PDB-4dmv: Crystal structure of the GT domain of Clostridium difficile Toxin A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dmv

タイトル

Crystal structure of the GT domain of Clostridium difficile Toxin A

要素

Toxin A

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Malito, E. / D'Urzo, N. / Bottomley, M.J. / Biancucci, M. / Maione, D. / Scarselli, M. / Martinelli, M.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: The structure of Clostridium difficile toxin A glucosyltransferase domain bound to Mn2+ and UDP provides insights into glucosyltransferase activity and product release.
著者: D'Urzo, N. / Malito, E. / Biancucci, M. / Bottomley, M.J. / Maione, D. / Scarselli, M. / Martinelli, M.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月31日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dmv.cif.gz	138.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dmv.ent.gz	105.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dmv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dmv_validation.pdf.gz	420.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dmv_full_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示
XML形式データ	4dmv_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	4dmv_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dmwC 2vkdS 3srz 3ss1 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ss1-d 5uqt-1 2vkd-3 2vkd-1 5uqt-2 2vl8-2 3srz-d 2vkh-3 4dmw-d 5rmk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Toxin A

64.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.080, 153.030, 66.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-811- HOH

#1: タンパク質	Toxin A / TcdA 分子量: 64541.672 Da / 分子数: 1 / 断片: Glucosyltransferase domain (UNP residues 1-541) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 遺伝子: toxA, tcdA / 発現宿主: Brevibacillus choshinensis (バクテリア) 参照: UniProt: P16154, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Toxin A / TcdA

分子量: 64541.672 Da / 分子数: 1 / 断片: Glucosyltransferase domain (UNP residues 1-541) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium difficile (バクテリア)
遺伝子: toxA, tcdA / 発現宿主:

Brevibacillus choshinensis (バクテリア)
参照: UniProt: P16154, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M tripotassium citrate, 20% w/v PEG3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月7日

放射

モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9393 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.486→76.575 Å / Num. all: 111159 / Num. obs: 111159 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.486-1.57	7	0.622	1.2	0.622	1	100
1.57-1.66	7.2	0.397	1.9	0.397	1	100
1.66-1.78	7.2	0.261	2.9	0.261	1	100
1.78-1.92	7.2	0.161	4.6	0.161	1	100
1.92-2.1	7.2	0.105	6.7	0.105	1	100
2.1-2.35	7.1	0.068	9.8	0.068	1	100
2.35-2.71	7	0.065	9.4	0.065	1	100
2.71-3.32	6.9	0.082	6.8	0.082	1	100
3.32-4.7	6.4	0.057	10.4	0.057	1	99.9
4.7-34.485	6.5	0.04	14.3	0.04	1	96.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MxCuBE		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VKD

2vkd

解像度: 1.5→34.481 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2141	5388	4.99 %
R_work	0.1898	-	-
obs	0.191	108020	99.83 %
all	-	111083	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.161 Å² / k_sol: 0.383 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4773 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8385 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.3158 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.481 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4403	0	0	686	5089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4493
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.001	6070
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.235	1705
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	777

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.3196	151	0.2701	3390	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5171-1.5349	0.2832	192	0.2568	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5349-1.5536	0.2886	190	0.247	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.5733	0.2584	188	0.2328	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.594	0.2671	168	0.2189	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6158	0.2478	184	0.2081	3453	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6389	0.2253	161	0.2084	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6634	0.2441	198	0.2036	3403	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6894	0.2169	186	0.1946	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7171	0.2311	163	0.1921	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7467	0.2167	176	0.1969	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7467-1.7784	0.2531	195	0.1938	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.2497	178	0.1957	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.2096	186	0.1849	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8898	0.181	171	0.1849	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8898-1.9338	0.2304	177	0.188	3383	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9822	0.2386	165	0.1903	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9822-2.0357	0.2077	208	0.1935	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0357-2.0956	0.247	185	0.1959	3403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0956-2.1633	0.2045	151	0.1979	3440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2406	0.2129	159	0.189	3458	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2406-2.3303	0.1909	199	0.192	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3303-2.4363	0.2206	191	0.1879	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4363-2.5647	0.2136	195	0.1846	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5647-2.7253	0.2107	191	0.1897	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7253-2.9356	0.2323	156	0.1906	3474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9356-3.2309	0.2244	197	0.1909	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2309-3.6979	0.1828	171	0.175	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6979-4.6572	0.1739	183	0.1596	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6572-34.4898	0.2118	173	0.197	3559	X-RAY DIFFRACTION	96

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関連情報:EMDBヘッダ

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