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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4do8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the muscarinic toxin MT1 | ||||||
![]() | Muscarinic toxin 1 | ||||||
![]() | TOXIN / snake toxin / Three-finger toxin fold / Muscarinic toxin / MUSCARINIC M1 receptor / neurones / MUSCARINIC M4 receptor / adrenergic receptor | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fruchart-Gaillard, C. / Mournier, G. / Vera, L. / Servent, D. / Stura, E.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Engineering of three-finger fold toxins creates ligands with original pharmacological profiles for muscarinic and adrenergic receptors. 著者: Fruchart-Gaillard, C. / Mourier, G. / Blanchet, G. / Vera, L. / Gilles, N. / Menez, R. / Marcon, E. / Stura, E.A. / Servent, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7525.621 Da / 分子数: 2 / 断片: Muscarinic toxin 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic construct of natural toxin from Dendroaspis angusticeps. 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SCN / | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 8.3 mg/mL in 0.05M sodium Acetate pH 5.5. Precipitant: 36% MPEG 2K, 0.1mM imidazole-HCl, .45M NaCl, 0.09M KSCN, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月3日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 14956 / Num. obs: 14793 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.06 % / Biso Wilson estimate: 34.018 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 10.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: RHO-DA1A (UNPUBLISHED) 解像度: 1.802→35.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.806 / SU ML: 0.097 / Isotropic thermal model: Isotropic / TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.789 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.802→35.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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