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- PDB-4dpq: The structure of dihydrodipicolinate synthase 2 from Arabidopsis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dpq
タイトルThe structure of dihydrodipicolinate synthase 2 from Arabidopsis thaliana in complex with (S)-lysine
要素Dihydrodipicolinate synthase 2, chloroplastic
キーワードLYASE (リアーゼ) / Amino-acid biosynthesis / (S)-lysine biosynthesis via DAP pathway / (beta/alpha)8-barrel / Class I aldolase / Chloroplast (葉緑体)
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / 葉緑体
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リシン / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Griffin, M.D.W. / Billakanti, J.M. / Gerrard, J.A. / Dobson, R.C.J. / Pearce, F.G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Characterisation of the first enzymes committed to lysine biosynthesis in Arabidopsis thaliana
著者: Griffin, M.D.W. / Billakanti, J.M. / Wason, A. / Keller, S. / Mertens, H.D.T. / Atkinson, S.C. / Dobson, R.C.J. / Perugini, M.A. / Gerrard, J.A. / Pearce, F.G.
履歴
登録2012年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthase 2, chloroplastic
B: Dihydrodipicolinate synthase 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0669
ポリマ－79,6572
非ポリマー4097
水5,783321
1
A: Dihydrodipicolinate synthase 2, chloroplastic
B: Dihydrodipicolinate synthase 2, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Dihydrodipicolinate synthase 2, chloroplastic
B: Dihydrodipicolinate synthase 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,13218
ポリマ－159,3134
非ポリマー81914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11730 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area37950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.480, 95.480, 174.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate synthase 2, chloroplastic / / DHDPS 2


分子量: 39828.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DHDPS2 / プラスミド: pET151/D-Topo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q9FVC8, dihydrodipicolinate synthase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン / リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4M sodium malonate, 0.02%(w/v) sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.202→36.641 Å / Num. all: 41684 / Num. obs: 41684 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.202-2.266.90.6920.6381.12094330260.2640.6920.6384.199.4
2.26-2.327.20.5370.4971.42140529590.2010.5370.4975.4100
2.32-2.397.30.4890.4531.62069228520.1830.4890.4535.8100
2.39-2.467.20.4370.4041.82015327890.1640.4370.4046.3100
2.46-2.547.20.3910.36221952727050.1470.3910.3626.9100
2.54-2.637.20.3190.2952.41891126170.120.3190.2957.9100
2.63-2.737.20.2620.24231845525660.0980.2620.2429.1100
2.73-2.847.20.2170.23.61751924400.0810.2170.210.5100
2.84-2.977.20.1780.1654.41694323600.0670.1780.16512.1100
2.97-3.117.20.1370.1275.81608522410.0510.1370.12714.5100
3.11-3.287.20.1190.116.71552021590.0440.1190.1115.9100
3.28-3.487.10.0930.0868.41448020290.0350.0930.08619.3100
3.48-3.727.10.0820.0769.31374619280.0310.0820.07621100
3.72-4.0270.0730.06710.31263818100.0270.0730.06723100
4.02-4.46.90.0640.05911.41153016600.0240.0640.05925.2100
4.4-4.926.90.0580.05411.91045615220.0220.0580.05427100
4.92-5.696.70.060.05611.1905713610.0230.060.05625.399.8
5.69-6.966.90.0630.05811.6800311680.0240.0630.05823.7100
6.96-9.856.50.0430.0414.660329340.0170.0430.0427.899.9
9.85-36.6415.70.0420.03912.232075580.0160.0420.03926.997.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å36.64 Å
Translation2.5 Å36.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.202→36.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.1766 / WRfactor Rwork: 0.1394 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8954 / SU B: 3.737 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.1602 / SU Rfree: 0.1417 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1766 2090 5 %RANDOM
Rwork0.1394 ---
obs0.1413 41606 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.1 Å2 / Biso mean: 23.8616 Å2 / Biso min: 13.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.202→36.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4719 0 25 321 5065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9431.9566580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3975612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15724.178213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.14815789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8471528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213698
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 140 -
Rwork0.178 2608 -
all-2748 -
obs--99.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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