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- PDB-4drz: Crystal structure of human RAB14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4drz
タイトルCrystal structure of human RAB14
要素Ras-related protein Rab-14
キーワードPROTEIN TRANSPORT / RAS / GTPASE / GTP / ONCOGENE / RAB14 / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


phagolysosome assembly involved in apoptotic cell clearance / phagosome maturation / Golgi to endosome transport / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / Golgi stack / trans-Golgi network transport vesicle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network ...phagolysosome assembly involved in apoptotic cell clearance / phagosome maturation / Golgi to endosome transport / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / Golgi stack / trans-Golgi network transport vesicle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / tertiary granule membrane / regulation of embryonic development / intracellular transport / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / endomembrane system / rough endoplasmic reticulum / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / small monomeric GTPase / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / recycling endosome / recycling endosome membrane / GDP binding / regulation of protein localization / late endosome / early endosome membrane / lysosome / early endosome / defense response to bacterium / lysosomal membrane / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras-related protein Rab14 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Ras-related protein Rab14 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, J. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human RAB14
著者: Wang, J. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2012年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年2月29日ID: 2AED
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5043
ポリマ－22,0211
非ポリマー4832
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.686, 40.487, 46.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-14


分子量: 22020.910 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB14 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P61106
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.71 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% PEG-3350, 0.2M CALCIUM ACETATE, pH 7.2, vapor diffusion, hanging drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97901 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 6885 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Χ2: 1.195 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.382.60.4035700.995181.2
2.38-2.482.70.3726381.089186.9
2.48-2.5930.316541.062193.4
2.59-2.733.20.2777111.152197.7
2.73-2.93.40.2497031.235198.7
2.9-3.123.60.1797171.134198
3.12-3.433.60.147001.145198.7
3.43-3.933.50.17341.208199.1
3.93-4.953.40.0867191.181198.5
4.95-303.30.1157391.601197.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OIV

1oiv


解像度: 2.3→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / WRfactor Rfree: 0.247 / WRfactor Rwork: 0.185 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 17.182 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.502 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: O, XFIT, COOT AND MOLPROBITY WERE ALSO USED DURING REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 312 4.775 %RANDOM
Rwork0.1837 ---
obs0.187 6534 95.652 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 71.6 Å2 / Biso mean: 23.708 Å2 / Biso min: 13.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.044 Å20 Å21.892 Å2
2---2.041 Å20 Å2
3---3.226 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1239 0 29 41 1309
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.9671753
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8532012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7345157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91224.48358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03415206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.919156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02269
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.3590.289200.19938849482.591
2.359-2.4240.364190.21537344588.09
2.424-2.4930.276250.21439145791.028
2.493-2.570.33200.19840443797.025
2.57-2.6530.335170.21539141897.608
2.653-2.7460.189130.21638740898.039
2.746-2.8480.233150.19437238999.486
2.848-2.9630.273200.21534738096.579
2.963-3.0940.285180.19434336598.904
3.094-3.2430.237150.17931833798.813
3.243-3.4160.264210.18330833398.799
3.416-3.6210.226100.17229530899.026
3.621-3.8670.182150.17227229198.625
3.867-4.1710.228170.16123925998.842
4.171-4.560.173190.14222224697.967
4.56-5.0840.24180.13921022497.321
5.084-5.8420.30880.18717820093
5.842-7.0880.37590.20515116199.379
7.088-9.7560.18620.177120122100
9.756-300.04910.2667885.897
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.4983 Å / Origin y: 0.3775 Å / Origin z: 7.7912 Å
111213212223313233
T0.1014 Å2-0.0043 Å20.006 Å2-0.0696 Å20.0002 Å2--0.0381 Å2
L5.8722 °2-0.2741 °20.1826 °2-1.4339 °2-0.3099 °2--1.3844 °2
S0.0436 Å °-0.3596 Å °-0.0025 Å °0.0532 Å °-0.0226 Å °-0.213 Å °0.0264 Å °0.1359 Å °-0.021 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 175
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION1A301 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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