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万見
- PDB-4dvg: Crystal structure of E. histolytica Formin1 bound to EhRho1-GTPgammaS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dvg
タイトルCrystal structure of E. histolytica Formin1 bound to EhRho1-GTPgammaS
要素
  • Diaphanous protein
  • Rho-like small GTPase
キーワードGTP binding/Actin binding Proteins / cytoskeleton / Armadillo repeat / GTPase-binding domain / nucleotide-binding / signaling protein / lipoprotein / actin filament formation / prenylation / GTP binding-Actin binding Proteins complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to phagocytic vesicle / adhesion of symbiont to host cell / actin nucleation / cortical cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / mitotic cytokinesis / phagocytosis / phagocytic cup / phagocytic vesicle ...protein localization to phagocytic vesicle / adhesion of symbiont to host cell / actin nucleation / cortical cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / mitotic cytokinesis / phagocytosis / phagocytic cup / phagocytic vesicle / actin filament polymerization / positive regulation of phagocytosis / actin filament organization / small monomeric GTPase / cell projection / actin filament / regulation of actin cytoskeleton organization / small GTPase binding / regulation of cell shape / actin binding / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / GTPase activity / protein kinase binding / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain ...: / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Ras-like GTP-binding protein RHO1 / Diaphanous protein, putative / Rho-like small GTPase
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Bosch, D.E. / Siderovski, D.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Entamoeba histolytica Rho1 Regulates Actin Polymerization through a Divergent, Diaphanous-Related Formin.
著者: Bosch, D.E. / Yang, B. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2012年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-like small GTPase
B: Diaphanous protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6134
ポリマ－62,0502
非ポリマー5642
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.564, 138.564, 57.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Rho-like small GTPase


分子量: 20749.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EhRho1 / プラスミド: pLIC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: Q95TD4, UniProt: C4M4W4*PLUS, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Diaphanous protein


分子量: 41300.102 Da / 分子数: 1 / Fragment: GBD-FH3, UNP residues 69-418 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EhFormin1, EHI_125300 / プラスミド: pLIC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: C4M622
#3: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: EhRho1-GTPgammaS at 5 mg/mL and and EhFormin1 at 10 mg/mL were mixed in crystallization buffer (50 mM Tris pH 8.0, 250 mM NaCl, 2.5% (v/v) glycerol, 5 mM DTT, 50 microM GTPgammaS, 1 mM ...詳細: EhRho1-GTPgammaS at 5 mg/mL and and EhFormin1 at 10 mg/mL were mixed in crystallization buffer (50 mM Tris pH 8.0, 250 mM NaCl, 2.5% (v/v) glycerol, 5 mM DTT, 50 microM GTPgammaS, 1 mM magnesium chloride) and allowed to form a complex for 30 minutes at room temperature. The protein solution was then mixed 1:1 and equilibrated against crystallization solution (18% PEG 3350, 100 mM Tris pH 8.5, 200 mM magnesium chloride)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月22日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 19500 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 2.6→2.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXAutoSolモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.604→35.673 Å / SU ML: 0.92 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.9 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2512 1938 10.09 %RANDOM
Rwork0.2152 ---
obs0.2188 19211 97.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.635 Å2 / ksol: 0.261 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0438 Å20 Å20 Å2
2---3.0438 Å2-0 Å2
3---6.0876 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→35.673 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3747 0 33 4 3784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2335193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6681446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004656
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.604-2.66870.37211210.33431092X-RAY DIFFRACTION86
2.6687-2.74080.3661320.34021164X-RAY DIFFRACTION94
2.7408-2.82150.35781320.31081186X-RAY DIFFRACTION96
2.8215-2.91250.33931420.29111235X-RAY DIFFRACTION98
2.9125-3.01650.31400.2691232X-RAY DIFFRACTION98
3.0165-3.13720.28961370.24731230X-RAY DIFFRACTION99
3.1372-3.27990.31441360.24891254X-RAY DIFFRACTION100
3.2799-3.45270.32851420.2481260X-RAY DIFFRACTION100
3.4527-3.66880.2731370.2341253X-RAY DIFFRACTION100
3.6688-3.95180.22321420.20081261X-RAY DIFFRACTION100
3.9518-4.34880.21021420.17451257X-RAY DIFFRACTION100
4.3488-4.97670.191390.15731275X-RAY DIFFRACTION100
4.9767-6.26450.21121500.20881278X-RAY DIFFRACTION100
6.2645-35.67670.2441460.20271296X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5973-5.024.33682.1664-4.64142.1894-0.41021.0356-0.09180.1705-0.3075-1.094-1.480.88850.80220.8629-0.17470.01760.6144-0.05170.606547.563158.558316.0614
26.40124.62010.45884.16491.54442.8904-0.348-0.01380.82590.246-0.5846-1.3719-1.08930.59930.53490.8641-0.1501-0.2180.5897-0.01081.342753.10260.796314.4087
35.80994.02060.41467.7211.46593.7858-0.25920.16520.2768-0.5812-0.0697-1.2355-0.91830.71530.10730.8253-0.1423-0.10650.3766-0.20821.21350.348352.384618.4134
42.45240.25930.6072.9656-2.32533.10160.1091-0.1206-0.34770.47590.1666-0.3183-0.7196-0.0771-0.20810.77940.09790.08510.3484-0.10890.5740.271652.727522.3332
51.45030.182-1.44222.8147-4.00699.9337-0.06080.34870.19890.1295-0.22570.25-0.1822-0.81420.06041.04160.60750.05921.30460.13260.204327.537165.96815.3427
60.7117-1.1614-0.49991.88430.9813.82270.2150.18340.6612-0.0742-0.22450.124-1.3582-0.4955-0.04541.50640.83340.37070.6745-0.4319-0.199531.57359.87928.8079
74.3991-1.04941.70391.34570.83058.0452-0.1040.44560.155-0.1190.6409-0.1788-1.4377-0.8225-0.26091.49790.22690.07220.47390.04410.267540.949266.825919.0503
80.54270.78940.64351.86421.85791.8671-0.5009-0.86260.83860.5582-0.1308-0.968-1.02250.52270.19451.7282-0.514-0.54780.077-0.65050.672548.827265.95727.9675
97.66764.71190.74983.33370.95270.82940.4970.0289-0.24820.667-0.24650.02140.7260.5188-0.06250.99640.28680.34840.9977-0.13441.423258.918935.8813.2907
109.1202-2.9675-4.49298.0092-3.92382.023-0.97011.0420.1146-1.3218-0.439-1.47990.6913-1.4631.49641.20230.22720.2521.098-0.25591.159553.554140.82546.9174
115.53073.3371-1.46522.1665-1.67666.09021.0854-1.15530.51641.1005-0.9419-2.26960.30961.58740.07820.82870.0824-0.15190.96330.05771.40356.338539.179625.1203
121.9973-5.70537.38237.1177-8.84052.0061-0.2734-2.01530.87481.1962-0.8561-0.43-0.91330.18950.78321.7948-0.38480.18971.495-0.72871.531242.371236.167839.7738
135.59790.2141.44695.04412.17274.5484-0.0115-0.38360.22110.797-0.0278-0.10910.348-0.27330.04560.47870.04740.09130.35050.0170.535731.060929.406523.2258
141.6498-1.05450.14224.4061-0.74143.71910.00740.1613-0.2136-0.42110.3594-0.42970.49480.3261-0.25070.4502-0.00120.02770.3643-0.12550.699530.258520.11668.6772
150.7864-0.37573.01675.27043.59471.99660.6701-0.64480.4942-0.2643-0.02830.6218-1.257-1.9496-0.68410.755-0.2280.17651.04960.02010.541810.537218.746710.3539
162.41140.12942.08813.38323.27154.88560.02780.2030.5032-1.4480.1169-0.4497-0.83540.0824-0.15330.71210.03470.17340.41420.11790.620621.112223.0165-6.7859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 21:42)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 43:65)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 66:83)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 84:135)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 136:147)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 148:157)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 158:172)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 173:184)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 73:86)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 87:96)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 97:119)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 120:127)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 128:236)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 237:279)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 280:285)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 286:377)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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