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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dzk | ||||||
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タイトル | A de novo designed Coiled Coil CC-Tri-N13 | ||||||
![]() | COILED-COIL PEPTIDE CC-TRI-N13 | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bruning, M. / Thomson, A.R. / Zaccai, N.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A basis set of de novo coiled-coil Peptide oligomers for rational protein design and synthetic biology. 著者: Fletcher, J.M. / Boyle, A.L. / Bruning, M. / Bartlett, G.J. / Vincent, T.L. / Zaccai, N.R. / Armstrong, C.T. / Bromley, E.H. / Booth, P.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 14.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 415.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3431.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid state peptide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 5 % v/v 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月20日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.79→44.3 Å / Num. obs: 3777 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 7.1 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.455 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→44.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.786→1.832 Å / Total num. of bins used: 20
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