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Yorodumi- PDB-4dyu: The crystal structure of DNA starvation/stationary phase protecti... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dyu | ||||||
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Title | The crystal structure of DNA starvation/stationary phase protection protein Dps from Yersinia pestis KIM 10 | ||||||
Components | DNA protection during starvation protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information Oxidoreductases; Oxidizing metal ions / oxidoreductase activity, acting on metal ions / chromosome condensation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Yersinia pestis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of DNA starvation/stationary phase protection protein Dps from Yersinia pestis KIM 10 Authors: Tan, K. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dyu.cif.gz | 736.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dyu.ent.gz | 614.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dyu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4dyu_validation.pdf.gz | 553.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4dyu_full_validation.pdf.gz | 601.7 KB | Display | |
Data in XML | 4dyu_validation.xml.gz | 70 KB | Display | |
Data in CIF | 4dyu_validation.cif.gz | 93.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dyu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3ak9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | experimentally unknown. It is predicted that the chains A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K and L may form a dodecamer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 19167.801 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis (bacteria) / Strain: KIM10+ / Gene: dps, y1677, Yersinia pestis, YPO2510, YP_2325 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) magic References: UniProt: Q7CJ65, Oxidoreductases; Oxidizing metal ions #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M MES:NaOH, 35% (v/v) MPD, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97932 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2012 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si crystal 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97932 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→46.2 Å / Num. all: 56019 / Num. obs: 56019 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.8 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2776 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3AK9 Resolution: 2.75→46.192 Å / SU ML: 0.89 / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.505 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→46.192 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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