PDB-4dny: Crystal structure of enterohemorrhagic E. coli StcE(132-251)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dny

タイトル

Crystal structure of enterohemorrhagic E. coli StcE(132-251)

要素

Metalloprotease stcE

キーワード

HYDROLASE / metzincin / bacterial zinc metalloprotease / O-linked glycoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Yu, A.C.Y. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural Insight into the Bacterial Mucinase StcE Essential to Adhesion and Immune Evasion during Enterohemorrhagic E. coli Infection.
著者: Yu, A.C. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2012年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dny.cif.gz	60.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dny.ent.gz	45 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dny.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dny_validation.pdf.gz	418.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dny_full_validation.pdf.gz	418.4 KB	表示
XML形式データ	4dny_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	4dny_validation.cif.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/4dny	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ujzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ogn-d 1irw-d 4oas-2 4oas-3 2ccq-d 2o8o-1 3c2c-d 3lbl-3 4erf-3 4jwr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Metalloprotease stcE

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.000, 56.000, 96.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- IOD

#1: タンパク質	Metalloprotease stcE / Mucinase / Neutral zinc metalloprotease stcE / Secreted protease of C1 esterase inhibitor from EHEC 分子量: 13749.274 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 132-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: stcE, tagA, L7031, ECO57PM83 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O82882, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 26% PEG 2000MME, 0.1M trisodium citrate, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月6日
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→43.37 Å / Num. obs: 13923 / % possible obs: 99.9 %
反射シェル	最高解像度: 1.6 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.61→43.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 3.423 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21325	737	5 %	RANDOM
R_work	0.18221	-	-	-
obs	0.18371	13923	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.259 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0.05 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→43.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	848	0	7	103	958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	885
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.486	1.929	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.277	3	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.529	5	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.915	23.75	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.308	15	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.471	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.071	1.5	548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.184	1.5	229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.898	2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.784	3	337
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.306	4.5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.611→1.653 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.504	52	-
R_work	0.385	996	-
obs	-	-	99.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7402	-1.4834	2.5348	1.5398	-0.6058	2.9192	0.0655	0.0671	-0.0293	-0.1095	-0.11	0.0751	0.134	0.0836	0.0446	0.1172	0.0179	0.0001	0.1031	0.0084	0.0734	1.174	7.384	71.43
2	1.9886	0.6167	0.2236	0.9848	-0.1872	2.1382	-0.0677	0.0768	0.0762	0.1573	0.0294	-0.1061	-0.1661	0.2559	0.0384	0.0947	-0.031	-0.0047	0.1079	-0.0009	0.0757	7.318	15.034	87.108
3	0.5916	-0.3805	-0.9093	0.453	-0.1305	3.8956	-0.014	-0.012	0.0088	0.0204	-0.0243	-0.013	0.0086	0.083	0.0384	0.0971	-0.0069	-0.0104	0.1006	0.006	0.0713	3.01	11.181	86.149
4	0.6668	-0.5024	-0.415	0.4918	-0.2029	2.7021	0.0317	0.0455	0.0334	0.0034	-0.0595	-0.0213	-0.1363	0.0419	0.0278	0.1092	-0.0038	-0.0006	0.0928	0.0078	0.0672	-0.805	16.715	82.448
5	1.3486	2.3063	-2.167	12.8494	-6.7797	4.5489	0.0925	0.1421	0.0754	-0.2152	0.1032	0.3245	-0.031	-0.2069	-0.1957	0.1289	0.0407	-0.0111	0.1253	0.0171	0.0554	-8.671	18.82	84.144
6	0.0192	0.0571	-0.0654	0.9005	-1.8829	4.1354	-0.0016	-0.008	0.0187	0.0298	0.0649	0.0604	-0.1073	-0.1468	-0.0633	0.1042	0.0188	0.0072	0.0976	0.0164	0.0759	-5.04	16.995	73.811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	140 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	152 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	173 - 191
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	192 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	221 - 231
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	232 - 248

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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