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- PDB-4dv8: Anthrax Lethal Factor metalloproteinase in complex with the Hydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dv8
タイトルAnthrax Lethal Factor metalloproteinase in complex with the Hydroxamic acid based small molecule PT8421
要素Lethal factor
キーワードHYDROLASE / endopeptidase / Zinc dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


anthrax lethal factor endopeptidase / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 ...Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0LX / MALONATE ION / Lethal factor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.632 Å
データ登録者Margosiak, S.A. / Sankaran, B.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Antidotes to anthrax lethal factor intoxication. Part 3: Evaluation of core structures and further modifications to the C2-side chain.
著者: Jiao, G.S. / Kim, S. / Moayeri, M. / Crown, D. / Thai, A. / Cregar-Hernandez, L. / McKasson, L. / Sankaran, B. / Lehrer, A. / Wong, T. / Johns, L. / Margosiak, S.A. / Leppla, S.H. / Johnson, A.T.
履歴
登録2012年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9654
ポリマ－61,3911
非ポリマー5743
水12,719706
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.090, 74.253, 139.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lethal factor / LF / Anthrax lethal toxin endopeptidase component


分子量: 61391.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: lef, pXO1-107, BXA0172, GBAA_pXO1_0172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P15917, anthrax lethal factor endopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-0LX / (2S)-6-[(4-fluorobenzyl)amino]-2-[(2R)-2-(4-fluorophenyl)-2-methoxyethyl]-N-hydroxyhexanamide


分子量: 406.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28F2N2O3
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 706 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.03M citric acid, 0.01M BIS-Tris, Propane, pH7.6, 20% PEG3350, 14 mg/mL protein, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月10日 / 詳細: 3x3 CCD array (ADSC Q315R)
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→44.181 Å / Num. all: 72892 / Num. obs: 72858 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.632→44.181 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.44 / 立体化学のターゲット値: phenix
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2038 1998 2.74 %random
Rwork0.1791 ---
all0.1797 72892 --
obs0.1791 72858 97.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.698 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.6879 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.3743 Å2-0 Å2
3----8.3136 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.632→44.181 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4211 0 37 706 4954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1165967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5511736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.632-1.67280.36171310.34514639X-RAY DIFFRACTION91
1.6728-1.7180.33951400.28244945X-RAY DIFFRACTION97
1.718-1.76860.26421400.23395004X-RAY DIFFRACTION97
1.7686-1.82560.26661400.21564961X-RAY DIFFRACTION97
1.8256-1.89090.26481410.19864991X-RAY DIFFRACTION98
1.8909-1.96660.2221400.18795005X-RAY DIFFRACTION98
1.9666-2.05610.22681440.18275061X-RAY DIFFRACTION98
2.0561-2.16450.19861420.17235067X-RAY DIFFRACTION99
2.1645-2.30010.1781430.17055065X-RAY DIFFRACTION98
2.3001-2.47770.21491450.17525130X-RAY DIFFRACTION99
2.4777-2.7270.21461450.17575121X-RAY DIFFRACTION99
2.727-3.12150.18721450.1785193X-RAY DIFFRACTION99
3.1215-3.93240.1791480.16225228X-RAY DIFFRACTION99
3.9324-44.19750.18081540.16365450X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7937-0.7872-0.45441.3120.79260.8083-0.0647-0.23270.24840.16960.2713-0.3227-0.06160.4276-0.11960.3513-0.04430.00280.3237-0.02380.272126.229724.55565.0788
20.4261-0.1483-0.24410.43550.1041.312-0.0129-0.0184-0.03170.047-0.0059-0.02120.07680.05010.03210.1274-0.0123-0.01980.11360.00730.148520.20544.5512.2144
30.79320.08960.08321.9902-0.01443.7397-0.0221-0.07560.00120.20080.0447-0.0491-0.17080.1667-0.01960.11020.0053-0.01540.128-0.00070.13613.721918.207535.5525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 265:369)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 370:639)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 640:776)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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