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- PDB-4dpk: Structure of malonyl-coenzyme A reductase from crenarchaeota -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dpk
タイトルStructure of malonyl-coenzyme A reductase from crenarchaeota
要素Malonyl-CoA/succinyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dinucleotide binding / dimerization domain / reductase / NadP / CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


malonyl-CoA reductase (malonate semialdehyde-forming) / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / threonine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, peptidoglycan lacking / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...: / Aspartate-semialdehyde dehydrogenase, peptidoglycan lacking / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Malonyl-CoA reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Demmer, U. / Warkentin, E. / Srivastava, A. / Kockelkorn, D. / Fuchs, G. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for a Bispecific NADP+ and CoA Binding Site in an Archaeal Malonyl-Coenzyme A Reductase.
著者: Demmer, U. / Warkentin, E. / Srivastava, A. / Kockelkorn, D. / Potter, M. / Marx, A. / Fuchs, G. / Ermler, U.
履歴
登録2012年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32013年3月20日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malonyl-CoA/succinyl-CoA reductase
B: Malonyl-CoA/succinyl-CoA reductase
C: Malonyl-CoA/succinyl-CoA reductase
D: Malonyl-CoA/succinyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,57916
ポリマ－158,4394
非ポリマー1,14012
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14280 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area48020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.090, 81.940, 124.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
31B
41C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEUDD8 - 1338 - 133
21LEULEULEULEUAA8 - 1338 - 133
31LEULEULEULEUBB8 - 1338 - 133
41LEULEULEULEUCC8 - 1338 - 133
12GLNGLNGLYGLYDD137 - 355137 - 355
22GLNGLNGLYGLYAA137 - 355137 - 355
32GLNGLNGLYGLYBB137 - 355137 - 355
42GLNGLNGLYGLYCC137 - 355137 - 355

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要素

#1: タンパク質
Malonyl-CoA/succinyl-CoA reductase


分子量: 39609.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: mcr/scr, STK_21710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96YK1, malonyl-CoA reductase (malonate semialdehyde-forming), succinate-semialdehyde dehydrogenase (acylating)
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 34% MPD,0.1 M HEPES,100 mM CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9764 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 107988 / Num. obs: 107988 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.377 / % possible all: 56.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YS4

1ys4


解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.823 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23069 4865 5 %RANDOM
Rwork0.18463 ---
obs0.18695 93051 95.86 %-
all-98649 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.024 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4 Å20 Å21.23 Å2
2---1.66 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10972 0 60 500 11532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02211302
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5791.96115258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70951416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.13524.148458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1461570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.25325
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.27693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7191.57285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.106211526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95234489
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9724.53832
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2657 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Dloose positional0.285
2Aloose positional0.285
3Bloose positional0.255
4Cloose positional0.265
1Dloose thermal1.8310
2Aloose thermal1.3110
3Bloose thermal2.0810
4Cloose thermal1.9410
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 267 -
Rwork0.231 5276 -
obs--74.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50440.2384-0.2971.75880.03331.5959-0.0389-0.0249-0.00110.1965-0.00290.1157-0.0162-0.19760.04180.0571-0.0275-0.01720.08560.00740.052118.702-0.41741.025
20.6446-0.309-0.24482.7268-0.10250.89270.05070.1413-0.0265-0.4793-0.10890.07480.0916-0.11970.05810.1672-0.0455-0.03640.1151-0.02630.054824.293-14.05110.844
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 359
2X-RAY DIFFRACTION1B6 - 359
3X-RAY DIFFRACTION2C6 - 359
4X-RAY DIFFRACTION2D6 - 359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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