PDB-4dmg: Thermus thermophilus m5C1942 methyltransferase RlmO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dmg

タイトル

Thermus thermophilus m5C1942 methyltransferase RlmO

要素

Putative uncharacterized protein TTHA1493

キーワード

TRANSFERASE / rRNA / methyltransferase / S-adenosyl-methionine / 23S ribosomal RNA

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Larsen, H.G. / Rasmussen, A. / Giessing, A.M.B. / Jogl, G. / Kirpekar, F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Identification and Characterization of the Thermus thermophilus 5-Methylcytidine (m5C) Methyltransferase Modifying 23 S Ribosomal RNA (rRNA) Base C1942.
著者: Larsen, L.H. / Rasmussen, A. / Giessing, A.M. / Jogl, G. / Kirpekar, F.

履歴

登録	2012年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年8月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dmg.cif.gz	330.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dmg.ent.gz	269.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dmg_validation.pdf.gz	942.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dmg_full_validation.pdf.gz	936.7 KB	表示
XML形式データ	4dmg_validation.xml.gz	35.8 KB	表示
CIF形式データ	4dmg_validation.cif.gz	53.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3dgr-d 6a48-d 4v98-17 1kae-d 3ecd-1 3zwc-1 3g0t-d 5fbq-d 3zwa-2 2x58-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein TTHA1493

B: Putative uncharacterized protein TTHA1493

ヘテロ分子

90.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.797, 45.998, 129.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.780, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein TTHA1493 分子量: 44701.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1493 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SI81
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10% MPD, 50mM sodium citrate, 5mM AdoMet, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日

放射

モノクロメーター: KOHZU DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 81685 / Num. obs: 81685 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.071 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.73	3.1	0.424	4080	1.044	1	99.8
1.73-1.76	3.1	0.376	4094	1.073	1	99.8
1.76-1.79	3.1	0.326	4078	1.047	1	99.8
1.79-1.83	3.1	0.285	4152	1.046	1	99.7
1.83-1.87	3.2	0.26	4053	1.067	1	99.8
1.87-1.91	3.2	0.204	4089	1.103	1	99.5
1.91-1.96	3.2	0.173	4109	1.086	1	99.9
1.96-2.02	3.2	0.142	4095	1.079	1	99.8
2.02-2.07	3.2	0.122	4121	1.086	1	99.6
2.07-2.14	3.2	0.112	4077	1.099	1	99.7
2.14-2.22	3.2	0.096	4083	1.084	1	99.2
2.22-2.31	3.2	0.09	4109	1.108	1	99.1
2.31-2.41	3.2	0.081	4077	1.077	1	98.8
2.41-2.54	3.2	0.074	4099	1.054	1	98.7
2.54-2.7	3.2	0.069	4056	1.019	1	98.5
2.7-2.91	3.2	0.061	4091	1.091	1	98.3
2.91-3.2	3.2	0.056	4037	1.067	1	97.5
3.2-3.66	3.2	0.051	4028	1.053	1	97
3.66-4.61	3.2	0.046	4105	1.096	1	96.8
4.61-30	3.2	0.043	4052	1.034	1	94.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→27.371 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	4088	5.01 %
R_work	0.1788	-	-
obs	0.1803	81642	98.54 %
all	-	81685	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.273 Å² / k_sol: 0.348 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 251 Å² / B_iso mean: 28.2414 Å² / B_iso min: 8.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.0672 Å²	0 Å²	-1.7156 Å²
2-	-	5.7781 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.7109 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6162	0	54	688	6904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6399
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.989	8687
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	943
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.975	2471

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7179	0.3307	117	0.2802	2581	2698	95
1.7179-1.7389	0.2564	138	0.2557	2662	2800	100
1.7389-1.7609	0.2812	134	0.2376	2693	2827	100
1.7609-1.7841	0.2681	136	0.2306	2723	2859	100
1.7841-1.8085	0.3339	115	0.2246	2636	2751	100
1.8085-1.8343	0.2672	153	0.2269	2768	2921	100
1.8343-1.8617	0.2464	151	0.2239	2635	2786	100
1.8617-1.8908	0.2326	136	0.2114	2659	2795	100
1.8908-1.9218	0.2452	164	0.1951	2714	2878	99
1.9218-1.9549	0.2565	158	0.1917	2636	2794	100
1.9549-1.9904	0.2215	150	0.1805	2709	2859	100
1.9904-2.0287	0.2104	139	0.171	2659	2798	100
2.0287-2.0701	0.2097	123	0.1776	2733	2856	100
2.0701-2.1151	0.2223	130	0.1791	2698	2828	100
2.1151-2.1643	0.1738	155	0.176	2648	2803	99
2.1643-2.2184	0.203	150	0.1576	2684	2834	99
2.2184-2.2783	0.2249	125	0.171	2696	2821	99
2.2783-2.3454	0.1787	149	0.1727	2674	2823	99
2.3454-2.421	0.2167	144	0.1729	2693	2837	99
2.421-2.5075	0.2299	140	0.1746	2639	2779	99
2.5075-2.6078	0.2201	134	0.1845	2687	2821	98
2.6078-2.7264	0.2185	156	0.179	2677	2833	99
2.7264-2.87	0.1955	131	0.183	2698	2829	98
2.87-3.0496	0.2201	144	0.1854	2661	2805	98
3.0496-3.2847	0.2117	141	0.173	2655	2796	97
3.2847-3.6146	0.2014	132	0.1684	2656	2788	97
3.6146-4.1361	0.1632	151	0.1519	2661	2812	97
4.1361-5.2051	0.1693	151	0.1437	2656	2807	96
5.2051-27.3745	0.2101	141	0.2044	2663	2804	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6934	-0.1725	0.4433	0.4534	0.3401	0.7584	0.4138	-0.3844	-0.6829	-0.1533	0.0724	0.2191	0.288	-0.4648	0.2551	0.2969	-0.1051	-0.1677	0.1319	0.0345	0.3785	26.0283	3.9678	81.0286
2	0.5025	0.1242	0.3681	0.3765	0.1809	0.2806	0.1334	0.3325	-0.5109	-0.4077	0.6021	0.3369	0.394	-0.1092	1.6214	0.2484	-0.424	-0.1849	-0.369	0.1058	0.3558	25.4595	6.7031	78.4933
3	1.3646	0.8475	-0.3166	1.0445	-1.0489	0.8317	-0.079	0.184	0.1012	-0.1489	0.1517	0.1045	0.0886	-0.1795	0.0719	0.1684	-0.0184	-0.016	0.1386	0.0363	0.1583	36.821	25.9854	73.9051
4	0.9811	-0.2367	0.0258	0.9363	-0.4806	1.0018	0.0407	0.1166	0.0001	-0.0291	-0.0203	0.0508	-0.0617	-0.0211	0.0209	0.1281	0.0005	0.0025	0.0646	-0.0034	0.1066	63.385	25.9514	78.7539
5	0.5087	-0.1063	-0.4845	0.1498	-0.1113	0.7583	-0.0474	0.0389	-0.1169	0.0233	0.015	0.0632	0.0074	0.0467	-0.0022	0.1218	-0.002	-0.0029	0.0698	-0.009	0.1316	59.1299	18.0362	90.6814
6	1.8274	-0.4516	-0.1869	0.6924	0.3544	0.8323	0.0255	-0.4012	-0.1286	0.0274	-0.0218	0.0247	0.0888	0.128	-0.0239	0.1342	-0.0177	-0.0067	0.2242	0.0304	0.112	72.4904	16.926	115.7676
7	1.3778	0.0979	-0.1388	0.4465	0.1792	1.1246	-0.0038	-0.3735	-0.0858	0.042	0.0012	-0.0078	-0.013	-0.0266	-0.0008	0.0781	0.0154	0.0075	0.1458	0.0564	0.0911	43.4678	22.0113	109.4239

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:37)	A	0 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 38:62)	A	0 - 401
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 63:188)	A	0 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 189:314)	A	0 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 315:385)	A	0 - 401
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 1:182)	B	0 - 401
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 183:385)	B	0 - 401

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