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- PDB-4dw8: Crystal structure of a haloacid dehalogenase-like hydrolase (Targ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dw8
タイトルCrystal structure of a haloacid dehalogenase-like hydrolase (Target EFI-900331) from Bacteroides thetaiotaomicron with bound Na crystal form I
要素Haloacid dehalogenase-like hydrolase
キーワードHYDROLASE / HAD / putative phosphatase / Enzyme Function Initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical cof family signature 2. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold ...Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical cof family signature 2. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Haloacid dehalogenase-like hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.502 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a haloacid dehalogenase-like hydrolase (Target EFI-900331) from Bacteroides thetaiotaomicron with bound Na crystal form I
著者: Vetting, M.W. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2012年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2245
ポリマ－31,2011
非ポリマー234
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.669, 73.133, 82.572
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Haloacid dehalogenase-like hydrolase


分子量: 31200.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3352 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8A2F3, 加水分解酵素; ハロゲン結合に作用; C-ハロゲン化合物に作用
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: protein solution: 10 mM HEPES, pH 7.8, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 5 mM magnesium, reservoir solution: 20% PEG4000, 100 mM sodium acetate, pH 4.75, 200 mM ammonium acetate, 12% ...詳細: protein solution: 10 mM HEPES, pH 7.8, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 5 mM magnesium, reservoir solution: 20% PEG4000, 100 mM sodium acetate, pH 4.75, 200 mM ammonium acetate, 12% ethylene glycol, cryoprotectant: reservoir solution + 10% glycerol + 10% ethylene glycol + 200 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40 Å / Num. all: 42541 / Num. obs: 42541 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Χ2: 1.137 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.536.20.44920771.043199.4
1.53-1.556.20.39221321.034199.4
1.55-1.586.20.33120721.061199.4
1.58-1.626.20.28721181.058199.5
1.62-1.656.20.23320871.066199.7
1.65-1.696.20.20421301.047199.4
1.69-1.736.20.17121041.051199.8
1.73-1.786.20.14121151.02199.4
1.78-1.836.20.12321181.036199.6
1.83-1.896.20.10321311.057199.6
1.89-1.966.40.10221001.303199.7
1.96-2.046.50.10521561.249199.8
2.04-2.136.60.11521261.2851100
2.13-2.246.80.11421511.4311100
2.24-2.3870.11221421.4661100
2.38-2.567.20.08921731.0291100
2.56-2.827.30.05221741.1231100
2.82-3.237.30.03921771.2321100
3.23-4.0770.0321941.02198.7
4.07-4060.02520641.038188

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345データ収集
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NIW

3niw


解像度: 1.502→20.281 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.8756 / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1906 4.67 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.1824 40830 --
obs0.1824 40830 95.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.686 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 56.72 Å2 / Biso mean: 23.8647 Å2 / Biso min: 10.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9275 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.059 Å2-0 Å2
3----2.8684 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.502→20.281 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2077 0 4 232 2313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4552987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.848840
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.502-1.53930.24131260.21242515264188
1.5393-1.58090.24841290.2042632276191
1.5809-1.62740.23181230.18722648277192
1.6274-1.67990.20721360.1792672280893
1.6799-1.740.20621370.16792715285294
1.74-1.80960.18781310.16972705283694
1.8096-1.89190.21161340.16732757289195
1.8919-1.99150.2081380.1752835297397
1.9915-2.11620.20551410.17792881302299
2.1162-2.27940.18231420.17282900304299
2.2794-2.50840.20961430.18432912305599
2.5084-2.87050.19561430.19312922306599
2.8705-3.61320.24281440.182429733117100
3.6132-20.28290.20491390.17892857299691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.24460.01620.90763.95120.93093.84670.05050.3724-0.1197-0.26650.05480.19110.25680.206-0.07110.19910.0168-0.00520.15070.0070.116-14.4544-19.1511-30.1096
21.43110.02840.5061.3868-1.09463.19720.16380.15710.0402-0.1384-0.0462-0.17080.06860.5348-0.11590.12090.02580.00780.1846-0.02820.1384-4.4262-21.4944-17.8543
31.89970.5638-0.36523.62530.67442.31970.0941-0.1874-0.00150.1989-0.14250.05730.14120.03730.04860.07810.0017-0.02760.11270.00140.1036-13.4325-31.654-2.8635
41.93180.7065-0.28862.7536-2.49985.148-0.09580.09040.39230.2503-0.0891-0.2535-0.80480.30640.03650.1746-0.0474-0.04660.154-0.01050.2545-6.7799-8.4382-15.8642
52.8162-1.10351.19043.95010.61783.3696-0.0885-0.136-0.01030.2330.04410.2090.0848-0.19690.03830.16470.00830.01130.11430.0190.1462-21.7225-11.4096-24.159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:35)A2 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 36:95)A36 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 96:190)A96 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 191:214)A191 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 215:267)A215 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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