PDB-4don: Brd4 Bromodomain 1 complex with a fragment 3,4-Dihydro-3-methyl-2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4don

タイトル

Brd4 Bromodomain 1 complex with a fragment 3,4-Dihydro-3-methyl-2(1H)-quinazolinon

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / BRD4 / Bromodomain / four alpha helices

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Xiong, B. / Cao, D.Y. / Chen, W.Y. / Chen, T.T. / Xu, Y.C. / Shen, J.K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Brd4 Bromodomain 1 complex with a fragment 3,4-Dihydro-3-methyl-2(1H)-quinazolinon
著者: Xiong, B. / Cao, D.Y. / Chen, W.Y. / Chen, T.T. / Xu, Y.C. / Shen, J.K.

履歴

登録	2012年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4don.cif.gz	68.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4don.ent.gz	50.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4don.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4don_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4don_full_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示
XML形式データ	4don_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	4don_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4don ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4don	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4hxn-d 6xv7-d 3u5k-2 6jj6-d 6jj3-d 4hxl-d 4qr5-d 5h21-d 4hxs-d 6ji4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.840, 47.000, 78.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 17225.748 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromo 1 domain, UNP residues 44-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon plus / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-3PF / 3-methyl-3,4-dihydroquinazolin-2(1H)-one / 3-メチル-3,4-ジヒドロキナゾリン-2(1H)-オン分子量: 162.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀N₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 3.6M Naformate, 10% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→30.31 Å / Num. all: 27637 / Num. obs: 19456 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 21.413 Å² / R_merge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 3.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.34-1.42		1.845	0.87	11682	4498	3955	1.254	87.9
1.42-1.52		1.14	1.51	16452	4220	4217	0.873	99.9
1.52-1.64		0.767	2.25	15508	3964	3959	0.573	99.9
1.64-1.8		0.523	3.08	14275	3630	3625	0.412	99.9
1.8-2.01		0.339	4.22	12880	3297	3294	0.294	99.9
2.01-2.32		0.179	5.88	11540	2961	2958	0.206	99.9
2.32-2.84		0.134	7.07	9735	2516	2510	0.184	99.8
2.84-4		0.102	8.39	7437	1993	1987	0.18	99.7
	4	0.102	8.28	3846	1193	1131	0.178	94.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.52 Å	47 Å
Translation	1.52 Å	30.31 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→30.309 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7822 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2183	580	3 %	RANDOM
R_work	0.2011	-	-	-
obs	0.2016	19328	99.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.343 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.56 Å² / B_iso mean: 25.1107 Å² / B_iso min: 11.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	17.6776 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-10.4225 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.2551 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→30.309 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1037	0	12	129	1178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1091
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.952	1489
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	158
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	191
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.665	420

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.52-1.6729	0.3172	143	0.2986	4610	4753	100
1.6729-1.9149	0.2724	144	0.2281	4642	4786	100
1.9149-2.4125	0.2137	144	0.1853	4663	4807	100
2.4125-30.315	0.1886	149	0.1839	4833	4982	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1615	0.2126	0.2462	0.2812	0.3266	0.6393	0.026	-0.0347	-0.0273	0.1697	-0.0803	-0.0749	0.129	-0.0676	0.0076	0.1769	-0.0025	-0.021	0.1244	0.0026	0.128	11.0578	0.945	21.3228
2	0.4751	0.3933	0.0942	1.0808	0.0221	0.0231	-0.0844	-0.1127	0.025	-0.1491	0.0578	0.2233	-0.0711	-0.0914	0.0473	0.1044	0.0744	-0.0924	0.0806	-0.0048	0.1559	2.1904	12.1613	10.2796
3	1.1475	-0.7633	0.5714	0.5187	-0.4075	0.3361	0.1495	-0.1563	-0.0905	-0.2638	0.0593	0.0512	0.128	0.0226	-0.103	0.0504	0.0552	-0.1088	-0.0002	0.0488	0.0651	10.8327	-6.3361	4.3397
4	0.6146	0.5144	0.2255	0.4547	0.1025	0.3915	0.0405	-0.1975	0.1821	0.0244	-0.0187	0.1536	0.0137	-0.2464	-0.0225	0.0067	-0.0054	-0.0062	0.1098	0.0317	0.091	5.1729	3.3414	14.5429
5	0.2697	0.0485	0.1084	0.5037	0.2058	0.4544	-0.0505	0.0297	0.0413	-0.0509	0.0374	-0.0738	0.026	-0.0923	0.0023	0.1359	-0.015	0.0001	0.0968	0.0023	0.0948	14.1665	4.5506	8.6043
6	0.1473	0.1944	0.0667	0.3742	0.0725	0.03	-0.101	0.0932	-0.0126	-0.3127	0.1251	0.0268	0.0421	-0.007	-0.0091	0.2495	-0.0433	-0.0384	0.0854	0.0124	0.0753	9.8506	7.795	-1.8403
7	0.8644	0.1149	-0.1976	0.0599	-0.2001	0.7289	0.0548	-0.0141	0.3908	-0.2239	0.0367	-0.2024	-0.2834	-0.0571	-0.0925	0.2845	0.0687	-0.0188	0.1055	-0.0184	0.2336	8.3069	22.4586	9.1225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 43:60)	A	43 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 61:76)	A	61 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 77:106)	A	77 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 107:115)	A	107 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 116:144)	A	116 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 145:161)	A	145 - 161
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 162:166)	A	162 - 166

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関連情報:EMDBヘッダ

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