PDB-4dt3: Crystal structure of zinc-charged lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dt3

タイトル

Crystal structure of zinc-charged lysozyme

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Lysozyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

An, Y.J. / Jeong, C.S. / Cha, S.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Experimental phasing using zinc anomalous scattering
著者: Cha, S.S. / An, Y.J. / Jeong, C.S. / Kim, M.K. / Lee, S.G. / Lee, K.H. / Oh, B.H.

履歴

登録	2012年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dt3.cif.gz	41.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dt3.ent.gz	27.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dt3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/4dt3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dwzC 4fc5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j7v-d 6wx5-d 4hp0-d 1hsx-d 6yoc-d 4ngy-d 3a94-d 4wld-d 2xjw-d 1heq-d 1uia-d 2blx-d 5ilc-d 7cdr-d 4ii8-d 1f0w-d 3zvq-d 1ljj-2 5k2n-d 4tun-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.102, 79.102, 36.816
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-370- HOH
2	1	A-383- HOH
3	1	A-386- HOH
4	1	A-403- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ, LYZ1 / プラスミド: pBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.78 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: microbath / pH: 4 詳細: 0.1M citric acid, 1M NaCl, pH 4.0, microbath, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.28286 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月19日
放射	モノクロメーター: Zn wavelength / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28286 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 11466 / % possible obs: 99.9 % / B_iso Wilson estimate: 13 Å²
反射シェル	解像度: 1.79→1.85 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHELXS		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→33.38 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 184727.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	995	4.8 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.183	11466	99.2 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 52.4614 Å² / k_sol: 0.371961 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21 Å	0.17 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.11 Å	-0.03 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	995	0	12	112	1119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.9
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.75

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.91 Å / R_factor R_free error: 0.023 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	137	4.1 %
R_work	0.192	3230	-
obs	-	-	97.3 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water_rep.top
X-RAY DIFFRACTION	4	edo.param	edo.top

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関連情報:EMDBヘッダ

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