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万見
- PDB-4do8: Crystal structure of the muscarinic toxin MT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4do8
タイトルCrystal structure of the muscarinic toxin MT1
要素Muscarinic toxin 1
キーワードTOXIN / snake toxin / Three-finger toxin fold / Muscarinic toxin / MUSCARINIC M1 receptor / neurones / MUSCARINIC M4 receptor / adrenergic receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin and toxin-like protein / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / THIOCYANATE ION / Muscarinic toxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Dendroaspis angusticeps (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Fruchart-Gaillard, C. / Mournier, G. / Vera, L. / Servent, D. / Stura, E.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Engineering of three-finger fold toxins creates ligands with original pharmacological profiles for muscarinic and adrenergic receptors.
著者: Fruchart-Gaillard, C. / Mourier, G. / Blanchet, G. / Vera, L. / Gilles, N. / Menez, R. / Marcon, E. / Stura, E.A. / Servent, D.
履歴
登録2012年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月4日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic toxin 1
B: Muscarinic toxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1684
ポリマ－15,0512
非ポリマー1172
水2,432135
1
A: Muscarinic toxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5842
ポリマ－7,5261
非ポリマー581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Muscarinic toxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5852
ポリマ－7,5261
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Muscarinic toxin 1
B: Muscarinic toxin 1
ヘテロ分子

A: Muscarinic toxin 1
B: Muscarinic toxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3378
ポリマ－30,1024
非ポリマー2344
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.280, 116.040, 46.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Muscarinic toxin 1 / MT1 / MTx1


分子量: 7525.621 Da / 分子数: 2 / 断片: Muscarinic toxin 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic construct of natural toxin from Dendroaspis angusticeps.
由来: (合成) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / 参照: UniProt: P81030
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 8.3 mg/mL in 0.05M sodium Acetate pH 5.5. Precipitant: 36% MPEG 2K, 0.1mM imidazole-HCl, .45M NaCl, 0.09M KSCN, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 14956 / Num. obs: 14793 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.06 % / Biso Wilson estimate: 34.018 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 10.67
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.913.960.7292.523250.63396
1.91-2.044.110.3524.9922500.30799.7
2.04-2.214.160.2147.521040.187100
2.21-2.424.160.1669.3819360.14599.8
2.42-2.74.140.10913.0417630.09599.5
2.7-3.124.070.08316.7815380.072100
3.12-3.813.980.07319.7213160.06399.5
3.81-5.373.880.06920.6810200.0699.2
5.37-503.780.06220.485410.05493.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RHO-DA1A (UNPUBLISHED)

解像度: 1.802→35.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.806 / SU ML: 0.097 / Isotropic thermal model: Isotropic / TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23377 740 5 %RANDOM
Rwork0.19266 ---
obs0.19472 14044 100 %-
all-14793 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.72 Å20 Å20.07 Å2
2---1.25 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→35.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1044 0 7 135 1186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0221100
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1071.9551502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8345134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.81824.09144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.10115186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.793156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4161.5679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23421115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4313421
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1024.5387
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 51 -
Rwork0.289 971 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69920.2584-0.02183.9579-1.88392.60110.04170.0210.07810.3732-0.165-0.08660.1438-0.07810.12320.1164-0.0635-0.00850.1184-0.00820.12732.0482.98410.257
20.4482-0.7253-0.75014.55792.0342.7060.12320.01730.03470.4002-0.20310.1895-0.29660.00340.07990.1883-0.05360.02970.0695-0.00350.0998-2.08830.27910.304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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