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- PDB-4dt7: Crystal structure of thrombin bound to the activation domain QEDQ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dt7
タイトルCrystal structure of thrombin bound to the activation domain QEDQVDPRLIDGKMTRRGDS of protein C
要素
  • Thrombin heavy chain
  • Thrombin light chain
  • Vitamin K-dependent protein C
キーワードHYDROLASE / Serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


protein C (activated) / positive regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of coagulation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin ...protein C (activated) / positive regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of coagulation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Post-translational protein phosphorylation / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / negative regulation of inflammatory response / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Prothrombin / Vitamin K-dependent protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pozzi, N. / Barranco-Medina, S. / Chen, Z. / Di Cera, E.
引用
ジャーナル: Blood / 年: 2012
タイトル: Exposure of R169 controls protein C activation and autoactivation.
著者: Pozzi, N. / Barranco-Medina, S. / Chen, Z. / Di Cera, E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Molecular dissection of Na+ binding to thrombin
著者: Pineda, A.O. / Carrell, C.J. / Bush, L.A. / Prasad, S. / Caccia, S. / Chen, Z.W. / Mahews, F.S. / Di Cera, E.
履歴
登録2012年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
E: Vitamin K-dependent protein C
F: Vitamin K-dependent protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,84811
ポリマ－71,5786
非ポリマー2705
水5,873326
1
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
E: Vitamin K-dependent protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9776
ポリマ－35,7893
非ポリマー1883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
2
C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
F: Vitamin K-dependent protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8715
ポリマ－35,7893
非ポリマー822
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.395, 84.272, 66.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACEF

#1: タンパク質・ペプチド Thrombin light chain


分子量: 3704.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2, Human / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: タンパク質・ペプチド Vitamin K-dependent protein C / Anticoagulant protein C / Autoprothrombin IIA / Blood coagulation factor XIV / Vitamin K-dependent ...Anticoagulant protein C / Autoprothrombin IIA / Blood coagulation factor XIV / Vitamin K-dependent protein C light chain / Vitamin K-dependent protein C heavy chain / Activation peptide


分子量: 2320.541 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 204-223 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04070, protein C (activated)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BD

#2: タンパク質 Thrombin heavy chain


分子量: 29764.219 Da / 分子数: 2 / Mutation: S195A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2, Human / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00734, thrombin

-
非ポリマー , 4種, 331分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M Na acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月28日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 39759 / Num. obs: 38884 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -0.7 / Observed criterion σ(I): -0.7 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.9-1.932.62.416060.34181.1
1.93-1.972.92.918860.32195.5
1.97-2.012.93.419700.274197
2.01-2.053418770.256197.7
2.05-2.093.14.719610.228197.9
2.09-2.143.25.619270.2198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREPfrom ccp4位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SHH

1shh


解像度: 1.9→35.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 8.189 / SU ML: 0.109 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21773 1953 5 %RANDOM
Rwork0.17554 ---
obs0.1777 36856 97.26 %-
all-37894 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4737 0 17 326 5080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.9656562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3075578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36623.418237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.26215868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1091544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4931.52915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92524686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.52931951
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4554.51876
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.953 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 130 -
Rwork0.242 2203 -
obs-2203 79.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.93593.73551.47895.4710.50173.45870.0626-0.48230.71690.5159-0.13960.6221-0.2317-0.73840.07710.10760.01940.00080.29070.04420.1635-2.5914-3.384739.1819
212.4121-4.3165-6.555314.27366.619415.0561-0.18380.1215-0.3843-0.0141-0.00560.83960.117-0.98760.18940.0565-0.0588-0.03620.25010.110.1251-4.689-13.345738.4527
34.89290.01483.79844.4439-2.09677.1767-0.01590.1513-0.3576-0.21840.0987-0.00240.31920.116-0.08280.1153-0.02160.02440.0287-0.0090.055411.385-17.519540.8434
42.3012-0.2495-1.86763.54080.98722.0038-0.20860.2283-0.1502-0.31130.18080.10540.3085-0.30350.02790.2085-0.1159-0.08120.21330.03020.05965.8136-7.593125.8531
52.6368-2.17528.41832.0011-6.762227.04230.04040.0429-0.1152-0.32250.13890.2448-0.40610.1829-0.17930.6602-0.0259-0.14480.53570.14910.29877.22184.44713.674
61.15542.0499-0.01974.0259-0.45950.4662-0.0273-0.06380.17660.10060.14870.4058-0.1439-0.2995-0.12150.06020.07920.00530.21240.08830.09915.74537.854230.3246
72.74970.9893-0.37761.2544-0.31120.5153-0.01550.34930.1848-0.17520.14970.2358-0.0218-0.377-0.13420.18870.0111-0.00530.29680.09620.14354.60467.144721.0786
87.83451.0758-2.89993.8995-1.28413.3719-0.0441-0.20780.050.28080.0188-0.2247-0.20860.28290.02530.0785-0.0226-0.00420.0346-0.01570.034819.397712.011929.3454
91.8088-0.36880.00141.4901-0.89942.264-0.06340.03850.14820.10780.1220.0467-0.1633-0.2192-0.05860.0523-0.01130.00640.05080.0230.0526.9074-2.127236.3181
103.16140.39680.73861.74660.44894.4044-0.2090.16930.1096-0.2676-0.1049-0.20220.09720.26340.31390.11170.01310.04350.0340.04190.078120.2364-7.711127.7597
113.3215-0.01720.2642.3939-0.70272.0024-0.12030.1073-0.0546-0.0973-0.0737-0.39680.21770.4220.1940.10340.01190.03480.10850.02630.094624.2979-5.854930.804
121.63050.2245-0.67141.7896-1.04912.6556-0.0435-0.0142-0.0202-0.02480.0214-0.13560.05930.08780.02220.0152-0.0106-0.01510.01670.01040.031515.5257-3.699134.7362
1313.8376-4.62921.430510.1781-0.92824.6579-0.2168-0.35430.51220.47060.27330.206-0.5662-0.2606-0.05650.2533-0.00650.06430.10180.00230.11439.53914.369739.6727
147.3901-0.6935-0.85399.46432.80138.93130.02780.465-0.1999-0.4272-0.04080.2160.1162-0.2420.0130.0267-0.0023-0.01060.07430.01340.02470.8822-21.9384-9.3001
1523.413314.7560.177732.0148-1.125317.2701-0.1324-0.18140.7443-0.6802-0.52080.4461-0.1564-0.60480.65310.07490.0871-0.01310.1710.03030.1166-2.5212-14.2743-10.9007
168.89071.3796-5.85942.6238-1.03515.56460.01420.03180.540.1456-0.00130.0313-0.30940.0057-0.0130.09120.004-0.05350.01550.00840.103715.1256-10.1271-9.1158
172.2932-0.63881.00441.83670.69241.8573-0.0549-0.1866-0.00790.28520.10660.1721-0.0841-0.1805-0.05170.10230.05280.06120.06940.0030.06435.9794-23.25857.3513
184.2422-0.8020.90643.612-0.06122.09860.0324-0.2144-0.21940.2854-0.03050.24320.1912-0.2468-0.00180.0415-0.0240.02510.03950.02430.09497.265-34.13774.8459
195.5502-2.6740.95881.3514-0.32010.6012-0.1689-0.5109-0.13830.12740.20030.0739-0.0749-0.2397-0.03140.2160.02560.0280.13330.06310.15228.5286-35.113912.4254
200.9763-3.2278-2.079810.79726.92864.4580.27160.2464-0.08790.1908-0.76380.28910.0383-0.62540.49220.8712-0.1386-0.12730.8392-0.08920.8331-5.9876-21.762311.6366
213.2732-1.06751.24451.8384-0.99481.76370.0827-0.135-0.37280.00070.01870.20680.204-0.0806-0.10140.05-0.01290.00460.0247-0.01480.09249.5261-37.32211.7489
221.873-0.1669-0.96971.78720.37833.089-0.05360.0251-0.0823-0.00140.0001-0.05350.0840.11450.05350.00590.0007-0.00830.00740.00530.047217.4849-21.961-2.9089
235.5255-1.1735-0.94662.1760.6061.1384-0.0786-0.1739-0.13280.14630.0397-0.17650.11550.15740.03890.04670.0048-0.01050.03140.01370.029324.2885-22.07233.1286
242.2082-0.02740.58371.8423-0.2142.07550.0171-0.04030.0390.1066-0.01-0.1919-0.06660.1153-0.00710.0121-0.0038-0.00390.0092-0.00080.029620.3236-22.5998-0.104
2516.99098.4874-4.860512.1463-5.777110.7271-0.14940.6392-0.5038-0.70190.12740.19950.3945-0.13380.0220.10910.0368-0.03120.0449-0.01950.084715.2328-39.8349-7.7949
2610.2581-2.0248-2.936812.3195-4.79833.2728-0.27931.1123-1.5309-0.9576-0.13690.30860.5906-0.37480.41620.6478-0.1145-0.08910.5315-0.14520.64455.257-46.1178-7.4535
275.29334.6576-2.240514.6914-4.0973.1123-0.3260.0315-0.0988-1.2581-0.0329-1.37040.18160.70850.35890.2398-0.01440.05120.3120.02260.250526.56852.88720.2686
283.5849-6.45365.394614.0991-5.034921.4713-0.1358-0.08820.05960.8926-0.0342-0.42450.76550.7960.170.3377-0.1019-0.03380.4230.1660.292725.084-30.598613.8058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2A7 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3A13 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4B16 - 34
5X-RAY DIFFRACTION5B35 - 43
6X-RAY DIFFRACTION6B44 - 59
7X-RAY DIFFRACTION7B60 - 92
8X-RAY DIFFRACTION8B93 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9B108 - 144
10X-RAY DIFFRACTION10B145 - 172
11X-RAY DIFFRACTION11B173 - 194
12X-RAY DIFFRACTION12B195 - 232
13X-RAY DIFFRACTION13B233 - 246
14X-RAY DIFFRACTION14C1 - 8
15X-RAY DIFFRACTION15C9 - 12
16X-RAY DIFFRACTION16C13 - 15
17X-RAY DIFFRACTION17D16 - 37
18X-RAY DIFFRACTION18D38 - 59
19X-RAY DIFFRACTION19D60 - 73
20X-RAY DIFFRACTION20D74 - 81
21X-RAY DIFFRACTION21D82 - 123
22X-RAY DIFFRACTION22D124 - 147
23X-RAY DIFFRACTION23D150 - 175
24X-RAY DIFFRACTION24D176 - 232
25X-RAY DIFFRACTION25D233 - 241
26X-RAY DIFFRACTION26D242 - 247
27X-RAY DIFFRACTION27E34 - 41
28X-RAY DIFFRACTION28F34 - 42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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