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- PDB-4dza: Crystal structure of a lysine racemase within internal aldimine l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dza
タイトルCrystal structure of a lysine racemase within internal aldimine linkage
要素lysine racemase
キーワードISOMERASE / PLP binding / Racemization
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine racemase / arginine racemase activity / lysine racemase activity / alanine racemase activity / pyridoxal phosphate binding / periplasmic space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Racemase Bsr/Lyr / Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain ...Racemase Bsr/Lyr / Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Wang, W.C. / Wu, H.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of lysine-preferred racemases, the non-antibiotic selectable markers for transgenic plants
著者: Wu, H.M. / Kuan, Y.C. / Chu, C.H. / Hsu, W.H. / Wang, W.C.
履歴
登録2012年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lysine racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1921
ポリマ－45,1921
非ポリマー00
水4,035224
1
A: lysine racemase

A: lysine racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3852
ポリマ－90,3852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.847, 85.086, 151.292
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-533-

HOH

21A-626-

HOH

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要素

#1: タンパク質 lysine racemase


分子量: 45192.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 株: BCRC10725 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M4GGR9*PLUS, lysine racemase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Sodium-acetate, 0.05M Lithium-chloride, 29% PEG8000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月20日
放射モノクロメーター: a double-crystal monochromator and a horizontal focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→30 Å / Num. all: 49586 / Num. obs: 39932 / % possible obs: 80.5 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DYJ

4dyj


解像度: 1.74→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 2.851 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26069 2007 5.1 %RANDOM
Rwork0.22006 ---
all0.239 39728 --
obs0.22215 37721 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.209 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å20 Å2
2--1.64 Å20 Å2
3----2.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2890 0 0 224 3114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.9623962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1945370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.54325.149134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.58815531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7211518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.10521835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.97732958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.61621096
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.78431004
LS精密化 シェル解像度: 1.741→1.786 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 137 -
Rwork0.291 2780 -
obs--96.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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