PDB-4dmz: PelD 156-455 from Pseudomonas aeruginosa PA14, apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dmz

タイトル

PelD 156-455 from Pseudomonas aeruginosa PA14, apo form

要素

Putative uncharacterized protein pelD

キーワード

Nucleotide-binding Protein / GAF domain / GGDEF domain / c-di-GMP receptor / Inner membrane / Gram negative bacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane => GO:0016020 / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.102 Å

データ登録者

Whitney, J.C. / Colvin, K.M. / Marmont, L.S. / Robinson, H. / Parsek, M.R. / Howell, P.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of the Cytoplasmic Region of PelD, a Degenerate Diguanylate Cyclase Receptor That Regulates Exopolysaccharide Production in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Whitney, J.C. / Colvin, K.M. / Marmont, L.S. / Robinson, H. / Parsek, M.R. / Howell, P.L.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月30日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dmz.cif.gz	233.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dmz.ent.gz	188.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dmz_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dmz_full_validation.pdf.gz	471.3 KB	表示
XML形式データ	4dmz_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	4dmz_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dn0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hbc-d 1kz7-d 2wtf-d 2ffh-10 5oaw-d 4y7k-d 6ptu-d 5yoq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein pelD

B: Putative uncharacterized protein pelD

ヘテロ分子

72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein pelD

B: Putative uncharacterized protein pelD

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein pelD

B: Putative uncharacterized protein pelD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.511, 113.346, 61.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-608- HOH

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein pelD 分子量: 36059.996 Da / 分子数: 2 / 断片: Soluble fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: pelD, PA14_24510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02PM6, UniProt: A0A0H2ZD98*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 11.5% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M Magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36951 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.102→47.728 Å / SU ML: 0.67 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2378	2000	5.41 %	Random
R_work	0.1956	-	-	-
obs	0.1979	36951	99.92 %	-
all	-	36980	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.444 Å² / k_sol: 0.336 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.5518 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.0278 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.476 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.102→47.728 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4175	0	40	129	4344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	5796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.123	1560
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	699
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	759

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.102-2.1544	0.2995	141	0.2463	2476	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1544-2.2127	0.3228	141	0.2275	2458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2127-2.2778	0.281	139	0.213	2422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2778-2.3513	0.2739	141	0.2187	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3513-2.4353	0.2628	141	0.2121	2459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4353-2.5328	0.2972	143	0.2162	2492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5328-2.6481	0.2878	140	0.2163	2452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6481-2.7877	0.2585	142	0.2192	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7877-2.9623	0.3406	143	0.2269	2492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9623-3.191	0.3016	141	0.2136	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.191-3.5121	0.2381	144	0.199	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5121-4.02	0.2254	145	0.1717	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-5.0639	0.1682	145	0.1509	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0639-47.74	0.2131	154	0.2083	2682	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.189	-2.8079	-2.5037	2.8346	3.1801	5.2178	-0.334	-0.2905	0.5894	-0.4227	0.9562	-1.0699	-0.3272	0.3315	-0.5617	0.3647	-0.0487	0.0018	0.3412	-0.0895	0.4042	25.9518	-11.279	-35.4279
2	7.4469	1.1776	-0.4008	3.0997	-0.5009	7.8083	0.1247	-0.201	1.1688	-0.0217	0.2155	0.3127	-0.8353	-0.7741	-0.2223	0.1966	0.0779	0.0307	0.4379	-0.12	0.4026	14.2312	-8.7601	-30.6902
3	1.3007	-1.3961	-2.4364	2.6156	1.618	5.723	0.232	-0.854	0.2913	0.2906	-0.3052	0.5624	-0.1798	-1.2319	0.1569	0.3805	-0.0581	0.1642	0.9603	-0.2724	0.5121	7.9651	-14.2426	-21.2562
4	3.075	-0.3214	1.91	4.3575	0.1219	1.2199	-0.3115	-1.0969	-0.185	1.1058	-0.3867	0.4475	0.3811	-1.3421	0.5318	0.3727	-0.1322	0.1526	1.3087	-0.2335	0.6335	1.6926	-18.3018	-22.8277
5	3.7171	0.1335	-1.8823	5.9837	1.266	6.4289	0.3195	-0.9997	-0.0244	0.8677	-0.2911	0.2807	0.9804	-0.3394	-0.0241	0.4055	-0.1583	0.0703	0.6022	-0.045	0.2949	12.6166	-23.4769	-20.5816
6	9.5298	5.1249	2.9057	3.1229	3.167	7.3948	0.0456	0.0138	-0.0389	0.4367	-0.0272	-0.4249	0.6361	0.0623	-0.0025	0.3356	-0.0468	0.0171	0.3172	-0.0259	0.2461	21.0412	-19.3476	-25.9435
7	4.3427	3.864	1.9219	4.0835	3.1352	4.1556	0.0375	-0.396	0.6399	-0.056	-0.2011	0.5645	0.0462	-0.1387	0.1654	0.304	-0.0101	-0.0031	0.276	-0.019	0.3718	32.7988	-14.651	-20.0557
8	7.9717	5.9856	-1.3426	9.1189	-2.7704	5.2616	-0.1584	0.3167	0.4703	-0.2901	-0.0821	-0.0886	0.2093	0.6512	0.1582	0.2422	0.0663	0.0672	0.284	0.0199	0.3091	49.2285	-8.8316	-29.4172
9	5.6914	5.4364	1.814	5.2854	2.5684	6.3412	0.1728	0.4994	0.0011	-0.0871	0.252	-0.1591	0.3864	0.3169	-0.3236	0.261	0.0414	-0.0363	0.2034	0.0093	0.273	43.6623	-11.2865	-26.1675
10	7.9093	4.0368	1.6575	4.7917	2.4419	4.4712	0.0594	1.5907	0.3255	-0.417	0.3145	-0.2224	-0.0885	-0.5903	-0.2799	0.4846	0.135	0.0545	0.7713	0.0865	0.2943	48.2105	-10.0013	-39.8587
11	4.8157	5.1401	-3.374	5.6755	-4.3703	6.0207	-0.6685	0.734	-0.7576	-1.161	0.4288	-0.6934	1.023	0.6799	0.4081	0.4901	0.0884	0.0741	0.5349	-0.0163	0.4775	52.9854	-15.1068	-31.6173
12	3.0307	1.8455	1.6164	6.5742	-1.5441	2.8225	-0.0904	-0.5896	-0.4588	0.4932	-0.1906	0.5723	0.6558	-0.1925	0.2105	0.4566	0.0201	0.0379	0.337	-0.0291	0.3818	44.4084	-19.2321	-15.5025
13	3.066	-3.6513	-2.7095	5.9732	2.3503	9.0946	0.1031	-1.0859	0.9081	-0.0242	-0.033	0.1184	-0.6773	0.6381	0.0471	0.3356	-0.1072	-0.0367	0.3784	0.0096	0.315	23.0478	-9.6815	-41.6004
14	6.2366	1.4852	-0.9467	2.6388	-1.3136	7.5853	0.243	0.1411	0.3007	-0.348	0.1788	-0.5541	0.3873	1.2787	-0.2863	0.376	0.0382	0.057	0.5195	-0.1025	0.3807	28.4736	-20.3066	-45.9102
15	5.3446	0.2748	-2.7148	5.0341	-0.3292	5.0706	0.2371	0.1884	0.0648	-0.8962	0.0304	-0.3272	0.0556	0.5938	-0.2918	0.4098	-0.021	0.015	0.3184	-0.1042	0.2443	24.1092	-28.6242	-54.4169
16	3.9454	2.6835	5.01	4.9426	3.7182	6.4055	0.1437	0.6305	-0.8364	-0.6348	0.2297	-0.3075	1.4382	0.3112	-0.366	0.5704	-0.0152	0.0364	0.3535	-0.0732	0.3377	21.3968	-35.752	-51.9312
17	6.0847	1.313	-2.0375	5.5986	-0.0047	3.8273	-0.1058	0.552	-0.037	-0.6695	0.1632	0.2763	-0.1348	-0.1005	-0.0494	0.3608	-0.0779	-0.0221	0.288	-0.0267	0.2129	14.1764	-26.2406	-54.8849
18	8.3579	3.2785	-0.6579	2.9732	-0.8704	6.7924	-0.0181	0.7899	0.1127	-0.1565	0.2093	-0.0546	-0.0887	0.1609	-0.2048	0.3496	-0.0495	0.0041	0.2446	-0.0144	0.2765	17.9458	-15.7062	-51.0913
19	3.9229	0.7133	-3.9611	8.9348	-3.1134	4.6742	0.2687	0.6187	-0.3481	-0.6488	0.2645	0.0297	0.2835	-0.5335	-0.5051	0.4656	-0.0366	-0.024	0.4178	0.014	0.4074	16.565	-5.0231	-56.8538
20	3.0072	2.1502	-0.7802	6.6697	-1.553	4.088	0.492	-0.0384	0.0272	1.1531	-0.5287	-0.6348	-1.0538	0.2664	0.0774	0.615	-0.0326	-0.0254	0.4169	0.1233	0.3754	16.2157	12.5047	-48.6542
21	1.372	-0.221	-0.1556	2.8945	-1.542	6.5664	0.2931	0.0798	-0.0722	1.1129	-0.3037	0.0358	-0.8071	0.3881	0.0453	0.4544	-0.0745	-0.0081	0.3758	0.1341	0.3374	16.9814	7.529	-51.3292
22	1.2735	-0.0497	-0.1934	0.8002	-0.6851	0.6227	0.0049	-0.136	0.5075	0.0784	-0.1201	-0.2856	-0.8596	0.3555	-1.0503	2.1164	-0.4652	0.3947	0.1016	0.1709	0.347	14.7945	14.0387	-37.5769
23	1.8095	2.5854	1.5615	7.9542	5.6128	4.3846	0.3187	-0.1025	0.5853	0.7296	0.0386	1.2402	-1.2669	-0.714	-0.4181	0.8125	0.1239	0.2029	0.3748	0.2175	0.5903	9.0638	12.5871	-48.8014
24	8.6083	4.2089	-1.1924	2.7226	-0.5467	4.5221	-0.4063	1.065	-0.5698	-1.7982	0.5606	0.7908	0.4936	-1.3256	-0.119	0.6832	-0.0159	-0.0495	0.5742	0.0583	0.6111	9.6952	3.9787	-61.8527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 156:173)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 174:195)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 196:217)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 218:230)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 231:289)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 290:308)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 318:338)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 339:365)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 366:396)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 397:411)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 412:429)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 430:455)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 156:173)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 174:195)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 196:217)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 218:230)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 231:289)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 290:310)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 319:338)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 339:365)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN B AND RESID 366:396)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN B AND RESID 397:415)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN B AND RESID 416:429)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN B AND RESID 430:455)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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