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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dyu
タイトルThe crystal structure of DNA starvation/stationary phase protection protein Dps from Yersinia pestis KIM 10
要素DNA protection during starvation protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / chromosome condensation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA protection during starvation protein, gammaproteobacteria / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...DNA protection during starvation protein, gammaproteobacteria / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Tan, K. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of DNA starvation/stationary phase protection protein Dps from Yersinia pestis KIM 10
著者: Tan, K. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA protection during starvation protein
B: DNA protection during starvation protein
C: DNA protection during starvation protein
D: DNA protection during starvation protein
E: DNA protection during starvation protein
F: DNA protection during starvation protein
G: DNA protection during starvation protein
H: DNA protection during starvation protein
I: DNA protection during starvation protein
J: DNA protection during starvation protein
K: DNA protection during starvation protein
L: DNA protection during starvation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,04737
ポリマ－230,01412
非ポリマー2,03425
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area48880 Å2
ΔGint-823 kcal/mol
Surface area56740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.414, 105.102, 191.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細experimentally unknown. It is predicted that the chains A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K and L may form a dodecamer.

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要素

#1: タンパク質
DNA protection during starvation protein


分子量: 19167.801 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: KIM10+ / 遺伝子: dps, y1677, Yersinia pestis, YPO2510, YP_2325 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic
参照: UniProt: Q7CJ65, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M MES:NaOH, 35% (v/v) MPD, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月16日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si crystal 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→46.2 Å / Num. all: 56019 / Num. obs: 56019 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2776 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AK9

3ak9


解像度: 2.75→46.192 Å / SU ML: 0.89 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2689 2829 5.06 %Random
Rwork0.1795 ---
all0.184 55867 --
obs0.184 55867 99.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.505 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6198 Å20 Å2-0 Å2
2--1.1183 Å20 Å2
3----2.7381 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→46.192 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14872 0 77 210 15159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13620577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9885504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042649
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.7501-2.79750.37271540.2412558255897
2.7975-2.84840.34121330.219126232623100
2.8484-2.90320.37731360.233126272627100
2.9032-2.96240.33871470.221226152615100
2.9624-3.02680.36961320.233126452645100
3.0268-3.09720.35851460.216326552655100
3.0972-3.17470.31131560.209726002600100
3.1747-3.26050.2731390.182526192619100
3.2605-3.35640.31761380.175526342634100
3.3564-3.46470.29271260.159826672667100
3.4647-3.58850.25561490.165826232623100
3.5885-3.73210.25991460.150126562656100
3.7321-3.90190.21211300.151226662666100
3.9019-4.10750.23871470.159326312631100
4.1075-4.36460.21571250.13472686268699
4.3646-4.70130.23811380.12726522652100
4.7013-5.17390.22891640.164726672667100
5.1739-5.92120.28011400.225527132713100
5.9212-7.45510.28411360.210827312731100
7.4551-46.19880.21011470.19242770277097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6945-0.44430.43140.8118-0.48480.7410.0906-0.28210.0040.23270.04880.2212-0.1353-0.31840.0070.12070.02790.12860.2583-0.11440.19418.368311.690950.2873
20.2039-0.1202-0.020.7311-0.61650.6552-0.0559-0.0014-0.16810.0686-0.03920.26640.041-0.1197-0.07280.19610.15550.02550.07770.02980.135711.01611.384142.542
30.9306-0.0723-0.20740.84730.10590.38410.1343-0.12340.1610.171-0.12530.1855-0.1909-0.2222-0.10710.14040.1290.04320.1492-0.11420.058810.92122.242845.2826
40.4504-0.18910.20340.6499-0.14710.7016-0.1698-0.0362-0.19460.2060.0636-0.07540.19560.1597-0.21510.11060.2258-0.0226-0.0201-0.06370.140350.4247-21.328116.3845
51.2912-0.59910.87370.8263-0.48031.0132-0.2612-0.12040.07270.13130.1857-0.2314-0.3073-0.08930.00830.19180.0527-0.00420.0315-0.03080.103138.6335-13.52049.838
60.78580.14280.80050.04760.25521.33180.05650.4549-0.0022-0.0330.0453-0.17480.11320.5943-0.02660.16860.14390.0480.46380.08430.299551.2488-17.54233.8417
70.3816-0.0821-0.181.13050.23481.42970.04420.0717-0.20110.0425-0.0085-0.16550.38810.12310.0160.24070.061-0.030.0568-0.1420.172637.8045-24.82628.4413
80.9932-0.64490.46031.0169-0.69871.1221-0.00450.0885-0.0865-0.1167-0.09260.1814-0.0728-0.1818-0.05990.12360.2196-0.03850.4637-0.14910.2463-6.108313.163329.4313
96.7136-4.4263-3.25023.94650.42037.4904-0.3511-0.0899-0.05260.36770.0218-0.31651.14050.58430.0070.26610.01520.0080.23790.01020.13545.6814-7.741450.3304
101.1371-1.28010.91211.9872-1.13320.79680.02750.17080.21840.1529-0.2956-0.319-0.11880.11780.1760.0409-0.0208-0.09640.3999-0.07310.12853.68664.189733.3948
110.542-0.12420.36932.1815-0.67860.43290.0559-0.30230.1050.50570.06130.0893-0.2436-0.2396-0.19980.17260.1040.04490.4273-0.09630.2478-6.81383.490440.5412
121.66320.26140.16911.1445-0.43991.1476-0.0230.0343-0.0228-0.09380.02890.29370.049-0.3698-0.1793-0.0654-0.0277-0.11410.2515-0.1220.2277-4.7999-1.849428.0772
137.50660.40420.89815.2948-1.00196.20970.20331.2092-0.1749-1.11370.1279-0.5130.12980.3157-0.15530.53830.05210.10190.3169-0.02550.263539.27263.4264-14.8777
140.8102-0.05640.23920.7738-0.00691.15640.06090.3009-0.0639-0.04820.012-0.32990.09980.4010.01970.01690.04270.02160.1022-0.00260.077252.533-0.22659.5699
155.4287-1.74970.9056.44552.27746.9068-0.0793-0.20630.39291.0295-0.11620.1740.35890.1206-0.14090.35380.0322-0.10460.2081-0.09730.327150.83299.308256.1194
160.628-0.0210.28711.4203-0.30781.5031-0.0062-0.0447-0.14630.10540.11810.07070.2567-0.0413-0.08730.05340.0599-0.03210.17720.05390.040634.7818-6.776856.0039
170.48920.04960.39510.25260.03890.61250.0972-0.0459-0.2840.0730.15340.01130.3209-0.05910.00320.0533-0.1126-0.163-0.0076-0.03650.089730.1933-11.461251.548
180.7690.2905-0.3280.4027-0.1660.7822-0.0187-0.1872-0.0910.2025-0.03910.10320.0579-0.21950.04190.24480.08570.20490.1288-0.049-0.136823.1128-3.866256.5374
199.08940.7157-0.40135.8003-0.35514.7756-0.0372-0.28110.0547-0.7057-0.138-0.4111-0.48020.1895-0.00510.45920.024-0.06140.1609-0.03660.225232.23437.18628.0131
200.3340.07060.06960.6880.17980.2682-0.02860.11330.1945-0.129-0.05680.0652-0.2476-0.1979-0.1160.07120.1057-0.10610.04880.17470.040923.20214.4698-0.5802
210.80850.05950.06181.1936-0.15210.2256-0.12630.17680.1511-0.30950.1920.2175-0.2491-0.27780.06990.25840.0308-0.00840.22220.07040.108220.81189.5488-11.0606
220.97050.19410.30731.79290.50911.2942-0.09070.12290.1412-0.30550.022-0.2823-0.15350.0207-0.00150.21110.03170.01520.1210.0750.125234.192711.3079-2.9781
231.97880.76850.00061.1823-0.2531.27770.0443-0.0626-0.37430.32080.0017-0.22910.3410.0187-0.01310.31170.11260.00460.11670.00790.111933.1109-27.412343.8078
241.83321.5065-0.35991.7017-0.18010.41480.326-0.1280.12370.33630.02160.00220.0720.00280.07440.1778-0.0065-0.0381-0.00810.04940.113637.9972-14.65340.9709
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 13:58)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 59:94)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 95:167)
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10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 59:86)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 87:136)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 137:167)
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15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resseq 13:22)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resseq 23:53)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resseq 54:113)
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21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resseq 95:133)
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25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resseq 95:113)
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29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resseq 88:167)
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31X-RAY DIFFRACTION31chain 'I' and (resseq 53:113)
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'I' and (resseq 114:167)
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'J' and (resseq 13:22)
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35X-RAY DIFFRACTION35chain 'J' and (resseq 54:86)
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'J' and (resseq 87:141)
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'J' and (resseq 142:167)
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'K' and (resseq 13:53)
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'K' and (resseq 54:94)
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'K' and (resseq 95:167)
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'L' and (resseq 13:22)
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'L' and (resseq 23:94)
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'L' and (resseq 95:167)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る