904	14.6938	129.3432
4	2.4061	-0.4103	1.1326	1.2218	-0.2727	2.1124	0.4433	-0.2936	-0.7849	0.2595	0.0738	-0.2583	0.7684	0.089	-0.1751	0.3319	-0.0149	-0.1501	0.1302	0.0991	0.3153	9.0347	4.9025	105.1973
5	1.4929	0.0375	0.4979	1.2322	0.4763	0.9926	0.3571	0.5906	-0.81	-0.0959	0.0429	-0.2932	0.2541	0.4029	-0.2401	0.1766	0.072	-0.0235	0.1627	-0.0646	0.2402	11.3909	8.1526	92.8759

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 598:637)	A	598 - 637
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 638:716)	A	638 - 716
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 596:637)	B	596 - 637
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 638:682)	B	638 - 682
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 683:718)	B	683 - 718

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)