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万見
- PDB-4dvf: Crystal structure of BACE1 with its inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dvf
タイトルCrystal structure of BACE1 with its inhibitor
要素
  • Beta-secretase 1
  • METHYL (2S)-1-[(2R,5S,8S,12S,13S)-2,13-DIBENZYL-12-HYDROXY-3,5-DIMETHYL-8-(2-METHYLPROPYL)-15-(3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-5-{[(1R)-1-PHENYLETHYL]CARBAMOYL}PHENYL)-4,7,10,15-TETRAOXO-3,6,9,14-TETRAAZAPENTADECAN-1-OYL]PYRROLIDINE-2-CARBOXYLATE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / protein serine/threonine kinase binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / response to lead ion / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome / endosome membrane / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYL (2S)-1-[(2R,5S,8S,12S,13S)-2,13-DIBENZYL-12-HYDROXY-3,5-DIMETHYL-8-(2-METHYLPROPYL)-15-(3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-5-{[(1R)-1-PHENYLETHYL]CARBAMOYL}PHENYL)-4,7,10,15-TETRAOXO-3,6,9,14-TETRAAZAPENTADECAN-1-OYL]PYRROLIDINE-2-CARBOXYLATE / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者Xu, Y.C. / Chen, W.Y. / Li, L. / Chen, T.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Cyanobacterial Peptides as a Prototype for the Design of Potent beta-Secretase Inhibitors and the Development of Selective Chemical Probes for Other Aspartic Proteases
著者: Liu, Y. / Zhang, W. / Li, L. / Salvador, L.A. / Chen, T.T. / Chen, W.Y. / Felsenstein, K.M. / Ladd, T.B. / Price, A.R. / Golde, T.E. / He, J. / Xu, Y.C. / Li, Y. / Luesch, H.
履歴
登録2012年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: METHYL (2S)-1-[(2R,5S,8S,12S,13S)-2,13-DIBENZYL-12-HYDROXY-3,5-DIMETHYL-8-(2-METHYLPROPYL)-15-(3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-5-{[(1R)-1-PHENYLETHYL]CARBAMOYL}PHENYL)-4,7,10,15-TETRAOXO-3,6,9,14-TETRAAZAPENTADECAN-1-OYL]PYRROLIDINE-2-CARBOXYLATE
D: METHYL (2S)-1-[(2R,5S,8S,12S,13S)-2,13-DIBENZYL-12-HYDROXY-3,5-DIMETHYL-8-(2-METHYLPROPYL)-15-(3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-5-{[(1R)-1-PHENYLETHYL]CARBAMOYL}PHENYL)-4,7,10,15-TETRAOXO-3,6,9,14-TETRAAZAPENTADECAN-1-OYL]PYRROLIDINE-2-CARBOXYLATE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4664
ポリマ－98,4664
非ポリマー00
水9,584532
1
A: Beta-secretase 1
C: METHYL (2S)-1-[(2R,5S,8S,12S,13S)-2,13-DIBENZYL-12-HYDROXY-3,5-DIMETHYL-8-(2-METHYLPROPYL)-15-(3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-5-{[(1R)-1-PHENYLETHYL]CARBAMOYL}PHENYL)-4,7,10,15-TETRAOXO-3,6,9,14-TETRAAZAPENTADECAN-1-OYL]PYRROLIDINE-2-CARBOXYLATE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2332
ポリマ－49,2332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15600 Å2
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
D: METHYL (2S)-1-[(2R,5S,8S,12S,13S)-2,13-DIBENZYL-12-HYDROXY-3,5-DIMETHYL-8-(2-METHYLPROPYL)-15-(3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-5-{[(1R)-1-PHENYLETHYL]CARBAMOYL}PHENYL)-4,7,10,15-TETRAOXO-3,6,9,14-TETRAAZAPENTADECAN-1-OYL]PYRROLIDINE-2-CARBOXYLATE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2332
ポリマ－49,2332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.568, 85.822, 176.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / BACE1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 ...BACE1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 48222.922 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-454 / 変異: K75A,E77A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: タンパク質・ペプチド METHYL (2S)-1-[(2R,5S,8S,12S,13S)-2,13-DIBENZYL-12-HYDROXY-3,5-DIMETHYL-8-(2-METHYLPROPYL)-15-(3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-5-{[(1R)-1-PHENYLETHYL]CARBAMOYL}PHENYL)-4,7,10,15-TETRAOXO-3,6,9,14-TETRAAZAPENTADECAN-1-OYL]PYRROLIDINE-2-CARBOXYLATE


タイプ: Polypeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 1010.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide inhibitor / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
参照: METHYL (2S)-1-[(2R,5S,8S,12S,13S)-2,13-DIBENZYL-12-HYDROXY-3,5-DIMETHYL-8-(2-METHYLPROPYL)-15-(3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-5-{[(1R)-1-PHENYLETHYL]CARBAMOYL}PHENYL)-4,7,10,15-TETRAOXO-3,6,9,14- ...参照: METHYL (2S)-1-[(2R,5S,8S,12S,13S)-2,13-DIBENZYL-12-HYDROXY-3,5-DIMETHYL-8-(2-METHYLPROPYL)-15-(3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-5-{[(1R)-1-PHENYLETHYL]CARBAMOYL}PHENYL)-4,7,10,15-TETRAOXO-3,6,9,14-TETRAAZAPENTADECAN-1-OYL]PYRROLIDINE-2-CARBOXYLATE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.7M Li2SO4, 100mM HEPES, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.48 Å / Num. all: 84247 / Num. obs: 76885 / Biso Wilson estimate: 23.64 Å2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å48.94 Å
Translation1.8 Å48.94 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.803→35.477 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8164 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 3836 4.99 %
Rwork0.2069 --
obs0.2085 76885 91.18 %
all-84247 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.13 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 94.03 Å2 / Biso mean: 31.2088 Å2 / Biso min: 11.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3168 Å20 Å2-0 Å2
2--6.3537 Å20 Å2
3----4.0369 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.803→35.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5963 0 0 532 6495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1148339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2332165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8031-1.82590.32071220.25522365248781
1.8259-1.84990.28531370.25192488262586
1.8499-1.87530.32991080.26512460256883
1.8753-1.90210.3496960.29471705180158
1.9021-1.93050.49051340.43752564269888
1.9305-1.96060.2326820.26751901198364
1.9606-1.99280.28231420.23762556269887
1.9928-2.02710.2831430.22892730287393
2.0271-2.0640.27461490.21592758290795
2.064-2.10370.2711510.22572730288193
2.1037-2.14660.28351450.23142796294194
2.1466-2.19330.25231250.23312796292194
2.1933-2.24430.33671130.25652395250882
2.2443-2.30040.31781490.2772518266786
2.3004-2.36260.28091410.21322800294195
2.3626-2.43210.26141780.222810298897
2.4321-2.51060.23941700.21962887305798
2.5106-2.60030.26411370.21112936307398
2.6003-2.70430.25651490.21852936308599
2.7043-2.82740.26721350.21482961309699
2.8274-2.97640.24811620.21092978314099
2.9764-3.16270.20611570.198629573114100
3.1627-3.40680.23751590.194229653124100
3.4068-3.74930.17971530.17492848300194
3.7493-4.2910.18681690.15430093178100
4.291-5.40310.16911380.155230803218100
5.4031-35.48360.22361920.21273120331298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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