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- PDB-4dnn: Crystal structure of the Quaking Qua1 homodimerization domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dnn
タイトルCrystal structure of the Quaking Qua1 homodimerization domain
要素Protein quaking
キーワードSPLICING / Helix-turn-helix / HYDROPHOBIC HOMODIMER INTERFACE / PERPENDICULAR STACKING OF Protomers / DEVELOPMENTAL PROTEIN / RNA-binding / TRANSLATION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


internal N(7)-methylguanine-containing RNA reader activity / positive regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / negative regulation of miRNA catabolic process / myofibroblast contraction / negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / spliceosome-depend formation of circular RNA / regulation of astrocyte differentiation / vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of macrophage differentiation / axon ensheathment ...internal N(7)-methylguanine-containing RNA reader activity / positive regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / negative regulation of miRNA catabolic process / myofibroblast contraction / negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / spliceosome-depend formation of circular RNA / regulation of astrocyte differentiation / vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of macrophage differentiation / axon ensheathment / positive regulation of myelination / intracellular mRNA localization / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / regulation of epithelial to mesenchymal transition / microglia differentiation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / mRNA stabilization / long-chain fatty acid biosynthetic process / miRNA binding / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of type I interferon production / spermatid development / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / mRNA transport / vasculogenesis / myelination / negative regulation of angiogenesis / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / SH3 domain binding / cytoplasmic stress granule / transcription coactivator activity / negative regulation of translation / mRNA binding / synapse / positive regulation of gene expression / DNA binding / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4010 / Protein quaking, putative nuclear localisation signal / Putative nuclear localisation signal of quaking / STAR protein, homodimerisation region / Homodimerisation region of STAR domain protein / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4010 / Protein quaking, putative nuclear localisation signal / Putative nuclear localisation signal of quaking / STAR protein, homodimerisation region / Homodimerisation region of STAR domain protein / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
KH domain-containing RNA-binding protein QKI
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Beuck, C. / Qu, S. / Williamson, J.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Analysis of the Quaking Homodimerization Interface.
著者: Beuck, C. / Qu, S. / Fagg, W.S. / Ares, M. / Williamson, J.R.
履歴
登録2012年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein quaking
B: Protein quaking
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4203
ポリマ－13,3802
非ポリマー401
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area6830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.983, 36.024, 92.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein quaking / MqkI / qkI


分子量: 6689.929 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 14-67 domain / 変異: C35S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qk, Qk1, Qka1, Qki, Quaking / プラスミド: modified pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q9QYS9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium cacodylate, calcium acetate, PEG 600, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9791358, 0.9184018, 0.979569
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月1日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97913581
20.91840181
30.9795691
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 7046 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 35.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.65 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 578 / Rsym value: 0.288

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→31.911 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2515 316 4.47 %random 5%
Rwork0.2163 ---
obs0.2179 7067 99.69 %-
all-7067 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.555 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3079 Å20 Å2-0 Å2
2--1.7713 Å20 Å2
3----2.0792 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数826 0 1 44 871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1021172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.149352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068129
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006152
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.6456 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 149 -
Rwork0.2203 3313 -
obs-3462 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1253-0.5391-0.34493.58381.73064.8439-0.27390.2427-0.1446-0.35440.05210.12110.39290.10070.12960.2694-0.00910.06030.21290.00670.194130.706915.466628.6974
24.0255-0.1022-1.40512.66261.31035.2299-0.1310.0228-0.0544-0.04690.0982-0.01320.31170.25220.00450.11580.0052-0.00760.1131-0.01030.165723.936522.689941.9519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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