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- PDB-4dvs: Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dvs
タイトルCrystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with NBD-557
要素clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードviral protein/transcription inhibitor / HIV-1 gp120 / small molecule inhibitor / CD4 binding site / NBD-557 / viral protein-transcription inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0LY / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein in Complex with NBD Analogues That Target the CD4-Binding Site.
著者: Kwon, Y.D. / Lalonde, J.M. / Yang, Y. / Elban, M.A. / Sugawara, A. / Courter, J.R. / Jones, D.M. / Smith, A.B. / Debnath, A.K. / Kwong, P.D.
履歴
登録2012年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年5月31日Group: Structure summary
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
B: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,42928
ポリマ－78,3212
非ポリマー6,10826
水4,342241
1
A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,21414
ポリマ－39,1601
非ポリマー3,05413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,21414
ポリマ－39,1601
非ポリマー3,05413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.644, 68.223, 94.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39160.367 Da / 分子数: 2 / 変異: S375H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#2: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-0LY / N-(4-bromophenyl)-N'-(2,2,6,6-tetramethylpiperidin-4-yl)ethanediamide / NBD-557 / NBD-557


分子量: 382.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24BrN3O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 49234 / Num. obs: 43523 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Rsym value: 0.076 / % possible all: 46.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3TGT

3tgt


解像度: 2.1→25.067 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 27.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 2070 4.97 %
Rwork0.1927 --
obs0.1947 41640 84.41 %
all-49376 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.4595 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3432 Å20 Å2-5.0073 Å2
2--2.1836 Å2-0 Å2
3----8.5268 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5308 0 384 241 5933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5267930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6472218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01984
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0798-2.12820.2968350.27071222X-RAY DIFFRACTION38
2.1282-2.18130.3154720.2651651X-RAY DIFFRACTION53
2.1813-2.24030.3027940.25082043X-RAY DIFFRACTION65
2.2403-2.30620.30381330.24342303X-RAY DIFFRACTION75
2.3062-2.38050.30581410.22682525X-RAY DIFFRACTION83
2.3805-2.46560.28011470.23072703X-RAY DIFFRACTION86
2.4656-2.56420.26761660.22142843X-RAY DIFFRACTION92
2.5642-2.68080.25061690.212907X-RAY DIFFRACTION94
2.6808-2.82190.24831370.2152993X-RAY DIFFRACTION95
2.8219-2.99840.25261770.21312974X-RAY DIFFRACTION97
2.9984-3.22950.26151580.20323042X-RAY DIFFRACTION97
3.2295-3.55370.22561470.19753036X-RAY DIFFRACTION97
3.5537-4.0660.21381740.17573062X-RAY DIFFRACTION97
4.066-5.11560.19691610.15973061X-RAY DIFFRACTION98
5.1156-25.06870.20251590.17543205X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1367-0.71311.07433.6391-0.90712.8848-0.06990.08230.2508-0.0083-0.03570.0432-0.3442-0.02460.07840.2095-0.00840.01730.2022-0.03550.247318.03271.558139.3619
22.55090.00241.85072.1456-0.11453.47380.0755-0.2131-0.14830.0091-0.03020.03590.3456-0.1284-0.05180.19970.01980.05490.2032-0.0220.223114.8362-20.690840.69
35.5211-1.2842-0.89553.179-0.25643.55110.04350.10870.2664-0.17850.03830.2429-0.1351-0.5412-0.05660.47480.0039-0.06410.29250.04250.2405-12.5054-17.30559.1639
44.6012-0.7716-0.73152.92620.28222.55260.02950.0029-0.7514-0.24480.10360.52020.6766-0.427-0.07740.7309-0.1224-0.13050.3470.06280.4414-11.0064-39.508211.9498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:252 or resid 474:492)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 253:473
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resid 1:252 or resid 474:492)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 253:473

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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